Estudio de infecciones por COVID-19 de inicio hospitalario del proyecto COG-UK (COG-UK HOCI)

Se reconoce que los hospitales representan un riesgo importante para la propagación de infecciones a pesar de la disponibilidad de medidas de protección. En circunstancias normales, el personal puede adquirir y transmitir infecciones, pero el impacto en la salud de la infección nosocomial es mayor en pacientes vulnerables. Para el COVID-19, como el SARS-CoV, el MERS-CoV y el virus del Ébola, el riesgo de propagación nosocomial de la infección presenta un riesgo adicional y significativo para la salud de los trabajadores de la salud (HCW). Durante las epidemias, la práctica normal de prevención y control de infecciones (PCI) se complica aún más por las dificultades para distinguir las infecciones adquiridas en la comunidad y en los hospitales. Esto puede conducir a una identificación errónea de la transmisión nosocomial, lo que implica esfuerzos innecesarios de PCI, mientras que las verdaderas transmisiones nosocomiales se pasan por alto, lo que pone a los pacientes y al HCW en mayor riesgo.

Ahora hay buena evidencia de que la secuenciación del genoma de los virus epidémicos, junto con la IPC estándar, excluye mejor las transmisiones nosocomiales y, dependiendo del virus, identifica mejor las rutas de transmisión que la IPC sola1-3. Hasta la fecha, todos los estudios han sido retrospectivos. Sin embargo, el desarrollo de métodos rápidos de secuenciación de nanoporos permite la identificación de virus potencialmente vinculados o no vinculados dentro de las 24-48 horas: este plazo es lo suficientemente corto como para informar las decisiones clínicas de IPC casi en tiempo real. Aunque COVID-19 tiene una baja tasa de mutación estimada en alrededor de 2,5 cambios por genoma por mes, en general se acepta que ahora existe suficiente diversidad viral para identificar dónde las infecciones de pacientes y personal que aparentemente están agrupadas en el tiempo y el espacio, se deben de hecho a diferentes genotipos de COVID-194. Dicha información excluiría rápidamente la transmisión nosocomial como la causa del grupo, reduciría la necesidad de intervención de IPC y brindaría tranquilidad a los trabajadores de la salud de que las medidas de IPC, incluido el equipo de protección personal (PPE), no se han violado. Sin embargo, la confirmación de la transmisión de COVID-19 a pacientes y trabajadores de la salud puede ser más difícil con una sola mutación observada entre dos genomas que representa de manera factible entre una y diez transmisiones. Los genomas idénticos no necesariamente proporcionarán evidencia de un vínculo entre dos casos. No obstante, al ubicar los genotipos detectados dentro del marco de todos los genotipos detectados dentro del entorno hospitalario, la comunidad circundante y el COG-UK en su conjunto, es posible postular la transmisión nosocomial donde los genotipos comparativamente poco comunes aparentemente están vinculados o se agrupan en el tiempo y el espacio. .

La iniciativa COG-UK, que tiene como objetivo secuenciar tantos virus COVID-19 como sea posible en todo el Reino Unido, brinda una oportunidad importante y única para probar si los datos de secuencia viral producidos casi en tiempo real, además de proporcionar información valiosa para el público. la planificación sanitaria, también podría reducir las incertidumbres en torno a los eventos de transmisión nosocomial, orientar mejor el esfuerzo de PCI, mejorar el funcionamiento hospitalario y reducir el papel de los hospitales como fuente de infección para la comunidad.

Para abordar esto, los investigadores proponen un estudio complementario, COG-UK HOCI. COG-UK HOCI aprovechará el diseño de COG-UK, con su modelo mixto de centros de secuenciación más pequeños ubicados cerca de hospitales y un gran centro centralizado que secuencia la mayoría de los virus, para identificar no solo si la secuenciación viral rápida es útil para el manejo de pacientes, sino también cómo tiempo crítico esto podría ser; Es probable que los tiempos de respuesta para los datos de secuencia del centro central sean más largos (5 a 7 días) que los de los centros de secuenciación locales (<48 horas).

COG-UK HOCI, al definir e informar las frecuencias del genotipo COVID-19 dentro de sus hospitales participantes, en comparación con las de la comunidad en general, también tendrá el potencial de superar algunas de las barreras inherentes para identificar las fuentes probables de HOCI. Los datos generados proporcionarán una imagen lo más precisa posible, dadas las limitaciones de la diversidad genética viral, del número de infecciones por COVID-19 adquiridas por transmisión nosocomial y dónde se producen estas transmisiones. Mientras que COG-UK proporcionará datos sobre la utilidad de la genómica viral para la planificación de la salud pública nacional, COG-UK HOCI cuantificará la utilidad de los mismos datos para el manejo local de infecciones nosocomiales, si los beneficios observados dependen del tiempo y entregarán las mejores estimaciones de cómo se pueden utilizar los datos de secuencia viral para cuantificar HOCI.

Los resultados de COG-UK HOCI informarán aún más las decisiones sobre el posible uso futuro de la secuenciación del genoma viral para el manejo de epidemias y pandemias y cómo podría organizarse, centralizarse o diversificarse mejor para lograr el máximo impacto.

El objetivo general de este estudio es determinar la utilidad de la secuenciación del genoma completo para proporcionar información adicional sobre las infecciones por COVID-19 de inicio hospitalario (HOCI) que, a su vez, puede optimizar las medidas de IPC. Además, el proyecto tiene como objetivo proporcionar datos iniciales para ayudar a cuantificar los eventos HOCI y dónde ocurren. Estos contribuirán a la planificación del nivel de confianza local y a la comprensión del papel de los HOCI en la contribución a los resultados y la propagación de COVID-19.

Específicamente, el estudio determinará el papel de la disponibilidad en tiempo real de los datos de secuencia de COVID-19:

• Junto con los datos rutinarios de PCI, para identificar y caracterizar HOCI
• Para identificar y caracterizar HOCI no identificado previamente por datos de rutina de PCI
• Para generar números estimados de HOCI y dónde están ocurriendo.
• Para identificar HOCI vinculado y brotes hospitalarios
• Identificar formas de reducir la incidencia de HOCI
• Al optimizar las acciones de IPC, p. al reducir la necesidad de limpieza adicional, cierre de salas, etc., donde se excluyen los brotes de un hospital
• Al cambiar la carga de trabajo, p. al reducir la necesidad de limpieza adicional, cierres de salas, etc. donde se excluyen los brotes de un hospital. Al aumentar estos enfoques, los investigadores medirán si lo anterior está influenciado por el tiempo para secuenciar el resultado de los datos.

COG-UK HOCI es un estudio de superioridad prospectivo, intervencionista, de cohorte, de fase III.

La asignación a la secuenciación local rápida (c.24-48 h) o la falta de secuenciación local rápida (es decir, a través del Instituto Wellcome Sanger en >96 h) dependerá del momento del estudio (consulte los plazos).

Duración propuesta del estudio: 12 meses; que comprende 6 meses de configuración, recopilación de datos de referencia, recopilación de datos de intervención) y hasta 6 meses de limpieza de datos, análisis de datos e informes.