Projeto COG-UK Estudo de Infecções Hospitalares por COVID-19 (COG-UK HOCI)

Os hospitais são reconhecidos como um grande risco para a propagação de infecções, apesar da disponibilidade de medidas de proteção. Em circunstâncias normais, os funcionários podem adquirir e transmitir infecções, mas o impacto da infecção nosocomial na saúde é maior em pacientes vulneráveis. Para o COVID-19, como SARS-CoV, MERS-CoV e vírus Ebola, o risco de disseminação nosocomial da infecção apresenta um risco adicional e significativo à saúde dos profissionais de saúde (HCW). Durante as epidemias, a prática normal de prevenção e controle de infecções (IPC) é ainda mais complicada pelas dificuldades de distinguir infecções adquiridas na comunidade e hospitalares. Isso pode levar à identificação errônea da transmissão nosocomial, envolvendo esforços desnecessários de IPC, enquanto as verdadeiras transmissões nosocomiais são perdidas, colocando assim os pacientes e profissionais de saúde em maior risco.

Existem agora boas evidências de que o sequenciamento do genoma de vírus epidêmicos, juntamente com o IPC padrão, exclui melhor as transmissões nosocomiais e, dependendo do vírus, identifica melhor as rotas de transmissão do que o IPC sozinho1-3. Até o momento, todos os estudos foram retrospectivos. No entanto, o desenvolvimento de métodos rápidos de sequenciamento de nanoporos permite a identificação de vírus potencialmente vinculados ou não vinculados dentro de 24 a 48 horas: essa escala de tempo é curta o suficiente para informar as decisões clínicas de IPC quase em tempo real. Embora o COVID-19 tenha uma baixa taxa de mutação estimada em cerca de 2,5 alterações por genoma por mês, é geralmente aceito que existe diversidade viral suficiente para identificar onde as infecções de pacientes e funcionários aparentemente agrupadas no tempo e no espaço são de fato devidas a diferentes genótipos de COVID-194. Essas informações excluiriam rapidamente a transmissão nosocomial como a causa do cluster, reduziriam a necessidade de intervenção de IPC e garantiriam aos profissionais de saúde que as medidas de IPC, incluindo equipamentos de proteção individual (EPI), não haviam sido violadas. No entanto, a confirmação da transmissão do COVID-19 para pacientes e profissionais de saúde pode ser mais difícil com uma única mutação observada entre dois genomas representando de forma viável qualquer coisa entre uma e dez transmissões. Genomas idênticos não fornecerão necessariamente evidências de uma ligação entre dois casos. No entanto, colocando os genótipos detectados na estrutura de todos os genótipos detectados no ambiente hospitalar, na comunidade circundante e no COG-UK como um todo, pode ser possível postular a transmissão nosocomial onde genótipos comparativamente incomuns estão aparentemente ligados ou agrupados no tempo e no espaço .

A iniciativa COG-UK, que visa sequenciar o maior número possível de vírus COVID-19 em todo o Reino Unido, oferece uma oportunidade importante e única para testar se os dados da sequência viral produzidos quase em tempo real, além de fornecer informações valiosas para o público planejamento de saúde, também poderia reduzir as incertezas em torno de eventos de transmissão nosocomial, direcionar melhor os esforços de IPC, melhorar o funcionamento hospitalar e reduzir o papel dos hospitais como fonte de infecção para a comunidade.

Para resolver isso, os investigadores propõem um estudo adjuvante, COG-UK HOCI. O COG-UK HOCI aproveitará o design do COG-UK, com seu modelo misto de hubs de sequenciamento menores localizados perto de hospitais e um grande hub centralizado sequenciando a maioria dos vírus, para identificar não apenas se o sequenciamento viral rápido é útil para o gerenciamento de pacientes, mas também como isso pode ser crítico no tempo; os tempos de resposta para os dados de sequência do hub central provavelmente serão mais longos (5-7 dias) do que os dos hubs de sequenciamento locais (<48 horas).

O COG-UK HOCI, ao definir e relatar as frequências do genótipo COVID-19 em seus hospitais participantes, em comparação com os da comunidade em geral, também terá o potencial de superar algumas das barreiras inerentes à identificação das prováveis ​​fontes de HOCI. Os dados gerados fornecerão uma imagem o mais precisa possível, dadas as restrições da diversidade genética viral, do número de infecções por COVID-19 adquiridas por transmissão nosocomial e onde essas transmissões estão ocorrendo. Enquanto o COG-UK fornecerá dados sobre a utilidade da genômica viral para o planejamento nacional de saúde pública, o COG-UK HOCI quantificará a utilidade dos mesmos dados para o gerenciamento local de infecções nosocomiais, se os benefícios observados dependem do tempo e fornecerá as melhores estimativas de como os dados da sequência viral podem ser usados ​​para quantificar o HOCI.

Os resultados do COG-UK HOCI informarão ainda mais as decisões sobre o provável uso futuro do sequenciamento do genoma viral para o gerenciamento de epidemias e pandemias e como ele pode ser melhor organizado, centralizado ou diversificado, para proporcionar o máximo impacto.

O objetivo geral deste estudo é determinar a utilidade do sequenciamento de todo o genoma para fornecer informações adicionais sobre infecções por COVID-19 de início hospitalar (HOCI) que, por sua vez, podem otimizar as medidas de IPC. Além disso, o projeto visa fornecer dados iniciais para ajudar a quantificar eventos HOCI e onde eles estão ocorrendo. Isso contribuirá para o planejamento do nível de confiança local e para a compreensão do papel dos HOCIs na contribuição para os resultados e disseminação do COVID-19.

Especificamente, o estudo determinará o papel da disponibilidade em tempo real dos dados de sequência do COVID-19:

• Em conjunto com dados IPC de rotina, para identificar e caracterizar HOCI
• Identificar e caracterizar HOCI não previamente identificado por dados de IPC de rotina
• Para gerar números estimados de HOCI e onde eles estão ocorrendo
• Identificar surtos hospitalares e HOCI vinculados
• Identificar maneiras de reduzir a incidência de HOCI
• Ao otimizar as ações do IPC, por ex. reduzindo a necessidade de limpeza extra, fechamento de enfermarias, etc., onde surtos hospitalares são excluídos
• Ao alterar a carga de trabalho, por ex. reduzindo a necessidade de limpeza extra, fechamentos de enfermarias, etc., onde surtos hospitalares são excluídos Aumentando essas abordagens, os investigadores irão medir se os itens acima são influenciados pelo tempo para sequenciar os resultados dos dados.

O COG-UK HOCI é um estudo de fase III prospectivo, intervencional, de coorte e de superioridade.

A alocação para sequenciamento local rápido (c.24-48h) ou falta de sequenciamento local rápido (ou seja, via Wellcome Sanger Institute em > 96h) dependerá do tempo do estudo (consulte os cronogramas).

Duração proposta do estudo: 12 meses; compreendendo 6 meses de configuração, coleta de dados de linha de base, coleta de dados de intervenção) e até 6 meses de limpeza de dados, análise de dados e relatórios.