COG-UK-Projekt Studie zu COVID-19-Infektionen im Krankenhaus (COG-UK HOCI)

Krankenhäuser gelten trotz der Verfügbarkeit von Schutzmaßnahmen als großes Risiko für die Ausbreitung von Infektionen. Unter normalen Umständen kann das Personal Infektionen bekommen und übertragen, aber die gesundheitlichen Auswirkungen einer nosokomialen Infektion sind bei gefährdeten Patienten am größten. Für COVID-19, wie SARS-CoV, MERS-CoV und Ebola-Virus, stellt das Risiko einer nosokomialen Ausbreitung der Infektion ein zusätzliches und erhebliches Gesundheitsrisiko für Beschäftigte im Gesundheitswesen (HCW) dar. Während Epidemien wird die normale Praxis der Infektionsprävention und -kontrolle (IPC) durch die Schwierigkeiten bei der Unterscheidung zwischen ambulant und im Krankenhaus erworbenen Infektionen weiter erschwert. Dies kann zu einer fehlerhaften Identifizierung einer nosokomialen Übertragung führen, was unnötige IPC-Bemühungen mit sich bringt, während echte nosokomiale Übertragungen übersehen werden, wodurch Patienten und medizinisches Personal einem erhöhten Risiko ausgesetzt werden.

Es gibt inzwischen gute Beweise dafür, dass die Genomsequenzierung epidemischer Viren zusammen mit Standard-IPC nosokomiale Übertragungen besser ausschließt und je nach Virus Übertragungswege besser identifiziert als IPC allein1-3. Bisher waren alle Studien retrospektiv. Die Entwicklung schneller Nanoporen-Sequenzierungsmethoden ermöglicht jedoch die Identifizierung potenziell verbundener oder nicht verbundener Viren innerhalb von 24 bis 48 Stunden: Diese Zeitskala ist kurz genug, um klinische IPC-Entscheidungen nahezu in Echtzeit zu treffen. Obwohl COVID-19 eine niedrige Mutationsrate aufweist, die auf etwa 2,5 Veränderungen pro Genom pro Monat geschätzt wird, ist man sich allgemein einig, dass jetzt eine ausreichende Virusvielfalt vorhanden ist, um festzustellen, wo die scheinbar zeitlich und räumlich gehäuften Infektionen von Patienten und Personal tatsächlich auf sie zurückzuführen sind verschiedene COVID-19-Genotypen4. Solche Informationen würden die nosokomiale Übertragung als Ursache des Clusters schnell ausschließen, die Notwendigkeit einer IPC-Intervention verringern und den Beschäftigten im Gesundheitswesen die Gewissheit geben, dass IPC-Maßnahmen, einschließlich persönlicher Schutzausrüstung (PSA), nicht verletzt wurden. Die Bestätigung der Übertragung von COVID-19 auf Patienten und medizinisches Personal kann jedoch schwieriger sein, wenn eine einzelne beobachtete Mutation zwischen zwei Genomen möglicherweise zwischen einer und zehn Übertragungen steht. Identische Genome liefern nicht unbedingt einen Beweis für eine Verbindung zwischen zwei Fällen. Indem jedoch die entdeckten Genotypen in den Rahmen aller im Krankenhausumfeld, der umliegenden Gemeinde und COG-UK als Ganzes entdeckten Genotypen gestellt werden, kann es möglich sein, eine nosokomiale Übertragung zu postulieren, bei der vergleichsweise ungewöhnliche Genotypen offensichtlich miteinander verbunden sind oder sich zeitlich und räumlich anhäufen .

Die COG-UK-Initiative, die darauf abzielt, so viele COVID-19-Viren wie möglich im Vereinigten Königreich zu sequenzieren, bietet daher eine wichtige und einzigartige Gelegenheit, um zu testen, ob virale Sequenzdaten nahezu in Echtzeit erzeugt werden, und liefert wertvolle Informationen für die Öffentlichkeit Gesundheitsplanung, könnten auch Unsicherheiten in Bezug auf nosokomiale Übertragungsereignisse verringern, IPC-Bemühungen besser zielen, den Betrieb von Krankenhäusern verbessern und die Rolle von Krankenhäusern als Infektionsquelle für die Gemeinschaft verringern.

