Проект COG-UK Исследование внутрибольничных инфекций COVID-19 (COG-UK HOCI)

Больницы признаны основным источником риска распространения инфекций, несмотря на наличие защитных мер. В нормальных условиях персонал может заразиться и передать инфекцию, но влияние внутрибольничной инфекции на здоровье наиболее велико у уязвимых пациентов. Для COVID-19, таких как SARS-CoV, MERS-CoV и вирус Эбола, риск внутрибольничного распространения инфекции представляет дополнительный и значительный риск для здоровья медицинских работников (МР). Во время эпидемий обычная практика профилактики и контроля инфекций (ПИИК) еще более осложняется трудностями разграничения внебольничных и внутрибольничных инфекций. Это может привести к ошибочной идентификации нозокомиальной передачи, что потребует ненужных усилий по ПИИК, в то время как истинная внутрибольничная передача будет упущена, что подвергает пациентов и медработников повышенному риску.

В настоящее время имеются убедительные доказательства того, что секвенирование генома эпидемических вирусов вместе со стандартной ИКФ лучше исключает внутрибольничную передачу и, в зависимости от вируса, лучше определяет пути передачи, чем только ИКФ1-3. На сегодняшний день все исследования были ретроспективными. Однако разработка методов быстрого секвенирования с помощью нанопор позволяет идентифицировать потенциально связанные или несцепленные вирусы в течение 24–48 часов: этот временной масштаб достаточно короток, чтобы принимать клинические решения в области ПИИК практически в режиме реального времени. Хотя COVID-19 имеет низкую скорость мутаций, оцениваемую примерно в 2,5 изменения на геном в месяц, общепризнано, что в настоящее время существует достаточное вирусное разнообразие, чтобы определить, где инфекции пациентов и персонала, которые, по-видимому, сгруппированы во времени и пространстве, на самом деле вызваны разные генотипы COVID-194. Такая информация позволит быстро исключить внутрибольничную передачу как причину кластера, уменьшить потребность в вмешательстве в ПИИК и дать уверенность работникам здравоохранения в том, что меры ПИИК, включая средства индивидуальной защиты (СИЗ), не были нарушены. Однако подтвердить передачу COVID-19 пациентам и медицинским работникам может быть сложнее, если одна наблюдаемая мутация между двумя геномами может представлять от одной до десяти передач. Идентичные геномы не обязательно будут доказательством связи между двумя случаями. Тем не менее, помещая обнаруженные генотипы в рамки всех генотипов, обнаруженных в больничных условиях, окружающем сообществе и COG-UK в целом, можно постулировать внутрибольничную передачу, когда сравнительно необычные генотипы очевидно связаны или группируются во времени и пространстве. .

Инициатива COG-UK, целью которой является секвенирование как можно большего количества вирусов COVID-19 в Великобритании, таким образом, предоставляет важную и уникальную возможность проверить, производятся ли данные о вирусной последовательности в режиме, близком к реальному времени, в дополнение к предоставлению ценной информации для общественности. планирование здравоохранения, может также уменьшить неопределенность в отношении случаев внутрибольничной передачи инфекции, повысить целенаправленность усилий по ПИИК, улучшить работу больниц и снизить роль больниц как источника инфекции для населения.

Чтобы решить эту проблему, исследователи предлагают дополнительное исследование COG-UK HOCI. COG-UK HOCI будет использовать дизайн COG-UK со смешанной моделью небольших центров секвенирования, расположенных рядом с больницами, и крупного централизованного центра секвенирования большинства вирусов, чтобы определить не только полезность быстрого секвенирования вирусов для ведения пациентов, но и то, как это может быть критично по времени; время обработки данных секвенирования из центрального узла, вероятно, будет больше (5–7 дней), чем для данных из локальных узлов секвенирования (<48 часов).

COG-UK HOCI, определяя и сообщая о частотах генотипов COVID-19 в своих больницах-участниках по сравнению с таковыми в более широком сообществе, также сможет преодолеть некоторые из неотъемлемых барьеров для выявления вероятных источников HOCI. Полученные данные обеспечат максимально точную картину, учитывая ограничения вирусного генетического разнообразия, количество инфекций COVID-19, приобретаемых в результате внутрибольничной передачи, и где эти передачи происходят. В то время как COG-UK будет предоставлять данные о полезности вирусной геномики для национального планирования общественного здравоохранения, COG-UK HOCI будет количественно определять полезность тех же данных для местного лечения внутрибольничной инфекции, независимо от того, зависят ли наблюдаемые преимущества от времени, и предоставлять наилучшие оценки как данные о вирусных последовательностях можно использовать для количественной оценки HOCI.

Результаты COG-UK HOCI послужат дополнительной информацией для принятия решений о вероятном будущем использовании секвенирования вирусного генома для борьбы с эпидемиями и пандемиями, а также о том, как его лучше всего организовать, централизовать или диверсифицировать для достижения максимального эффекта.

Главной целью этого исследования является определение полезности секвенирования всего генома для получения дополнительной информации о внутрибольничных инфекциях COVID-19 (HOCI), что, в свою очередь, может оптимизировать меры ПИИК. Кроме того, проект направлен на предоставление ранних данных, которые помогут количественно оценить события HOCI и определить, где они происходят. Это будет способствовать планированию местного уровня доверия и пониманию роли HOCI в содействии исходам и распространению COVID-19.

В частности, исследование определит роль доступности данных о последовательности COVID-19 в режиме реального времени:

• В сочетании с обычными данными IPC для идентификации и характеристики HOCI.
• Чтобы определить и охарактеризовать HOCI, ранее не идентифицированные с помощью обычных данных IPC.
• Чтобы сгенерировать оценочное количество HOCI и где они происходят
• Для выявления связанных HOCI и больничных вспышек
• Определить пути снижения заболеваемости HOCI
• При оптимизации действий IPC, например. за счет уменьшения потребности в дополнительной уборке, закрытии отделений и т. д., когда вспышки в больницах исключены
• При изменении рабочей нагрузки, т.е. за счет уменьшения потребности в дополнительной уборке, закрытии отделений и т. д., когда исключаются вспышки в больницах. Дополняя эти подходы, исследователи будут измерять, влияет ли на вышеперечисленное время для получения результатов секвенирования данных.

COG-UK HOCI — это проспективное, интервенционное, когортное исследование превосходства III фазы.

Распределение либо на быстрое локальное секвенирование (с 24 до 48 часов), либо на отсутствие быстрого локального секвенирования (например, через институт Wellcome Sanger >96 часов) будет зависеть от времени исследования (см. временные рамки).

Предлагаемая продолжительность исследования: 12 месяцев; включая 6 месяцев настройки, сбор исходных данных, сбор интервенционных данных) и до 6 месяцев на очистку данных, анализ данных и отчетность.