COG-UK Project Hospital-Onset Studio sulle infezioni da COVID-19 (COG-UK HOCI)

Gli ospedali sono riconosciuti come un rischio importante per la diffusione delle infezioni nonostante la disponibilità di misure protettive. In circostanze normali, il personale può acquisire e trasmettere infezioni, ma l'impatto sulla salute delle infezioni nosocomiali è maggiore nei pazienti vulnerabili. Per COVID-19, come SARS-CoV, MERS-CoV e virus Ebola, il rischio di diffusione nosocomiale dell'infezione presenta un rischio sanitario aggiuntivo e significativo per gli operatori sanitari (HCW). Durante le epidemie, la normale pratica di prevenzione e controllo delle infezioni (IPC) è ulteriormente complicata dalle difficoltà di distinguere le infezioni acquisite in comunità e in ospedale. Ciò può portare a un'identificazione errata della trasmissione nosocomiale, che comporta sforzi IPC non necessari, mentre le vere trasmissioni nosocomiali vengono perse, esponendo così i pazienti e il personale sanitario a un rischio maggiore.

Ora ci sono buone prove che il sequenziamento del genoma dei virus epidemici, insieme all'IPC standard, escluda meglio le trasmissioni nosocomiali e, a seconda del virus, identifichi meglio le vie di trasmissione rispetto all'IPC da solo1-3. Ad oggi, tutti gli studi sono stati retrospettivi. Tuttavia, lo sviluppo di metodi di sequenziamento rapido dei nanopori consente l'identificazione di virus potenzialmente collegati o non collegati entro 24-48 ore: questo lasso di tempo è abbastanza breve da informare le decisioni cliniche dell'IPC quasi in tempo reale. Sebbene COVID-19 abbia un basso tasso di mutazione stimato in circa 2,5 cambiamenti per genoma al mese, è generalmente accettato che ora esista una diversità virale sufficiente per identificare dove le infezioni del paziente e del personale apparentemente raggruppate nel tempo e nello spazio, sono in realtà dovute a diversi genotipi di COVID-194. Tali informazioni escluderebbero rapidamente la trasmissione nosocomiale come causa del cluster, ridurrebbero la necessità di intervento di IPC e fornirebbe rassicurazione agli operatori sanitari che le misure di IPC, compresi i dispositivi di protezione individuale (DPI), non sono state violate. Tuttavia, la conferma della trasmissione di COVID-19 a pazienti e operatori sanitari può essere più difficile con una singola mutazione osservata tra due genomi che rappresenta in modo fattibile da una a dieci trasmissioni. Genomi identici non forniranno necessariamente la prova di un legame tra due casi. Tuttavia, collocando i genotipi rilevati nel quadro di tutti i genotipi rilevati all'interno dell'ambiente ospedaliero, della comunità circostante e del COG-UK nel suo insieme, potrebbe essere possibile postulare la trasmissione nosocomiale in cui genotipi relativamente rari sono apparentemente collegati o raggruppati nel tempo e nello spazio .

L'iniziativa COG-UK, che mira a sequenziare il maggior numero possibile di virus COVID-19 in tutto il Regno Unito, offre quindi un'opportunità importante e unica per verificare se i dati sulla sequenza virale prodotti quasi in tempo reale, oltre a fornire informazioni preziose per il pubblico pianificazione sanitaria, potrebbe anche ridurre le incertezze sugli eventi di trasmissione nosocomiale, indirizzare meglio lo sforzo IPC, migliorare il funzionamento dell'ospedale e ridurre il ruolo degli ospedali come fonte di infezione per la comunità.

Per risolvere questo problema, i ricercatori propongono uno studio aggiuntivo, COG-UK HOCI. COG-UK HOCI trarrà vantaggio dal progetto COG-UK, con il suo modello misto di hub di sequenziamento più piccoli situati vicino agli ospedali e un grande hub centralizzato che sequenzia la maggior parte dei virus, per identificare non solo se il sequenziamento virale rapido è utile per la gestione dei pazienti, ma anche come questo potrebbe essere critico in termini di tempo; è probabile che i tempi di consegna dei dati di sequenza dall'hub centrale siano più lunghi (5-7 giorni) rispetto a quelli degli hub di sequenziamento locali (<48 ore).

COG-UK HOCI, definendo e segnalando le frequenze del genotipo COVID-19 all'interno dei suoi ospedali partecipanti, rispetto a quelle nella comunità più ampia, avrà anche il potenziale per superare alcune delle barriere intrinseche all'identificazione delle probabili fonti di HOCI. I dati generati forniranno un quadro il più accurato possibile, dati i vincoli della diversità genetica virale, del numero di infezioni da COVID-19 acquisite mediante trasmissione nosocomiale e dove si verificano queste trasmissioni. Mentre COG-UK fornirà dati sull'utilità della genomica virale per la pianificazione sanitaria pubblica nazionale, COG-UK HOCI quantificherà l'utilità degli stessi dati per la gestione locale delle infezioni nosocomiali, se i benefici osservati dipendono dal tempo e forniranno le migliori stime di come i dati sulla sequenza virale possono essere utilizzati per quantificare l'HOCI.

I risultati di COG-UK HOCI informeranno ulteriormente le decisioni sul probabile uso futuro del sequenziamento del genoma virale per la gestione di epidemie e pandemie e su come potrebbe essere meglio organizzato, centralizzato o diversificato, per ottenere il massimo impatto.

L'obiettivo generale di questo studio è determinare l'utilità del sequenziamento dell'intero genoma per fornire ulteriori informazioni sulle infezioni da COVID-19 ad esordio ospedaliero (HOCI) che, a loro volta, possono ottimizzare le misure IPC. Inoltre, il progetto mira a fornire i primi dati per aiutare a quantificare gli eventi HOCI e dove si verificano. Questi contribuiranno alla pianificazione a livello di fiducia locale e alla comprensione del ruolo degli HOCI nel contribuire agli esiti e alla diffusione del COVID-19.

Nello specifico, lo studio determinerà il ruolo della disponibilità in tempo reale dei dati della sequenza COVID-19:

• Insieme ai dati IPC di routine, per identificare e caratterizzare HOCI
• Identificare e caratterizzare gli HOCI non precedentemente identificati dai dati IPC di routine
• Generare numeri stimati di HOCI e dove si verificano
• Identificare HOCI collegati e focolai ospedalieri
• Identificare modi per ridurre l'incidenza di HOCI
• Nell'ottimizzazione delle azioni IPC, ad es. riducendo la necessità di pulizie extra, chiusure di reparti ecc. dove sono escluse le epidemie ospedaliere
• Nel cambiare il carico di lavoro, ad es. riducendo la necessità di pulizie extra, chiusure di reparti ecc. Dove sono esclusi focolai ospedalieri Aumentando questi approcci, i ricercatori misureranno se quanto sopra è influenzato dal tempo di sequenziamento dei risultati dei dati.

COG-UK HOCI è uno studio prospettico, interventistico, di coorte e di superiorità di fase III.

L'assegnazione al sequenziamento locale rapido (circa 24-48 ore) o alla mancanza di sequenziamento locale rapido (ad es. tramite Wellcome Sanger Institute a> 96 ore) dipenderà dal tempo dello studio (vedere le tempistiche).

Durata proposta dello studio: 12 mesi; comprendente 6 mesi di configurazione, raccolta dei dati di riferimento, raccolta dei dati interventistici) e fino a 6 mesi di pulizia dei dati, analisi dei dati e reporting.