Analýza mikrobioty k předpovědi výsledků pacientů s revmatoidní artritidou léčených inhibitorem JAK (MARAJA)

Personalizovaná medicína, ve které by každý pacient dostal ideální personalizovanou léčbu a režim, je velkým příslibem zlepšení péče o pacienta. Předchozí studie však nedokázaly stanovit ověřené prediktory odpovědi na chorobu modifikující antirevmatická léčiva (DMARD) u pacientů s revmatoidní artritidou (RA). Inhibitory JAK jsou novou třídou DMARD s velkou účinností, která může být dokonce lepší než léky proti TNF. Vzhledem k tomu, že existují chemikálie, jejich výrobní cena je mnohem levnější než biologická léčba a v příštích letech budou pravděpodobně ústředním prvkem péče o pacienty. V současnosti jsou dostupné tři: upadacitinib (UPA), tofacitinib a baricitinib. Naše studie se zaměří na UPA. Klinické výsledky závisí hlavně na i) faktorech ovlivňujících metabolismus a koncentrace léčiva a ii) adekvátnosti mezi cílem léčiva a zánětlivými cestami zapojenými do onemocnění pacienta. Lidé nosí ve svých střevech biliony choroboplodných zárodků, o kterých je nyní známo, že jsou klíčovými hráči ve zdraví a nemoci. Tyto zárodky mají mnoho enzymů a silně modulují expresi lidských enzymů. Střevní mikrobiota může skutečně přímo metabolizovat perorální léky a kontrolovat expresi cytochromu P450 3A4 (CYP3A4), hlavního enzymu metabolizujícího TOFA. V předběžném experimentu na myších jsme ukázali, že modifikace složení střeva a mikrobioty mění účinky JAKi na signální dráhy. Domníváme se tedy, že modely zahrnující složení střevní mikrobioty spolu s markery imunitní aktivace budou predikovat klinické výsledky u pacientů s RA léčených UPA.

Hlavní a vedlejší cíle: Sestavit prediktivní modely pro klinické výsledky (účinnost a bezpečnost) pacientů s RA léčených UPA na základě analýzy mikroflóry a markerů imunitní aktivace.

Metodika:

Tato multicentrická longitudinální prospektivní studie bude zahrnovat 60 pacientů s RA a nedostatečnou odpovědí na methotrexát. Studovanými klinickými výsledky budou nereakce EULAR po 3 měsících, jak je definováno Evropskou ligou proti revmatismu EULAR (primární výsledek), dosažení nízké aktivity onemocnění po 6 měsících nebo nežádoucí nežádoucí účinky (sekundární výsledky). Střevní mikroflóra bude hodnocena na začátku a M3 z rozmražených vzorků stolice. DNA bude purifikována pomocí QIAamp DNA stool mini kit (Qiagen) a kvalifikována pomocí Qubit a TapeStation 4200 (Agilent). Knihovna bude připravena amplifikací oblastí V1-V2 a V3-V4 z bakteriálních genů 16S rRNA a bude kvalifikována pomocí q-PCR a amplikony budou sekvenovány pomocí MiSeq (Illumina). Počáteční bioinformatická analýza a taxonomie budou provedeny pomocí softwaru QIIME2. Imunitní aktivace bude hodnocena prostřednictvím aktivace dráhy JAK-STAT pomocí JAK STAT signální dráhy RT² profiler PCR Array (Qiagen), který profiluje expresi 84 genů souvisejících se signalizací zprostředkovanou Jak a Stat. Koncentrace UPA budou hodnoceny kapalinovou chromatografií-tandemovou hmotnostní spektrometrií (LC-MS/MS) na začátku a po 3 měsících. Statistické klasifikátory (algoritmus neuronové sítě, lineární a kvadratická diskriminační analýza, podpůrný vektorový stroj, náhodné lesy, metody smršťování nebo nejbližší sousedé) zahrnující mikrobiom, genovou expresi signální dráhy JAK STAT a klinická data budou použity k určení profilů spojených s klinickými výsledky UPA. odezva a bezpečnost. Pacienti, kteří předčasně ukončí léčbu UPA (před 3 měsíci) z důvodu nežádoucích účinků nebo ztráty sledování, budou považováni za nereagující.