Étude sur les infections à COVID-19 à l'hôpital du projet COG-UK (COG-UK HOCI)

Les hôpitaux sont reconnus comme un risque majeur de propagation des infections malgré la disponibilité de mesures de protection. Dans des circonstances normales, le personnel peut contracter et transmettre des infections, mais l'impact des infections nosocomiales sur la santé est plus important chez les patients vulnérables. Pour le COVID-19, comme le SRAS-CoV, le MERS-CoV et le virus Ebola, le risque de propagation nosocomiale de l'infection présente un risque supplémentaire et important pour la santé des travailleurs de la santé (TS). Pendant les épidémies, la pratique normale de prévention et de contrôle des infections (PCI) est encore compliquée par les difficultés à distinguer les infections nosocomiales et nosocomiales. Cela peut conduire à une identification erronée de la transmission nosocomiale, impliquant des efforts inutiles de PCI, tandis que les véritables transmissions nosocomiales sont manquées, ce qui expose les patients et les travailleurs de la santé à un risque accru.

Il existe maintenant de bonnes preuves que le séquençage du génome des virus épidémiques, associé à l'IPC standard, exclut mieux les transmissions nosocomiales et, selon le virus, identifie mieux les voies de transmission, que l'IPC seul1-3. A ce jour, toutes les études sont rétrospectives. Cependant, le développement de méthodes de séquençage rapide des nanopores permet l'identification de virus potentiellement liés ou non liés dans les 24 à 48 heures : cette échelle de temps est suffisamment courte pour éclairer les décisions cliniques IPC en temps quasi réel. Bien que COVID-19 ait un faible taux de mutation estimé à environ 2,5 changements par génome par mois, il est généralement admis qu'il existe désormais une diversité virale suffisante pour identifier où les infections des patients et du personnel qui sont apparemment regroupées dans le temps et dans l'espace, sont en fait dues à différents génotypes COVID-194. De telles informations excluraient rapidement la transmission nosocomiale comme cause du cluster, réduiraient le besoin d'intervention IPC et rassureraient les travailleurs de la santé sur le fait que les mesures IPC, y compris les équipements de protection individuelle (EPI), n'ont pas été enfreintes. Cependant, la confirmation de la transmission du COVID-19 aux patients et aux travailleurs de la santé peut être plus difficile avec une seule mutation observée entre deux génomes représentant vraisemblablement entre une et dix transmissions. Des génomes identiques ne fourniront pas nécessairement la preuve d'un lien entre deux cas. Néanmoins, en plaçant les génotypes détectés dans le cadre de tous les génotypes détectés dans le cadre hospitalier, la communauté environnante et le COG-UK dans son ensemble, il peut être possible de postuler une transmission nosocomiale où des génotypes relativement rares sont apparemment liés ou se regroupent dans le temps et l'espace. .

L'initiative COG-UK, qui vise à séquencer autant de virus COVID-19 que possible à travers le Royaume-Uni, offre ainsi une occasion importante et unique de tester si les données de séquence virale produites en temps quasi réel, en plus de fournir des informations précieuses au public planification sanitaire, pourrait également réduire les incertitudes entourant les événements de transmission nosocomiale, mieux cibler les efforts de PCI, améliorer le fonctionnement des hôpitaux et réduire le rôle des hôpitaux en tant que source d'infection pour la communauté.

Pour y remédier, les chercheurs proposent une étude complémentaire, COG-UK HOCI. COG-UK HOCI tirera parti de la conception COG-UK, avec son modèle mixte de centres de séquençage plus petits situés à proximité des hôpitaux et un grand centre central séquençant la plupart des virus, pour déterminer non seulement si le séquençage viral rapide est utile pour la gestion des patients, mais comment cela pourrait être critique dans le temps ; les délais de traitement des données de séquençage du hub central sont susceptibles d'être plus longs (5 à 7 jours) que ceux des hubs de séquençage locaux (<48 heures).

COG-UK HOCI, en définissant et en signalant les fréquences de génotype COVID-19 dans ses hôpitaux participants, par rapport à celles de la communauté au sens large, aura également le potentiel de surmonter certains des obstacles inhérents à l'identification des sources probables de HOCI. Les données générées fourniront une image aussi précise que possible, compte tenu des contraintes de la diversité génétique virale, du nombre d'infections au COVID-19 acquises par transmission nosocomiale et où ces transmissions se produisent. Alors que COG-UK fournira des données sur l'utilité de la génomique virale pour la planification nationale de la santé publique, COG-UK HOCI quantifiera l'utilité des mêmes données pour la gestion locale de l'infection nosocomiale, si les avantages observés dépendent du temps et fourniront les meilleures estimations de comment les données de séquence virale peuvent être utilisées pour quantifier HOCI.

Les résultats de COG-UK HOCI éclaireront davantage les décisions sur l'utilisation future probable du séquençage du génome viral pour la gestion des épidémies et des pandémies et sur la meilleure façon de l'organiser, de le centraliser ou de le diversifier pour avoir un impact maximal.

L'objectif primordial de cette étude est de déterminer l'utilité du séquençage du génome entier pour fournir des informations supplémentaires sur les infections à COVID-19 d'origine hospitalière (HOCI) qui, à leur tour, peuvent optimiser les mesures IPC. En outre, le projet vise à fournir des données précoces pour aider à quantifier les événements HOCI et où ils se produisent. Ceux-ci contribueront à la planification du niveau de confiance local et à la compréhension du rôle des HOCI dans la contribution aux résultats et à la propagation du COVID-19.

Plus précisément, l'étude déterminera le rôle de la disponibilité en temps réel des données de séquence COVID-19 :

• En conjonction avec les données IPC de routine, pour identifier et caractériser HOCI
• Pour identifier et caractériser les HOCI non identifiés auparavant par les données IPC de routine
• Pour générer des nombres estimés de HOCI et où ils se produisent
• Pour identifier les HOCI et les épidémies hospitalières liées
• Identifier les moyens de réduire l'incidence des HOCI
• En optimisant les actions IPC, par ex. en réduisant le besoin de nettoyage supplémentaire, de fermetures de salles, etc. où les épidémies hospitalières sont exclues
• En cas de charge de travail changeante, par ex. en réduisant le besoin de nettoyage supplémentaire, de fermetures de salles, etc. où les épidémies d'un hôpital sont exclues. En augmentant ces approches, les enquêteurs mesureront si ce qui précède est influencé par le temps de séquencer les résultats des données.

COG-UK HOCI est une étude de phase III prospective, interventionnelle, de cohorte et de supériorité.

L'attribution au séquençage local rapide (c.24-48h) ou à l'absence de séquençage local rapide (c'est-à-dire via le Wellcome Sanger Institute à> 96h) dépendra de la durée de l'étude (voir les délais).

Durée de l'étude proposée : 12 mois ; comprenant 6 mois de configuration, de collecte de données de base, de collecte de données interventionnelles) et jusqu'à 6 mois de nettoyage des données, d'analyse des données et de rapport.