COG-UK 프로젝트 병원 발병 COVID-19 감염 연구 (COG-UK HOCI)

보호 조치가 있음에도 불구하고 병원은 감염 확산의 주요 위험 요소로 인식되고 있습니다. 정상적인 상황에서 직원은 감염을 획득하고 전파할 수 있지만 병원 감염의 건강 영향은 취약한 환자에게 가장 큽니다. SARS-CoV, MERS-CoV 및 에볼라 바이러스와 같은 COVID-19의 경우, 감염의 병원내 확산 위험은 의료 종사자(HCW)에게 추가적인 상당한 건강 위험을 제시합니다. 전염병이 유행하는 동안 일반적인 감염 예방 및 통제(IPC) 관행은 지역사회 및 병원 획득 감염을 구별하는 어려움으로 인해 더욱 복잡해집니다. 이는 불필요한 IPC 노력을 수반하는 잘못된 병원 전파 식별로 이어질 수 있는 반면, 실제 병원 전파는 누락되어 환자와 HCW를 증가된 위험에 빠뜨립니다.

이제 표준 IPC와 함께 전염병 바이러스의 게놈 시퀀싱이 IPC 단독보다 병원내 전파를 더 잘 배제하고 바이러스에 따라 전파 경로를 더 잘 식별한다는 좋은 증거가 있습니다1-3. 현재까지 모든 연구는 후향적이었습니다. 그러나 신속한 나노포어 시퀀싱 방법의 개발로 24-48시간 이내에 잠재적으로 연결되거나 연결되지 않은 바이러스를 식별할 수 있습니다. 이 시간 척도는 거의 실시간으로 임상 IPC 결정을 알릴 수 있을 만큼 짧습니다. COVID-19는 매월 게놈당 약 2.5번의 변화로 추정되는 낮은 돌연변이율을 가지고 있지만, 시간과 공간적으로 명백하게 밀집되어 있는 환자 및 직원 감염이 실제로 어디에 기인하는지 식별하기에 충분한 바이러스 다양성이 현재 존재한다는 데 일반적으로 동의합니다. 다른 COVID-19 유전자형4. 이러한 정보는 클러스터의 원인인 병원내 전파를 빠르게 배제하고, IPC 개입의 필요성을 줄이고, 개인 보호 장비(PPE)를 포함한 IPC 조치가 위반되지 않았다는 의료 종사자에게 안심을 제공합니다. 그러나 환자와 의료 종사자에게 COVID-19 전파를 확인하는 것은 1~10건의 전파를 나타내는 두 게놈 사이에서 관찰된 단일 돌연변이로 인해 더 어려울 수 있습니다. 동일한 게놈이 반드시 두 사례 사이의 연관성에 대한 증거를 제공하지는 않습니다. 그럼에도 불구하고 병원 환경, 주변 지역사회 및 COG-UK 전체에서 검출된 모든 유전자형의 틀 내에서 검출된 유전자형을 배치함으로써 비교적 드문 유전자형이 시간과 공간에서 분명히 연결되거나 클러스터되는 병원 전파를 가정하는 것이 가능할 수 있습니다. .

영국 전역에서 가능한 한 많은 COVID-19 바이러스의 시퀀싱을 목표로 하는 COG-UK 이니셔티브는 대중에게 귀중한 정보를 제공하는 것 외에도 바이러스 시퀀스 데이터가 거의 실시간으로 생성되는지 테스트할 수 있는 중요하고 독특한 기회를 제공합니다. 건강 계획은 또한 병원내 전염 사건에 대한 불확실성을 줄이고, 더 나은 IPC 노력을 목표로 하고, 병원 기능을 개선하고, 지역 사회에 대한 감염원으로서 병원의 역할을 줄일 수 있습니다.

