COG-UK Project Hospital-Onset Infections Study COVID-19 (COG-UK HOCI)

Nemocnice jsou považovány za hlavní riziko šíření infekcí navzdory dostupnosti ochranných opatření. Za normálních okolností může personál získat a přenášet infekce, ale zdravotní dopad nozokomiální infekce je největší u zranitelných pacientů. U COVID-19, jako jsou SARS-CoV, MERS-CoV a virus Ebola, představuje riziko nozokomiálního šíření infekce další a významné zdravotní riziko pro zdravotnické pracovníky (HCW). Během epidemií je běžná praxe prevence a kontroly infekcí (IPC) dále komplikována obtížemi s rozlišením komunitních a nemocničních infekcí. To může vést k chybné identifikaci nozokomiálního přenosu, což vyžaduje zbytečné úsilí IPC, zatímco skutečné nozokomiální přenosy jsou vynechány, čímž jsou pacienti a HCW vystaveni zvýšenému riziku.

Nyní existují dobré důkazy, že sekvenování genomu epidemických virů spolu se standardní IPC lépe vylučuje nozokomiální přenosy a v závislosti na viru lépe identifikuje cesty přenosu než samotné IPC1-3. Dosud byly všechny studie retrospektivní. Vývoj metod rychlého sekvenování nanopórů však umožňuje identifikaci potenciálně spojených nebo nespojených virů během 24-48 hodin: tato doba je dostatečně krátká, aby poskytla informace o klinických rozhodnutích IPC v téměř reálném čase. Ačkoli má COVID-19 nízkou míru mutací odhadovanou na přibližně 2,5 změny na genom za měsíc, obecně se souhlasí s tím, že nyní existuje dostatečná virová diverzita, aby bylo možné identifikovat, kde jsou infekce pacientů a personálu, které jsou zjevně seskupené v čase a prostoru, ve skutečnosti způsobeny různé genotypy COVID-194. Takové informace by rychle vyloučily nozokomiální přenos jako příčinu shluku, snížily by potřebu intervence IPC a poskytly zdravotnickým pracovníkům jistotu, že opatření IPC včetně osobních ochranných prostředků (PPE) nebyla porušena. Potvrzení přenosu COVID-19 na pacienty a zdravotnické pracovníky však může být obtížnější s jedinou pozorovanou mutací mezi dvěma genomy, která reálně představuje něco mezi jedním až deseti přenosy. Identické genomy nemusí nutně poskytovat důkaz o spojení mezi dvěma případy. Nicméně umístěním genotypů detekovaných do rámce všech genotypů detekovaných v nemocničním prostředí, okolní komunitě a COG-UK jako celku může být možné postulovat nozokomiální přenos, kde jsou poměrně neobvyklé genotypy zjevně spojeny nebo se shlukují v čase a prostoru. .

Iniciativa COG-UK, jejímž cílem je sekvenovat co nejvíce virů COVID-19 ve Spojeném království, tak kromě poskytování cenných informací pro veřejnost poskytuje důležitou a jedinečnou příležitost otestovat, zda jsou data o virové sekvenci vytvářena téměř v reálném čase. zdravotní plánování, by také mohlo snížit nejistoty kolem událostí nozokomiálního přenosu, lépe zaměřit úsilí IPC, zlepšit fungování nemocnic a snížit roli nemocnic jako zdroje infekce pro komunitu.

K vyřešení tohoto problému výzkumníci navrhují doplňkovou studii COG-UK HOCI. COG-UK HOCI využije design COG-UK se svým smíšeným modelem menších sekvenačních center umístěných v blízkosti nemocnic a velkým centralizovaným centrem sekvenujícím většinu virů, aby nejen zjistil, zda je rychlé sekvenování virů užitečné pro léčbu pacientů, ale jak to může být časově kritické; Doba zpracování sekvenčních dat z centrálního hubu bude pravděpodobně delší (5-7 dní) než u lokálních sekvenčních hub (<48 hodin).

COG-UK HOCI tím, že definuje a hlásí frekvence genotypu COVID-19 ve svých zúčastněných nemocnicích ve srovnání s těmi v širší komunitě, bude mít také potenciál překonat některé z přirozených překážek pro identifikaci pravděpodobných zdrojů HOCI. Získaná data poskytnou co nejpřesnější obrázek, s ohledem na omezení virové genetické diverzity, o počtech infekcí COVID-19 získaných nozokomiálním přenosem a o tom, kde k těmto přenosům dochází. Zatímco COG-UK poskytne data o užitečnosti virové genomiky pro národní plánování veřejného zdraví, COG-UK HOCI bude kvantifikovat užitečnost stejných dat pro místní management nozokomiálních infekcí, zda pozorované přínosy jsou závislé na čase a poskytují nejlepší odhady jak lze data virové sekvence použít ke kvantifikaci HOCI.

Výstupy z COG-UK HOCI budou dále informovat o pravděpodobném budoucím využití sekvenování virového genomu pro zvládání epidemií a pandemií a o tom, jak by mohlo být nejlépe organizováno, centralizováno nebo diverzifikováno, aby bylo dosaženo maximálního účinku.

Zastřešujícím cílem této studie je určit užitečnost sekvenování celého genomu k poskytnutí dalšího vhledu do nemocničních infekcí COVID-19 (HOCI), které zase mohou optimalizovat opatření IPC. Kromě toho je cílem projektu poskytnout včasná data, která pomohou kvantifikovat události HOCI a místa, kde k nim dochází. Ty přispějí k plánování na úrovni místní důvěry a k pochopení role HOCI při přispívání k výsledkům a šíření COVID-19.

Studie konkrétně určí roli dostupnosti sekvenčních dat COVID-19 v reálném čase:

• Ve spojení s rutinními údaji IPC k identifikaci a charakterizaci HOCI
• Identifikovat a charakterizovat HOCI, které nebyly dříve identifikovány rutinními údaji IPC
• Generovat odhadovaný počet HOCI a kde se vyskytují
• K identifikaci souvisejících HOCI a nemocničních ohnisek
• Identifikovat způsoby, jak snížit výskyt HOCI
• Při optimalizaci akcí IPC, např. snížením potřeby dalšího úklidu, zavíráním oddělení atd., kde jsou vyloučena nemocniční ohniska
• Při změně pracovní náplně, např. snížením potřeby dalšího úklidu, zavírání oddělení atd., kde jsou vyloučena nemocniční ohniska. Rozšířením těchto přístupů budou vyšetřovatelé měřit, zda jsou výše uvedené skutečnosti ovlivněny dobou do sekvenčního zpracování výsledků.

COG-UK HOCI je prospektivní, intervenční, kohortní studie superiority fáze III.

Alokace buď rychlému lokálnímu sekvenování (cca 24-48h), nebo absence rychlého lokálního sekvenování (tj. přes Wellcome Sanger Institute při >96h) bude záviset na době studie (viz časové osy).

Navrhovaná délka studia: 12 měsíců; zahrnující 6 měsíců nastavení, sběr výchozích dat, intervenční sběr dat) a až 6 měsíců čištění dat, analýzy dat a reportování.