Mikrobiotaanalyse til at forudsige resultater af reumatoid arthritispatienter behandlet med JAK-hæmmer (MARAJA)

Personlig medicin, hvor hver patient vil modtage den ideelle personlige behandling og regime, har et stort løfte om at forbedre patientens pleje. Tidligere undersøgelser formåede imidlertid ikke at etablere validerede prædiktorer for respons på sygdomsmodificerende anti-rheumatiske lægemidler (DMARDs) hos patienter med reumatoid arthritis (RA). JAK-hæmmere er en ny klasse af DMARD'er med stor effektivitet, der måske endda er bedre end anti-TNF-lægemidler. Da der er kemikalier, er deres produktionsomkostninger meget billigere end biologiske behandlinger, og de vil sandsynligvis være centrale i patientbehandlingen i de kommende år. Tre er i øjeblikket tilgængelige: upadacitinib (UPA) tofacitinib og baricitinib. Vores undersøgelse vil fokusere på UPA. Kliniske resultater afhænger hovedsageligt af i) faktorer, der påvirker lægemiddelmetabolisme og -koncentrationer og ii) tilstrækkelighed mellem lægemiddelmål og de inflammationsveje, der er involveret i patientens sygdom. Mennesker bærer i deres tarm billioner af bakterier, som nu er kendt for at være nøglespillere inden for sundhed og sygdom. Disse bakterier besidder mange enzymer og modulerer stærkt menneskelige enzymers ekspression. Tarm-mikrobiota kan faktisk direkte metabolisere orale lægemidler og kontrollere ekspressionen af ​​cytochrom P450 3A4 (CYP3A4), det vigtigste enzym, der metaboliserer TOFA. Vi viste i et foreløbigt museeksperiment, at ændring af tarm-mikrobiota-sammensætning ændrer JAKi-effekter på signalveje. Vi mener således, at modeller, herunder tarm-mikrobiota-sammensætning sammen med markører for immunaktivering, vil forudsige kliniske resultater hos RA-patienter behandlet med UPA.

Hoved- og sekundære mål: At bygge prædiktive modeller for kliniske resultater (effektivitet og sikkerhed) af RA-patienter behandlet med UPA baseret på mikrobiotaanalyse og markører for immunaktivering.

Metodik:

Denne multicentriske longitudinelle prospektive undersøgelse vil omfatte 60 patienter med RA og utilstrækkelig respons på methotrexat. De undersøgte kliniske resultater vil være EULAR non-respons efter 3 måneder som defineret af den europæiske liga mod gigt EULAR (primært resultat), opnåelse af lav-sygdomsaktivitet efter 6 måneder eller hændelige bivirkninger (sekundære udfald). Tarmmikrobiota vil blive vurderet ved baseline og M3 fra optøede fækale prøver. DNA vil blive oprenset ved hjælp af QIAamp DNA afføring mini-kit (Qiagen) og kvalificeres ved hjælp af Qubit og TapeStation 4200 (Agilent). Biblioteket vil blive forberedt ved amplifikation af V1-V2 og V3-V4 regioner fra de bakterielle 16S rRNA gener og vil blive kvalificeret ved q-PCR og amplikoner vil blive sekventeret af MiSeq (Illumina). Indledende bioinformatiske analyser og taksonomier vil blive udført ved hjælp af QIIME2-softwaren. Immunaktivering vil blive vurderet gennem JAK-STAT pathway aktivering af JAK STAT signalvej RT² profiler PCR Array (Qiagen), som profilerer ekspression af 84 gener relateret til Jak og Stat-medieret signalering. UPA-koncentrationer vil blive vurderet ved væskekromatografi-tandem massespektrometri (LC-MS/MS) ved baseline og 3 måneder. Statistiske klassifikatorer (neural netværksalgoritme, lineær og kvadratisk diskriminationsanalyse, støttevektormaskine, tilfældige skove, svindmetoder eller nærmeste naboer), der inkorporerer mikrobiom, JAK STAT signalvejs genekspression og kliniske data, vil blive brugt til at bestemme profiler forbundet med UPA klinisk respons og sikkerhed. Patienter, der vil stoppe UPA før 3 måneder for tidligt på grund af uønskede hændelser eller tab af opfølgning, vil blive betragtet som ikke-respondere.