Egysejtű megközelítés a pulmonális toxicitás biomarkereinek azonosítására az immunellenőrzési pont blokádhoz

A kutatók egysejtű RNS- és TCR-szekvenálást alkalmaznak mintánként legfeljebb 5000 egyedi sejten. Ezenkívül a sejtfelszíni fehérje expresszió integrálható a transzkripciós információval. Különféle bioinformatikai csővezetékeket, köztük a Seurat-t is felhasználják a különböző sejtklaszterek azonosítására, amelyek a markergén expressziója révén az ismert sejttípusokhoz, sejtaltípusokhoz vagy fenotípusokhoz rendelhetők. Ez például lehetővé teszi a PD-1/PD-L1-et expresszáló T-sejtek, citotoxikus T-sejtek, immunszuppresszív mieloid sejtek stb. mennyiségének monitorozását. Egycellás szinten többek között a következő paraméterek lesznek relevánsak:

• A kialakult immunsejttípusok összetétele és relatív mennyisége (pl. T-sejtek (CD4+, CD8+ és szabályozó alcsoportok), NK-sejtek, B-sejtek, MDSC-k, makrofágok, neutrofilek, dendritikus sejtek). Ezen immunsejt-altípusok mindegyikére vonatkozó transzkriptomikus adatokat elemezzük, lehetővé téve a specifikus génexpressziós programok jellemzését, amelyek specifikus fenotípusos állapotokat határoznak meg.
• Az egysejtes transzkriptomika által azonosított összes stromális sejtaltípus összetétele.
• Minden sejttípushoz és sejtaltípushoz (vagy sejtállapothoz) létrehoznak egy génszabályozó hálózatot, és azonosítják a fő transzkripciós szabályozókat. Az egyes T-sejteket és T-sejt-alklasztereket az interferonaktiváció, a magas proliferáció és transzkripció, valamint a megnövekedett granzim-expresszió alapján osztályozzák, amelyek mind a T-sejt-aktivációt jelzik.

A vérmintákat hasonló egysejtű kísérleti eljárásoknak vetik alá. Először a perifériás vér mononukleáris sejtjeit (PBMC) izoláljuk Ficoll sűrűséggradiens centrifugálással. A CITE-seq-vel kombinált egysejtes transzkriptomaanalízist 5000 PBMC-n végezzük el. A sejt összetételét ugyanazokkal a bioinformatikai csővezetékekkel határozzuk meg, mint a BAL folyadéksejtek feldolgozásához.