이를 해결하기 위해 연구자들은 보조 연구인 COG-UK HOCI를 제안합니다. COG-UK HOCI는 병원 근처에 위치한 더 작은 시퀀싱 허브와 대부분의 바이러스를 시퀀싱하는 대형 중앙 집중식 허브의 혼합 모델과 함께 COG-UK 디자인을 활용하여 빠른 바이러스 시퀀싱이 환자 관리에 유용한지 여부뿐만 아니라 어떻게 이것은 시간 결정적일 수 있습니다. 중앙 허브의 시퀀스 데이터 처리 시간은 로컬 시퀀싱 허브의 처리 시간(<48시간)보다 길 수 있습니다(5-7일).

COG-UK HOCI는 더 넓은 커뮤니티의 병원과 비교하여 참여 병원 내에서 COVID-19 유전자형 빈도를 정의하고 보고함으로써 HOCI의 가능성 있는 출처를 식별하는 데 내재된 장벽 중 일부를 극복할 수 있는 잠재력을 갖게 됩니다. 생성된 데이터는 바이러스 유전적 다양성의 제약을 고려할 때 병원 내 전파로 획득되는 COVID-19 감염 수와 이러한 전파가 발생하는 위치에 대한 가능한 한 정확한 그림을 제공합니다. COG-UK는 국가 공중 보건 계획을 위한 바이러스 유전체학의 유용성에 대한 데이터를 제공하는 반면, COG-UK HOCI는 관찰된 이점이 시간에 따라 달라지는지 여부에 관계없이 병원 감염의 지역 관리를 위한 동일한 데이터의 유용성을 정량화하고 최상의 추정치를 제공합니다. 바이러스 서열 데이터를 사용하여 HOCI를 정량화하는 방법.

COG-UK HOCI의 결과는 전염병 및 대유행 관리를 위한 바이러스 게놈 시퀀싱의 향후 사용 가능성과 최대 영향을 제공하기 위해 어떻게 조직, 중앙 집중화 또는 다양화할 수 있는지에 대한 결정을 더 알려줄 것입니다.

이 연구의 가장 중요한 목표는 병원 발병 COVID-19 감염(HOCI)에 대한 추가 통찰력을 제공하여 결과적으로 IPC 측정을 최적화할 수 있는 전체 게놈 시퀀싱의 유용성을 결정하는 것입니다. 또한 이 프로젝트는 HOCI 이벤트와 이러한 이벤트가 발생하는 위치를 정량화하는 데 도움이 되는 초기 데이터를 제공하는 것을 목표로 합니다. 이는 지역 신뢰 수준 계획과 COVID-19 결과 및 확산에 기여하는 HOCI의 역할에 대한 이해에 기여할 것입니다.

구체적으로 이 연구는 COVID-19 시퀀스 데이터의 실시간 가용성 역할을 결정할 것입니다.

• 일상적인 IPC 데이터와 함께 HOCI를 식별하고 특성화하기 위해
• 일상적인 IPC 데이터로 이전에 식별되지 않은 HOCI를 식별하고 특성화하기 위해
• HOCI의 예상 수와 이것이 발생하는 위치를 생성하려면
• 연결된 HOCI 및 병원 발생을 식별하기 위해
• HOCI 발생률을 줄이는 방법을 확인하기 위해
• IPC 작업을 최적화할 때, 예를 들어. 병원 발생이 배제된 추가 청소, 병동 폐쇄 등의 필요성을 줄임으로써
• 변화하는 워크로드에서(예: 병원 발병이 배제된 추가 청소, 병동 폐쇄 등의 필요성을 줄임으로써 조사관은 이러한 접근 방식을 강화하여 데이터 결과를 시퀀싱하는 시간에 의해 위의 영향을 받는지 여부를 측정할 것입니다.

COG-UK HOCI는 3상 전향적, 중재적, 코호트, 우월성 연구입니다.

빠른 로컬 시퀀싱(c.24-48h) 또는 빠른 로컬 시퀀싱의 부족(예: >96h에서 Wellcome Sanger Institute를 통해)에 대한 할당은 연구 시간에 따라 달라집니다(타임라인 참조).

제안된 연구 기간: 12개월; 6개월의 설정, 기준 데이터 수집, 중재적 데이터 수집으로 구성됨) 및 최대 6개월의 데이터 정리, 데이터 분석 및 보고.