Mikrobiota-analyysi JAK-estäjillä hoidettujen nivelreumapotilaiden tulosten ennustamiseksi (MARAJA)

Henkilökohtainen lääketiede, jossa jokainen potilas saisi ihanteellisen yksilöllisen hoidon ja hoito-ohjelman, lupaa paljon parantaa potilaan hoitoa. Aiemmat tutkimukset eivät kuitenkaan pystyneet vahvistamaan ennusteita vasteesta sairautta modifioiviin reumalääkkeisiin (DMARD) potilailla, joilla on nivelreuma (RA). JAK-inhibiittorit ovat uusi DMARD-luokka, jolla on suuri tehokkuus ja joka saattaa olla jopa parempi kuin anti-TNF-lääkkeet. Kemikaaleja on olemassa, joten niiden valmistuskustannukset ovat paljon halvemmat kuin biologiset hoidot ja ne ovat todennäköisesti lähivuosina keskeisiä potilaiden hoidossa. Tällä hetkellä saatavilla on kolme: upadacitinib (UPA) -tofasitinibi ja baritsitinibi. Tutkimuksemme keskittyy UPA:han. Kliiniset tulokset riippuvat pääasiassa i) lääkeaineenvaihduntaan ja pitoisuuksiin vaikuttavista tekijöistä ja ii) lääkkeen kohteen ja potilaan sairauteen liittyvien tulehdusreittien välisestä riittävyydestä. Ihmiset kantavat suolistossa biljoonia bakteereita, joiden tiedetään nykyään olevan avaintekijöitä terveydelle ja sairauksille. Näillä bakteereilla on monia entsyymejä ja ne säätelevät voimakkaasti ihmisen entsyymien ilmentymistä. Suoliston mikrobiota voi todellakin suoraan metaboloida suun kautta otettavia lääkkeitä ja säädellä sytokromi P450 3A4:n (CYP3A4), pääasiallisen TOFA:ta metaboloivan entsyymin, ekspressiota. Osoitimme alustavassa hiirikokeessa, että suolen ja mikrobiotan koostumuksen muuttaminen muuttaa JAKi-vaikutuksia signalointireitteihin. Siksi uskomme, että mallit, jotka sisältävät suolen ja mikrobiston koostumuksen yhdessä immuuniaktivaatiomarkkerien kanssa, ennustavat kliinisiä tuloksia UPA:lla hoidetuilla nivelreumapotilailla.

Pää- ja toissijaiset tavoitteet: Rakentaa ennustavia malleja UPA-hoitoa saaneiden nivelreumapotilaiden kliinisille tuloksille (teho ja turvallisuus) mikrobiotaanalyysin ja immuuniaktivaatiomarkkereiden perusteella.

Metodologia:

Tähän monikeskiseen pitkittäiseen prospektiiviseen tutkimukseen osallistuu 60 potilasta, joilla on nivelreuma ja joilla on riittämätön vaste metotreksaatille. Tutkitut kliiniset tulokset ovat EULAR-vasteen puuttuminen 3 kuukauden kohdalla Euroopan reuman vastaisen liigan EULAR:n määrittelemänä (ensisijainen tulos), vähäisen taudin aktiivisuuden saavuttaminen kuuden kuukauden kuluttua tai välikohtauksen haittatapahtumat (toissijaiset tulokset). Suoliston mikrobiota arvioidaan lähtötilanteessa ja M3 sulatetuista ulostenäytteistä. DNA puhdistetaan QIAamp DNA -jakkaraminipakkauksella (Qiagen) ja hyväksytään Qubitilla ja TapeStation 4200:lla (Agilent). Kirjasto valmistetaan monistamalla V1-V2- ja V3-V4-alueita bakteerien 16S-rRNA-geeneistä ja se hyväksytään q-PCR:llä ja amplikonit sekvensoidaan MiSeq:llä (Illumina). Ensimmäinen bioinformaattinen analyysi ja taksonomiat suoritetaan QIIME2-ohjelmistolla. Immuuniaktivaatio arvioidaan JAK-STAT-reitin aktivoinnin kautta JAK STAT -signalointireitin RT²-profilaattorin PCR Arraylla (Qiagen), joka profiloi 84 Jak- ja Stat-välitteiseen signalointiin liittyvän geenin ilmentymistä. UPA-pitoisuudet arvioidaan nestekromatografia-tandem-massaspektrometrialla (LC-MS/MS) lähtötilanteessa ja 3 kuukauden kuluttua. UPA:n kliiniseen dataan liittyvien profiilien määrittämiseen käytetään tilastollisia luokittimia (hermoverkkoalgoritmi, lineaarinen ja neliöllinen erotteluanalyysi, tukivektorikone, satunnaiset metsät, kutistumismenetelmät tai lähimmät naapurit), jotka sisältävät mikrobiomin, JAK STAT -signalointireitin geeniekspression ja kliinisen tiedon. reagointia ja turvallisuutta. Potilaat, jotka lopettavat UPA:n ennenaikaisesti (ennen 3 kuukautta) haittatapahtumien tai seurannan menettämisen vuoksi, katsotaan reagoimattomiksi.