COG-UK Project Hospital-Onset COVID-19 Infections Study (COG-UK HOCI)

A védőintézkedések ellenére a kórházak a fertőzések terjedésének fő kockázatát jelentik. Normális körülmények között a személyzet fertőzéseket szerezhet és továbbíthat, de a nozokomiális fertőzés egészségre gyakorolt ​​hatása a veszélyeztetett betegeknél a legnagyobb. A COVID-19-hez hasonlóan a SARS-CoV-hoz, a MERS-CoV-hoz és az Ebola-vírushoz a fertőzés nozokomiális terjedésének kockázata további és jelentős egészségügyi kockázatot jelent az egészségügyi dolgozók (HCW) számára. Járványok idején a normál fertőzésmegelőzési és -ellenőrzési (IPC) gyakorlatot tovább nehezíti a közösségben és a kórházban szerzett fertőzések megkülönböztetésének nehézsége. Ez a nozokomiális átvitel hibás azonosításához vezethet, ami szükségtelen IPC erőfeszítésekkel jár, miközben a valódi nozokomiális átvitel elmarad, ezáltal a betegek és a HCW fokozott kockázatnak vannak kitéve.

Ma már jó bizonyíték van arra, hogy a járványvírusok genomszekvenálása a standard IPC-vel együtt jobban kizárja a nozokomiális átvitelt, és a vírustól függően jobban azonosítja az átviteli útvonalakat, mint az IPC önmagában1-3. Eddig minden tanulmány retrospektív volt. A gyors nanopórusos szekvenálási módszerek kifejlesztése azonban lehetővé teszi a potenciálisan kapcsolódó vagy nem kapcsolt vírusok 24-48 órán belüli azonosítását: ez az időtartam elég rövid ahhoz, hogy a klinikai IPC-döntéseket közel valós időben tájékoztassa. Bár a COVID-19 mutációs rátája alacsony, becslések szerint körülbelül 2,5 változás genomonként havonta, általános egyetértés van abban, hogy ma már elegendő vírusdiverzitás létezik ahhoz, hogy azonosítani lehessen a betegek és a személyzet időben és térben nyilvánvalóan csoportosuló fertőzéseit. különböző COVID-19 genotípusok4. Az ilyen információk gyorsan kizárnák a nozokomiális átvitelt, mint a klaszter okait, csökkentenék az IPC beavatkozásának szükségességét, és megnyugtatást nyújtanának az egészségügyi dolgozóknak arról, hogy az IPC-intézkedéseket, beleértve az egyéni védőeszközöket (PPE), nem sértették meg. A COVID-19 betegekre és egészségügyi dolgozókra való átterjedésének megerősítése azonban nehezebb lehet, ha két genom között egyetlen mutáció figyelhető meg, amely egy és tíz közötti átvitelt jelenthet. Az azonos genomok nem feltétlenül szolgáltatnak bizonyítékot két eset közötti kapcsolatra. Mindazonáltal, ha a kimutatott genotípusokat a kórházi környezetben, a környező közösségben és a COG-UK egészében az összes kimutatott genotípus keretébe helyezzük, lehetséges lehet a nozokomiális átvitel feltételezése, ahol a viszonylag ritka genotípusok láthatóan kapcsolódnak egymáshoz vagy csoportosulnak időben és térben. .

A COG-UK kezdeményezés, amelynek célja a lehető legtöbb COVID-19 vírus szekvenálása az Egyesült Királyságban, így fontos és egyedülálló lehetőséget kínál annak tesztelésére, hogy a vírusszekvencia adatok csaknem valós időben keletkeznek-e, amellett, hogy értékes információkat szolgáltat a nyilvánosság számára. Az egészségügyi tervezés csökkentheti a nozokomiális átviteli események körüli bizonytalanságokat, jobban célozhatja az IPC erőfeszítéseit, javíthatja a kórházak működését, és csökkentheti a kórházak fertőzésforrásként betöltött szerepét a közösségben.

