Analisi del microbiota per prevedere gli esiti dei pazienti con artrite reumatoide trattati con inibitore JAK (MARAJA)

La medicina personalizzata in cui ogni paziente riceverebbe il trattamento e il regime personalizzati ideali, è molto promettente per migliorare la cura del paziente. Tuttavia, studi precedenti non sono riusciti a stabilire predittori convalidati di risposta ai farmaci antireumatici modificanti la malattia (DMARD) nei pazienti con artrite reumatoide (AR). Gli inibitori JAK sono una nuova classe di DMARD con grande efficacia che potrebbe essere persino superiore ai farmaci anti-TNF. Poiché esistono prodotti chimici, il loro costo di produzione è molto più basso rispetto alle terapie biologiche e probabilmente saranno centrali nella cura dei pazienti nei prossimi anni. Tre sono attualmente disponibili: upadacitinib (UPA) tofacitinib e baricitinib. Il nostro studio si concentrerà sull'UPA. Gli esiti clinici dipendono principalmente da i) fattori che influenzano il metabolismo e le concentrazioni del farmaco e ii) l'adeguatezza tra il bersaglio del farmaco e le vie infiammatorie coinvolte nella malattia del paziente. Gli esseri umani portano nel loro intestino trilioni di germi, che ora sono noti per essere attori chiave nella salute e nella malattia. Quei germi possiedono molti enzimi e modulano fortemente l'espressione degli enzimi umani. Il microbiota intestinale può, infatti, metabolizzare direttamente i farmaci orali e controllare l'espressione del citocromo P450 3A4 (CYP3A4), il principale enzima che metabolizza il TOFA. Abbiamo dimostrato, in un esperimento preliminare sui topi, che la modifica della composizione del microbiota intestinale modifica gli effetti di JAKi sui percorsi di segnalazione. Riteniamo quindi che i modelli che includono la composizione del microbiota intestinale insieme ai marcatori di attivazione immunitaria prediranno gli esiti clinici nei pazienti affetti da AR trattati con UPA.

Obiettivi principali e secondari: Costruire modelli predittivi per gli esiti clinici (efficacia e sicurezza) dei pazienti affetti da AR trattati con UPA sulla base dell'analisi del microbiota e dei marcatori dell'attivazione immunitaria.

Metodologia:

Questo studio prospettico longitudinale multicentrico includerà 60 pazienti con AR e risposta inadeguata al metotrexato. Gli esiti clinici studiati saranno la mancata risposta EULAR a 3 mesi come definito dalla European League against rheumatism EULAR (outcome primario), il raggiungimento di un'attività di bassa malattia a 6 mesi o eventi avversi incidenti (outcome secondari). Il microbiota intestinale sarà valutato al basale e M3 da campioni fecali scongelati. Il DNA sarà purificato utilizzando il mini kit per feci QIAamp DNA (Qiagen) e qualificato utilizzando Qubit e TapeStation 4200 (Agilent). La libreria sarà preparata mediante amplificazione delle regioni V1-V2 e V3-V4 dai geni batterici 16S rRNA e sarà qualificata mediante q-PCR e gli ampliconi saranno sequenziati mediante MiSeq (Illumina). L'analisi bioinformatica iniziale e le tassonomie saranno effettuate utilizzando il software QIIME2. L'attivazione immunitaria sarà valutata attraverso l'attivazione del pathway JAK-STAT mediante l'RT² profiler PCR Array (Qiagen) del pathway di segnalazione JAK STAT che profila l'espressione di 84 geni correlati alla segnalazione mediata da Jak e Stat. Le concentrazioni di UPA saranno valutate mediante cromatografia liquida-spettrometria di massa tandem (LC-MS/MS) al basale e dopo 3 mesi. Classificatori statistici (algoritmo di rete neurale, analisi discriminante lineare e quadratica, macchina vettoriale di supporto, foreste casuali, metodi di restringimento o vicini più vicini) che incorporano microbioma, espressione genica della via di segnalazione JAK STAT e dati clinici, saranno utilizzati per determinare i profili associati alla clinica UPA risposta e sicurezza. I pazienti che interromperanno prematuramente l'UPA (prima di 3 mesi) per eventi avversi o perdita del follow-up saranno considerati non responsivi.