En enkeltcellet tilnærming for å identifisere biomarkører for lungetoksisitet for immunsjekkpunktblokade

Etterforskerne vil bruke enkeltcelle RNA- og TCR-sekvensering på opptil 5000 enkeltceller per prøve. I tillegg kan celleoverflateproteinuttrykk integreres med transkripsjonsinformasjonen. Ulike bioinformatikkrørledninger, inkludert Seurat, vil bli brukt til å identifisere ulike celleklynger, som gjennom markørgenuttrykk vil bli tildelt kjente celletyper, cellulære subtyper eller fenotyper. Dette vil for eksempel gjøre det mulig å overvåke mengden av PD-1/PD-L1-uttrykkende T-celler, cytotoksiske T-celler, immundempende myeloide celler etc. Følgende parametere på enkeltcellenivå vil blant annet være relevante:

• Sammensetningen og den relative forekomsten av etablerte immuncelletyper (f. T-celler (CD4+, CD8+ og regulatoriske undergrupper), NK-celler, B-celler, MDSC-er, makrofager, nøytrofiler, dendrittiske celler). Transkriptomiske data for hver av disse immuncellesubtypene vil bli analysert, noe som muliggjør karakterisering av spesifikke genekspresjonsprogrammer som definerer spesifikke fenotypiske tilstander.
• Sammensetning av alle stromale cellulære subtyper identifisert av enkeltcellet transkriptomikk.
• Et genregulerende nettverk for hver celletype og cellulær subtype (eller celletilstand) vil bli etablert og master transkripsjonelle regulatorer vil bli identifisert. Individuelle T-celler og T-celle-subklynger vil bli klassifisert basert på interferonaktivering, høye proliferasjons- og transkripsjonshastigheter og økt granzymekspresjon, som alle indikerer T-celleaktivering.

Blodprøver vil bli utsatt for lignende encellede eksperimentelle prosedyrer. Først blir perifert blod mononukleære celler (PBMC) isolert ved hjelp av Ficoll tetthetsgradientsentrifugering. Encellet transkriptomanalyse i kombinasjon med CITE-seq vil bli utført på 5000 PBMC. Cellulær sammensetning vil bli bestemt ved å bruke de samme bioinformatiske rørledningene som brukes til å behandle BAL-væskecellene.