Un enfoque unicelular para identificar biomarcadores de toxicidad pulmonar para el bloqueo del punto de control inmunitario

Los investigadores aplicarán secuenciación de TCR y ARN de células individuales en hasta 5.000 células individuales por muestra. Además, la expresión de la proteína de la superficie celular se puede integrar con la información transcripcional. Se utilizarán varios proyectos de bioinformática, incluido Seurat, para identificar diferentes grupos de células, que a través de la expresión de genes marcadores se asignarán a tipos de células, subtipos celulares o fenotipos conocidos. Por ejemplo, esto permitirá monitorear la abundancia de células T que expresan PD-1/PD-L1, células T citotóxicas, células mieloides inmunosupresoras, etc. Los siguientes parámetros a nivel unicelular serán relevantes, entre otros:

• La composición y la abundancia relativa de los tipos de células inmunitarias establecidos (p. Células T (CD4+, CD8+ y subconjuntos reguladores), células NK, células B, MDSC, macrófagos, neutrófilos, células dendríticas). Se analizarán los datos transcriptómicos para cada uno de estos subtipos de células inmunitarias, lo que permitirá la caracterización de programas de expresión génica específicos que definen estados fenotípicos específicos.
• Composición de todos los subtipos celulares del estroma identificados por transcriptómica unicelular.
• Se establecerá una red reguladora de genes para cada tipo de célula y subtipo celular (o estado celular) y se identificarán los reguladores transcripcionales maestros. Las células T individuales y los subgrupos de células T se clasificarán en función de la activación del interferón, las altas tasas de proliferación y transcripción y el aumento de la expresión de granzimas, que son todos indicativos de la activación de las células T.

Las muestras de sangre se someterán a procedimientos experimentales de células individuales similares. En primer lugar, las células mononucleares de sangre periférica (PBMC) se aíslan mediante centrifugación en gradiente de densidad de Ficoll. El análisis del transcriptoma de una sola célula en combinación con CITE-seq se realizará en 5000 PBMC. La composición celular se determinará utilizando las mismas canalizaciones bioinformáticas que se utilizan para procesar las células de líquido BAL.