Ennek megoldására a vizsgálók egy kiegészítő tanulmányt javasolnak, a COG-UK HOCI. A COG-UK HOCI kihasználja a COG-UK tervezés előnyeit, a kórházak közelében elhelyezett kisebb szekvenálási csomópontok vegyes modelljével és a legtöbb vírust szekvenáló nagy, központosított hubbal annak megállapítására, hogy a gyors vírusszekvenálás hasznos-e a betegek kezelésében, hanem hogyan. ez időkritikus lehet; A központi csomópontból származó szekvenciaadatok átfutási ideje valószínűleg hosszabb (5-7 nap), mint a helyi szekvenálási központokból származóé (<48 óra).

A COG-UK HOCI a COVID-19 genotípus gyakoriságának meghatározásával és jelentésével a részt vevő kórházain belül, összehasonlítva a tágabb közösséggel, képes lesz arra is, hogy leküzdje a HOCI valószínű forrásainak azonosítása előtt álló bizonyos akadályokat. A generált adatok a lehető legpontosabb képet adják, tekintettel a vírusok genetikai sokféleségének korlátaira, a kórházi úton terjedő COVID-19 fertőzések számáról és arról, hogy ezek az átvitelek hol történtek. Míg a COG-UK adatokat fog szolgáltatni a vírusgenomika hasznosságáról a nemzeti közegészségügyi tervezéshez, a COG-UK HOCI számszerűsíti ugyanezen adatok hasznosságát a nozokomiális fertőzések helyi kezelésében, függetlenül attól, hogy a megfigyelt előnyök időfüggőek-e, és a legjobb becsléseket adják-e hogyan használhatók fel a vírusszekvencia adatok a HOCI mennyiségi meghatározására.

A COG-UK HOCI eredményei további tájékoztatást adnak a vírusgenom-szekvenálás várható jövőbeni felhasználásáról a járványok és világjárványok kezelésére, valamint arról, hogyan lehetne a legjobban megszervezni, centralizálni vagy diverzifikálni a maximális hatás elérése érdekében.

Ennek a tanulmánynak az átfogó célja, hogy meghatározza a teljes genom szekvenálás hasznosságát, hogy további betekintést nyújtson a kórházi COVID-19 fertőzésekbe (HOCI), amelyek viszont optimalizálhatják az IPC-méréseket. Ezen túlmenően a projekt célja, hogy korai adatokat biztosítson a HOCI események számszerűsítéséhez és azok előfordulásának helyéhez. Ezek hozzájárulnak a helyi bizalomszintű tervezéshez, valamint a HOCI-k szerepének megértéséhez a COVID-19 kimeneteléhez és terjedéséhez.

A tanulmány konkrétan meghatározza a COVID-19 szekvenciaadatok valós idejű elérhetőségének szerepét:

• A rutin IPC adatokkal együtt a HOCI azonosítására és jellemzésére
• A rutin IPC adatokkal korábban nem azonosított HOCI azonosítása és jellemzése
• A HOCI becsült számának generálása és ezek előfordulási helye
• A kapcsolódó HOCI és kórházi járványok azonosítása
• A HOCI előfordulásának csökkentésének módjainak azonosítása
• Az IPC műveletek optimalizálása során pl. az extra takarítás, az osztályok bezárásának stb. szükségességének csökkentésével, ahol a kórházi járványok kizártak
• A változó terhelésnél pl. az extra takarítás, az osztályok bezárásának stb. szükségességének csökkentésével, ahol a kórházi járványok kitörését kizárják. Ezeket a megközelítéseket bővítve a vizsgálók mérik, hogy a fentieket befolyásolja-e az adatok sorrendjének meghatározásához szükséges idő.

A COG-UK HOCI egy III. fázisú prospektív, intervenciós, kohorsz, felsőbbrendűségi vizsgálat.

A gyors helyi szekvenálás (kb. 24-48 óra) vagy a gyors helyi szekvenálás hiánya (azaz a Wellcome Sanger Institute-on keresztül, >96 óra) a vizsgálat időpontjától függ (lásd az idővonalakat).

A tanulmányok javasolt időtartama: 12 hónap; 6 hónapos beállításból, alapadatgyűjtésből, beavatkozási adatgyűjtésből) és legfeljebb 6 hónapos adattisztításból, adatelemzésből és jelentéskészítésből áll.