COG-UK Project Badanie zakażeń szpitalnych COVID-19 (COG-UK HOCI)

Uznaje się, że szpitale stanowią główne ryzyko rozprzestrzeniania się infekcji pomimo dostępności środków ochronnych. W normalnych warunkach personel może nabywać i przenosić infekcje, ale wpływ infekcji szpitalnych na zdrowie jest największy u pacjentów podatnych na zagrożenia. W przypadku COVID-19, takiego jak wirus SARS-CoV, MERS-CoV i Ebola, ryzyko rozprzestrzeniania się zakażenia szpitalnego stanowi dodatkowe i znaczące zagrożenie dla zdrowia pracowników służby zdrowia (HCW). Podczas epidemii normalna praktyka zapobiegania i kontroli zakażeń (IPC) jest dodatkowo komplikowana przez trudności w rozróżnieniu zakażeń pozaszpitalnych i szpitalnych. Może to prowadzić do błędnej identyfikacji transmisji szpitalnej, co wiąże się z niepotrzebnymi wysiłkami IPC, podczas gdy prawdziwe transmisje szpitalne są pomijane, co naraża pacjentów i pracowników służby zdrowia na zwiększone ryzyko.

Istnieją obecnie dobre dowody na to, że sekwencjonowanie genomu wirusów epidemicznych wraz ze standardową IPC lepiej wyklucza przenoszenie szpitalne i, w zależności od wirusa, lepiej identyfikuje drogi transmisji niż sama IPC1-3. Do tej pory wszystkie badania były retrospektywne. Jednak rozwój metod szybkiego sekwencjonowania nanoporów umożliwia identyfikację potencjalnie połączonych lub niezwiązanych wirusów w ciągu 24-48 godzin: ta skala czasowa jest wystarczająco krótka, aby podejmować decyzje kliniczne IPC w czasie zbliżonym do rzeczywistego. Chociaż COVID-19 ma niski wskaźnik mutacji, szacowany na około 2,5 zmian na genom na miesiąc, ogólnie przyjmuje się, że obecnie istnieje wystarczająca różnorodność wirusów, aby zidentyfikować, gdzie infekcje pacjentów i personelu, które najwyraźniej są skupione w czasie i przestrzeni, są w rzeczywistości spowodowane różne genotypy COVID-194. Takie informacje szybko wykluczą transmisję szpitalną jako przyczynę klastra, zmniejszą potrzebę interwencji IPC i zapewnią pracownikom służby zdrowia, że ​​środki IPC, w tym środki ochrony indywidualnej (PPE), nie zostały naruszone. Jednak potwierdzenie transmisji COVID-19 na pacjentów i pracowników służby zdrowia może być trudniejsze w przypadku pojedynczej zaobserwowanej mutacji między dwoma genomami, która prawdopodobnie reprezentuje od jednej do dziesięciu transmisji. Identyczne genomy niekoniecznie dostarczą dowodów na związek między dwoma przypadkami. Niemniej jednak umieszczając genotypy wykryte w ramach wszystkich genotypów wykrytych w warunkach szpitalnych, otaczającej społeczności i COG-UK jako całości, możliwe może być postulowanie transmisji szpitalnej, w której stosunkowo rzadkie genotypy są najwyraźniej połączone lub gromadzą się w czasie i przestrzeni .

Inicjatywa COG-UK, której celem jest sekwencjonowanie jak największej liczby wirusów COVID-19 w Wielkiej Brytanii, zapewnia zatem ważną i wyjątkową okazję do sprawdzenia, czy dane dotyczące sekwencji wirusów są generowane w czasie zbliżonym do rzeczywistego, oprócz dostarczania cennych informacji dla społeczeństwa planowanie zdrowotne, może również zmniejszyć niepewność co do przypadków transmisji szpitalnych, lepiej ukierunkować wysiłki IPC, poprawić funkcjonowanie szpitali i zmniejszyć rolę szpitali jako źródła infekcji dla społeczności.

