Yksisoluinen lähestymistapa keuhkojen toksisuuden biomarkkerien tunnistamiseen immuunitarkistuspisteen estämiseksi

Tutkijat soveltavat yhden solun RNA- ja TCR-sekvensointia jopa 5 000 yksittäiseen soluun näytettä kohti. Lisäksi solun pintaproteiinin ilmentyminen voidaan integroida transkriptioinformaatioon. Erilaisten soluklusterien tunnistamiseen käytetään erilaisia ​​bioinformatiikan putkia, mukaan lukien Seurat, jotka markkerigeeniekspression kautta kohdistetaan tunnettuihin solutyyppeihin, solualatyyppeihin tai fenotyyppeihin. Tämä mahdollistaa esimerkiksi PD-1/PD-L1:tä ilmentävien T-solujen, sytotoksisten T-solujen, immuunivastetta heikentävien myeloidisolujen jne. Seuraavat parametrit yksisolutasolla ovat merkityksellisiä muun muassa:

• Vakiintuneiden immuunisolutyyppien koostumus ja suhteellinen määrä (esim. T-solut (CD4+, CD8+ ja säätelevät alajoukot), NK-solut, B-solut, MDSC:t, makrofagit, neutrofiilit, dendriittisolut. Jokaisen näistä immuunisolualatyypeistä analysoidaan transkriptomaattiset tiedot, mikä mahdollistaa spesifisten fenotyyppisten tilojen määrittävien spesifisten geeniekspressio-ohjelmien karakterisoinnin.
• Kaikkien stromaalisten solujen alatyyppien koostumus, jotka tunnistetaan yksisoluisen transkriptomiikan avulla.
• Jokaiselle solutyypille ja solun alatyypille (tai solutilalle) perustetaan geenisäätelyverkosto ja tunnistetaan transkription pääsäätelijät. Yksittäiset T-solut ja T-solualaklusterit luokitellaan perustuen interferoniaktivaatioon, suuriin proliferaatio- ja transkriptionopeuksiin ja lisääntyneeseen grantsyymin ilmentymiseen, jotka kaikki viittaavat T-soluaktivaatioon.

Verinäytteille suoritetaan samanlaisia ​​yksisoluisia kokeellisia menettelyjä. Ensin perifeerisen veren mononukleaarisolut (PBMC) eristetään käyttämällä Ficoll-tiheysgradienttisentrifugointia. Yksisoluinen transkriptioanalyysi yhdessä CITE-seq:n kanssa suoritetaan 5000 PBMC:lle. Solujen koostumus määritetään käyttämällä samoja bioinformaattisia putkistoja, joita käytettiin BAL-nestesolujen käsittelyyn.