Um dies anzugehen, schlagen die Ermittler eine Zusatzstudie vor, COG-UK HOCI. COG-UK HOCI wird das COG-UK-Design mit seinem gemischten Modell aus kleineren Sequenzierungszentren in der Nähe von Krankenhäusern und einem großen zentralisierten Zentrum, das die meisten Viren sequenziert, nutzen, um nicht nur zu ermitteln, ob eine schnelle Virussequenzierung für das Patientenmanagement nützlich ist, sondern auch wie zeitkritisch könnte dies sein ; Die Bearbeitungszeiten für Sequenzdaten vom zentralen Hub sind wahrscheinlich länger (5-7 Tage) als die von lokalen Sequenzierungs-Hubs (<48 Stunden).

COG-UK HOCI wird durch die Definition und Meldung von COVID-19-Genotyphäufigkeiten in seinen teilnehmenden Krankenhäusern im Vergleich zu denen in der breiteren Gemeinschaft auch das Potenzial haben, einige der inhärenten Hindernisse für die Identifizierung der wahrscheinlichen Quellen von HOCI zu überwinden. Die generierten Daten werden angesichts der Beschränkungen der viralen genetischen Vielfalt ein möglichst genaues Bild der Anzahl von COVID-19-Infektionen liefern, die durch nosokomiale Übertragung erworben werden, und wo diese Übertragungen stattfinden. Während COG-UK Daten zum Nutzen viraler Genomik für die nationale öffentliche Gesundheitsplanung bereitstellen wird, wird COG-UK HOCI den Nutzen derselben Daten für das lokale Management nosokomialer Infektionen quantifizieren, ob die beobachteten Vorteile zeitabhängig sind und die besten Schätzungen liefern wie virale Sequenzdaten zur Quantifizierung von HOCI verwendet werden können.

Die Ergebnisse von COG-UK HOCI werden Entscheidungen über die wahrscheinliche zukünftige Verwendung der viralen Genomsequenzierung für das Management von Epidemien und Pandemien und darüber, wie sie am besten organisiert, zentralisiert oder diversifiziert werden könnte, um eine maximale Wirkung zu erzielen, weiter informieren.

Das übergeordnete Ziel dieser Studie ist es, den Nutzen der Gesamtgenomsequenzierung zu bestimmen, um zusätzliche Einblicke in Krankenhausinfektionen mit COVID-19 (HOCI) zu erhalten, die wiederum IPC-Maßnahmen optimieren können. Darüber hinaus zielt das Projekt darauf ab, frühe Daten bereitzustellen, um die Quantifizierung von HOCI-Ereignissen und deren Auftreten zu unterstützen. Diese werden zur Planung des lokalen Vertrauensniveaus und zum Verständnis der Rolle von HOCIs beim Beitrag zu den Ergebnissen und der Verbreitung von COVID-19 beitragen.

Insbesondere wird die Studie die Rolle der Echtzeitverfügbarkeit von COVID-19-Sequenzdaten bestimmen:

• In Verbindung mit routinemäßigen IPC-Daten zur Identifizierung und Charakterisierung von HOCI
• Identifizieren und Charakterisieren von HOCI, die zuvor nicht durch routinemäßige IPC-Daten identifiziert wurden
• Um eine geschätzte Anzahl von HOCI zu generieren und wo diese auftreten
• Um verbundene HOCI- und Krankenhausausbrüche zu identifizieren
• Ermittlung von Möglichkeiten zur Verringerung der Inzidenz von HOCI
• Bei der Optimierung von IPC-Aktionen, z.B. durch Verringerung des Bedarfs an zusätzlicher Reinigung, Schließung von Stationen usw., wenn Ausbrüche im Krankenhaus ausgeschlossen sind
• Bei wechselnder Arbeitsbelastung, z.B. durch Verringerung des Bedarfs an zusätzlichen Reinigungen, Schließungen von Stationen usw., wenn Ausbrüche in einem Krankenhaus ausgeschlossen sind. Durch die Erweiterung dieser Ansätze werden die Ermittler messen, ob die oben genannten Faktoren durch die Zeit bis zum Ergebnis der Sequenzdaten beeinflusst werden.

COG-UK HOCI ist eine prospektive, interventionelle Kohorten-Überlegenheitsstudie der Phase III.

Die Zuweisung entweder zur schnellen lokalen Sequenzierung (ca. 24–48 h) oder zum Fehlen einer schnellen lokalen Sequenzierung (d. h. über das Wellcome Sanger Institute um >96 h) hängt vom Zeitpunkt der Studie ab (siehe Zeitleisten).

Vorgeschlagene Studiendauer: 12 Monate; bestehend aus 6 Monaten Einrichtung, Basisdatenerfassung, Interventionsdatenerfassung) und bis zu 6 Monaten Datenbereinigung, Datenanalyse und Berichterstellung.