Aby temu zaradzić, badacze proponują dodatkowe badanie, COG-UK HOCI. COG-UK HOCI skorzysta z projektu COG-UK, z jego mieszanym modelem mniejszych centrów sekwencjonowania zlokalizowanych w pobliżu szpitali i dużego scentralizowanego centrum sekwencjonowania większości wirusów, aby określić nie tylko, czy szybkie sekwencjonowanie wirusów jest przydatne w zarządzaniu pacjentami, ale także w jaki sposób może to być krytyczne czasowo; czas przetwarzania danych sekwencyjnych z centralnego centrum prawdopodobnie będzie dłuższy (5-7 dni) niż z lokalnych centrów sekwencjonowania (<48 godzin).

COG-UK HOCI, poprzez zdefiniowanie i zgłoszenie częstotliwości genotypów COVID-19 w uczestniczących szpitalach, w porównaniu z tymi w szerszej społeczności, będzie miało również potencjał przezwyciężenia niektórych nieodłącznych barier w identyfikacji prawdopodobnych źródeł HOCI. Wygenerowane dane zapewnią możliwie najdokładniejszy obraz, biorąc pod uwagę ograniczenia różnorodności genetycznej wirusów, liczby zakażeń COVID-19 nabywanych w drodze transmisji szpitalnej i miejsc, w których te transmisje mają miejsce. Podczas gdy COG-UK dostarczy danych na temat przydatności genomiki wirusów do krajowego planowania zdrowia publicznego, COG-UK HOCI określi ilościowo przydatność tych samych danych do lokalnego zarządzania zakażeniami szpitalnymi, niezależnie od tego, czy zaobserwowane korzyści są zależne od czasu i dostarczy najlepszych szacunków w jaki sposób dane dotyczące sekwencji wirusa można wykorzystać do ilościowego określenia HOCI.

Wyniki projektu COG-UK HOCI będą stanowić dalsze źródło informacji na temat prawdopodobnego wykorzystania sekwencjonowania genomu wirusowego w przyszłości do zarządzania epidemiami i pandemiami oraz na temat tego, jak najlepiej je zorganizować, scentralizować lub zróżnicować, aby zapewnić maksymalny wpływ.

Nadrzędnym celem tego badania jest określenie użyteczności sekwencjonowania całego genomu w celu zapewnienia dodatkowego wglądu w zakażenia COVID-19 o początku szpitalnym (HOCI), co z kolei może zoptymalizować pomiary IPC. Ponadto projekt ma na celu dostarczenie wczesnych danych, które pomogą w ilościowym określeniu zdarzeń HOCI i miejsca ich występowania. Przyczynią się one do lokalnego planowania poziomu zaufania i zrozumienia roli HOCI w przyczynianiu się do wyników i rozprzestrzeniania się COVID-19.

W szczególności badanie określi rolę dostępności danych sekwencji COVID-19 w czasie rzeczywistym:

• W połączeniu z rutynowymi danymi IPC w celu identyfikacji i scharakteryzowania HOCI
• Aby zidentyfikować i scharakteryzować HOCI, które nie zostały wcześniej zidentyfikowane przez rutynowe dane IPC
• Aby wygenerować szacunkową liczbę HOCI i gdzie one występują
• Aby zidentyfikować powiązane ogniska HOCI i szpitalne
• Aby zidentyfikować sposoby zmniejszenia częstości występowania HOCI
• W optymalizacji działań IPC m.in. poprzez ograniczenie konieczności dodatkowego sprzątania, zamykania oddziałów itp., gdy wykluczone są ogniska szpitalne
• Przy zmianie obciążenia, np. poprzez ograniczenie konieczności dodatkowego sprzątania, zamykania oddziałów itp., gdy wykluczone są ogniska szpitalne. Rozszerzając te podejścia, badacze sprawdzą, czy na powyższe ma wpływ czas do uzyskania danych sekwencyjnych.

COG-UK HOCI jest prospektywnym, interwencyjnym, kohortowym badaniem wyższości fazy III.

Przydział do szybkiego sekwencjonowania lokalnego (ok. 24-48 godzin) lub brak szybkiego sekwencjonowania lokalnego (tj. przez Wellcome Sanger Institute w >96 godzin) będzie zależał od czasu badania (patrz ramy czasowe).

Proponowany czas trwania badania: 12 miesięcy; obejmujący 6 miesięcy konfiguracji, zbierania danych wyjściowych, zbierania danych interwencyjnych) i do 6 miesięcy czyszczenia danych, analizy danych i raportowania.