COG-UK Project Hospital-Onset COVID-19 infektionsundersøgelse (COG-UK HOCI)

Hospitaler er anerkendt for at udgøre en stor risiko for spredning af infektioner på trods af tilgængeligheden af ​​beskyttelsesforanstaltninger. Under normale omstændigheder kan personalet erhverve og overføre infektioner, men sundhedspåvirkningen af ​​nosokomial infektion er størst hos sårbare patienter. For COVID-19, ligesom SARS-CoV, MERS-CoV og Ebola-virus, udgør risikoen for hospitalsspredning af infektion en yderligere og betydelig sundhedsrisiko for sundhedspersonale (HCW). Under epidemier kompliceres normal infektionsforebyggelse og -kontrol (IPC) praksis yderligere af vanskelighederne med at skelne mellem samfunds- og hospitalserhvervede infektioner. Dette kan føre til fejlagtig identifikation af nosokomiel transmission, hvilket involverer unødvendige IPC-indsatser, mens ægte nosokomielle transmissioner overses og derved sætter patienter og HCW i øget risiko.

Der er nu gode beviser for, at genomsekventering af epidemiske vira sammen med standard IPC bedre udelukker nosokomielle transmissioner og, afhængigt af virus, bedre identificerer transmissionsveje end IPC alene1-3. Til dato har alle undersøgelser været retrospektive. Udviklingen af ​​hurtige nanopore-sekventeringsmetoder muliggør imidlertid identifikation af potentielt forbundne eller ikke-forbundne vira inden for 24-48 timer: denne tidsskala er kort nok til at informere kliniske IPC-beslutninger i næsten realtid. Selvom COVID-19 har en lav mutationsrate estimeret til omkring 2,5 ændringer pr. genom pr. måned, er der generelt enighed om, at der nu eksisterer tilstrækkelig viral diversitet til at identificere, hvor patient- og personaleinfektioner, der tilsyneladende er klynget i tid og rum, faktisk skyldes forskellige COVID-19 genotyper4. Sådanne oplysninger ville hurtigt udelukke nosokomiel transmission som årsag til klyngen, reducere behovet for IPC-intervention og give forsikring til sundhedspersonale om, at IPC-foranstaltninger, herunder personlige værnemidler (PPE), ikke var blevet overtrådt. Bekræftelse af COVID-19-overførsel til patienter og sundhedspersonale kan dog være vanskeligere med en enkelt observeret mutation mellem to genomer, der kan repræsentere alt mellem en og ti transmissioner. Identiske genomer vil ikke nødvendigvis give bevis for en sammenhæng mellem to tilfælde. Ikke desto mindre ved at placere detekterede genotyper inden for rammerne af alle de påviste genotyper inden for hospitalsmiljøet, det omgivende samfund og COG-UK som helhed, kan det være muligt at postulere nosokomiel transmission, hvor forholdsvis ualmindelige genotyper tilsyneladende er forbundet eller klynges i tid og rum .

COG-UK-initiativet, som har til formål at sekventere så mange COVID-19-vira som muligt på tværs af Storbritannien, giver således en vigtig og unik mulighed for at teste, om virale sekvensdata produceres i nær-realtid, ud over at give værdifuld information til offentligheden sundhedsplanlægning, kunne også reducere usikkerheden omkring nosokomielle transmissionshændelser, bedre målrette IPC-indsatsen, forbedre hospitalernes funktion og reducere hospitalernes rolle som smittekilde for samfundet.

For at løse dette foreslår efterforskerne en supplerende undersøgelse, COG-UK HOCI. COG-UK HOCI vil drage fordel af COG-UK-designet med dets blandede model af mindre sekventeringshubs placeret tæt på hospitaler og en stor centraliseret hub, der sekventerer de fleste vira, for ikke kun at identificere, om hurtig viral sekvensering er nyttig til patientbehandling, men også hvordan tidskritisk dette kan være; ekspeditionstiderne for sekvensdata fra den centrale hub vil sandsynligvis være længere (5-7 dage) end dem fra lokale sekventeringshubs (<48 timer).

COG-UK HOCI vil ved at definere og rapportere COVID-19 genotypefrekvenser inden for dets deltagende hospitaler sammenlignet med dem i det bredere samfund også have potentialet til at overvinde nogle af de iboende barrierer for at identificere de sandsynlige kilder til HOCI. De genererede data vil give et så nøjagtigt som muligt et billede, givet begrænsningerne af viral genetisk diversitet, af antallet af COVID-19-infektioner, der erhverves ved nosokomiel transmission, og hvor disse transmissioner finder sted. Mens COG-UK vil levere data om nytten af ​​viral genomics til national planlægning af folkesundheden, vil COG-UK HOCI kvantificere nytten af ​​de samme data til lokal håndtering af nosokomial infektion, om observerede fordele er tidsafhængige og levere de bedste estimater af hvordan virale sekvensdata kan bruges til at kvantificere HOCI.

Outputtet fra COG-UK HOCI vil yderligere informere beslutninger om den sandsynlige fremtidige brug af viral genomsekventering til håndtering af epidemier og pandemier, og hvordan det bedst kan organiseres, centraliseres eller diversificeres for at levere maksimal effekt.

Det overordnede formål med denne undersøgelse er at bestemme anvendeligheden af ​​hel-genom-sekventering for at give yderligere indsigt i hospital-debut COVID-19 infektioner (HOCI), som igen kan optimere IPC-foranstaltninger. Derudover har projektet til formål at tilvejebringe tidlige data for at hjælpe med at kvantificere HOCI-hændelser, og hvor disse forekommer. Disse vil bidrage til planlægning på lokalt tillidsniveau og til forståelse af HOCI'ers rolle i at bidrage til COVID-19-resultater og spredning.

Specifikt vil undersøgelsen bestemme rollen for realtidstilgængelighed af COVID-19-sekvensdata:

• I forbindelse med rutinemæssige IPC-data, for at identificere og karakterisere HOCI
• At identificere og karakterisere HOCI, der ikke tidligere er identificeret af rutinemæssige IPC-data
• At generere estimerede antal af HOCI og hvor disse forekommer
• At identificere forbundne HOCI og hospitalsudbrud
• At identificere måder at reducere forekomsten af ​​HOCI på
• Ved optimering af IPC-handlinger, f.eks. ved at reducere behovet for ekstra rengøring, afdelingslukninger osv. hvor et hospitalsudbrud er udelukket
• Ved skiftende arbejdsbyrde, f.eks. ved at reducere behovet for ekstra rengøring, afdelingslukninger osv., hvor et hospitalsudbrud er udelukket. Ved at øge disse tilgange vil efterforskerne måle, om ovenstående er påvirket af tiden til sekvensdataresultatet.

COG-UK HOCI er en fase III prospektiv, interventionel, kohorte, superioritetsundersøgelse.

Tildeling til enten hurtig lokal sekventering (ca. 24-48 timer) eller mangel på hurtig lokal sekventering (dvs. via Wellcome Sanger Institute på >96 timer) vil afhænge af tidspunktet for undersøgelsen (se tidslinjer).

Foreslået studievarighed: 12 måneder; omfattende 6 måneders opsætning, baseline dataindsamling, interventionel dataindsamling) og op til 6 måneders datarensning, dataanalyse og rapportering.