微生物群分析预测类风湿性关节炎患者接受 JAK 抑制剂治疗的结果 (MARAJA)

个性化医疗让每位患者都能获得理想的个性化治疗和方案，有望改善患者的护理。 然而，之前的研究未能确定类风湿性关节炎 (RA) 患者对缓解疾病的抗风湿药 (DMARD) 反应的有效预测因子。 JAK 抑制剂是一类新型 DMARD，其疗效甚至可能优于抗 TNF 药物。 由于有化学品，它们的生产成本比生物疗法便宜得多，并且它们可能在未来几年成为患者护理的核心。 目前有三种可用：upadacitinib (UPA) tofacitinib 和 baricitinib。 我们的研究将集中在 UPA 上。 临床结果主要取决于 i) 影响药物代谢和浓度的因素以及 ii) 药物靶标与患者疾病所涉及的炎症通路之间的充分性。 人类的肠道携带数万亿个细菌，现在已知这些细菌是健康和疾病的关键因素。 这些细菌拥有许多酶并强烈调节人类酶的表达。 事实上，肠道微生物群可以直接代谢口服药物并控制细胞色素 P450 3A4 (CYP3A4) 的表达，细胞色素 P450 3A4 (CYP3A4) 是代谢 TOFA 的主要酶。 我们在一项初步的小鼠实验中表明，改变肠道微生物群的组成会改变 JAKi 对信号通路的影响。 因此，我们相信包括肠道微生物群组成和免疫激活标志物在内的模型将预测接受 UPA 治疗的 RA 患者的临床结果。

主要和次要目标：基于微生物群分析和免疫激活标志物，为接受 UPA 治疗的 RA 患者的临床结果（疗效和安全性）建立预测模型。

方法论：

这项多中心纵向前瞻性研究将包括 60 名对甲氨蝶呤反应不足的 RA 患者。 研究的临床结果将是欧洲抗风湿病联盟定义的 3 个月时 EULAR 无反应 EULAR（主要结果）、6 个月时达到低疾病活动度或发生不良事件（次要结果）。 将在基线和解冻粪便样本的 M3 评估肠道微生物群。 使用 QIAamp DNA 粪便迷你试剂盒 (Qiagen) 纯化 DNA，并使用 Qubit 和 TapeStation 4200 (Agilent) 进行鉴定。 将通过扩增来自细菌 16S rRNA 基因的 V1-V2 和 V3-V4 区域来制备文库，并将通过 q-PCR 进行鉴定，并且将通过 MiSeq (Illumina) 对扩增子进行测序。 初始生物信息学分析和分类将使用 QIIME2 软件进行。 免疫激活将通过 JAK-STAT 信号通路激活进行评估，JAK STAT 信号通路 RT² 分析仪 PCR 阵列（Qiagen）分析了与 Jak 和 Stat 介导的信号相关的 84 个基因的表达。 UPA 浓度将通过液相色谱-串联质谱法 (LC-MS/MS) 在基线和 3 个月时进行评估。 结合微生物组、JAK STAT 信号通路基因表达和临床数据的统计分类器（神经网络算法、线性和二次判别分析、支持向量机、随机森林、收缩法或最近邻法）将用于确定与 UPA 临床相关的概况反应和安全。 因不良事件或失访而提前停止 UPA（3 个月前）的患者将被视为无反应者。