Analiza mikroflory w celu przewidywania wyników pacjentów z reumatoidalnym zapaleniem stawów leczonych inhibitorem JAK (MARAJA)

Spersonalizowana medycyna, w ramach której każdy pacjent otrzymałby idealnie zindywidualizowane leczenie i schemat leczenia, daje wielką nadzieję na poprawę opieki nad pacjentem. Jednak w poprzednich badaniach nie udało się ustalić zatwierdzonych predyktorów odpowiedzi na modyfikujące przebieg choroby leki przeciwreumatyczne (DMARD) u pacjentów z reumatoidalnym zapaleniem stawów (RZS). Inhibitory JAK to nowa klasa DMARD o dużej skuteczności, która może nawet przewyższać leki anty-TNF. Ponieważ istnieją chemikalia, ich koszt produkcji jest znacznie tańszy niż terapie biologiczne i prawdopodobnie będą one odgrywać kluczową rolę w opiece nad pacjentem w nadchodzących latach. Obecnie dostępne są trzy: upadacitinib (UPA), tofacitinib i baricitinib. Nasze badanie skupi się na UPA. Wyniki kliniczne zależą głównie od i) czynników wpływających na metabolizm i stężenie leku oraz ii) adekwatności między celem leku a szlakami zapalnymi związanymi z chorobą pacjenta. Ludzie przenoszą w swoich jelitach biliony zarazków, o których wiadomo, że odgrywają kluczową rolę w zdrowiu i chorobie. Bakterie te posiadają wiele enzymów i silnie modulują ekspresję enzymów człowieka. Mikroflora jelitowa może rzeczywiście bezpośrednio metabolizować doustne leki i kontrolować ekspresję cytochromu P450 3A4 (CYP3A4), głównego enzymu metabolizującego TOFA. We wstępnym eksperymencie na myszach wykazaliśmy, że modyfikacja składu mikroflory jelitowej zmienia wpływ JAKi na szlaki sygnałowe. Uważamy zatem, że modele obejmujące skład mikroflory jelitowej wraz z markerami aktywacji immunologicznej będą przewidywać wyniki kliniczne u pacjentów z RZS leczonych UPA.

Cele główne i drugorzędne: Zbudowanie modeli predykcyjnych wyników klinicznych (skuteczności i bezpieczeństwa) pacjentów z RZS leczonych UPA na podstawie analizy mikrobiomu i markerów aktywacji immunologicznej.

Metodologia:

To wieloośrodkowe podłużne badanie prospektywne obejmie 60 pacjentów z RZS i niewystarczającą odpowiedzią na metotreksat. Badanymi wynikami klinicznymi będą: brak odpowiedzi EULAR po 3 miesiącach, zgodnie z definicją Europejskiej Ligi przeciwko reumatyzmowi EULAR (główny wynik), osiągnięcie niskiej aktywności choroby po 6 miesiącach lub incydentalne zdarzenia niepożądane (wyniki drugorzędne). Mikroflora jelitowa zostanie oceniona na linii podstawowej i M3 z rozmrożonych próbek kału. DNA zostanie oczyszczone przy użyciu minizestawu QIAamp DNA do kału (Qiagen) i zakwalifikowane przy użyciu Qubit i TapeStation 4200 (Agilent). Biblioteka zostanie przygotowana przez amplifikację regionów V1-V2 i V3-V4 z bakteryjnych genów 16S rRNA i zostanie zakwalifikowana przez q-PCR, a amplikony zostaną zsekwencjonowane przez MiSeq (Illumina). Wstępna analiza bioinformatyczna i taksonomie zostaną przeprowadzone przy użyciu oprogramowania QIIME2. Aktywacja immunologiczna zostanie oceniona poprzez aktywację szlaku JAK-STAT przez profiler ścieżki sygnałowej JAK STAT RT² PCR Array (Qiagen), który profiluje ekspresję 84 genów związanych z sygnalizacją, w której pośredniczy Jak i Stat. Stężenia UPA będą oceniane metodą chromatografii cieczowej-tandemowej spektrometrii mas (LC-MS/MS) na początku badania i po 3 miesiącach. Klasyfikatory statystyczne (algorytm sieci neuronowej, liniowa i kwadratowa analiza dyskryminacyjna, maszyna wektorów nośnych, lasy losowe, metody skurczu lub najbliżsi sąsiedzi) obejmujące mikrobiom, ekspresję genów szlaku sygnałowego JAK STAT i dane kliniczne zostaną wykorzystane do określenia profili związanych z klinicznymi objawami UPA reakcja i bezpieczeństwo. Pacjenci, którzy przedwcześnie zakończą UPA (przed 3 miesiącami) z powodu zdarzeń niepożądanych lub utraty obserwacji, będą uważani za niereagujących.