Ei-invasiivisen lähestymistavan ja sikiön eksomin sekvensoinnin vertailu synnytystä edeltävässä diagnoosissa, kun sikiön ultraäänimerkkejä löydetään (DPNI-Exome)

Synnynnäisten epämuodostumien ja/tai epäspesifisten merkkien löytäminen ultraäänellä (5 % raskauksista) on todellinen lääketieteellinen haaste. Niiden ennuste vaihtelee taustalla olevan etiologian mukaan, ja se vaihtelee hankituista fetopatioista harvinaisiin geneettisiin sairauksiin. Ranskassa diagnostinen lähestymistapa perustuu tällä hetkellä kuvantamistutkimuksiin (ultraääni, aivojen MRI, 3D luuskannaukset jne.) ja/tai biologisiin tutkimuksiin, yleensä invasiiviseen näytteenottoon (trofoblastibiopsia, amniocenteesi tai sikiön veripunktio) tarttuvien (CMV, toksoplasmoosi, parvovirus B19 jne.), metaboliset (entsyymit verenkierrossa jne.) ja geneettiset (standardi karyotyyppi, FISH, array CGH ja kohdennettu geenisekvensointi) tutkimukset. Tämän strategian tuotto on noin 30 %, jolloin 70 % pareista jää ilman mahdollista ennustetta.

Viime vuosikymmenen aikana lääketieteellinen genetiikka on kokenut teknologisen vallankumouksen, kun on kehitetty korkean suorituskyvyn DNA-sekvensointia (HTS), joka mahdollistaa kohdegeenien (paneeli) tai eksomin (ES) analysoinnin. Kansainväliset tutkimukset, jotka on julkaistu ES:n käytöstä prenataalisessa diagnoosissa (PND), ovat yleistyneet vaihtelevilla sisällyttämiskriteereillä, mikä johtaa 15–36 %:n diagnostisiin osuuksiin, jotka ovat korkeampia kuin ryhmä-CGH:n (8–15 %). Ranskassa FHU TRANSLAD koordinoi kansallista pilottitutkimusta AndDDI-PRENATOME, joka on mahdollistanut PND ES:n teknisten esteiden poistamisen ja 39 %:n diagnostisen tuoton saavuttamisen keskimäärin 33 päivässä.

Samanaikaisesti äidin veressä kiertävän vapaan sikiön DNA:n äskettäinen kehitys NIPD:n (non-invasive prenatal screening) avulla on mahdollistanut ei-invasiivisen strategian ehdottamisen. Tätä tekniikkaa käytetään kuitenkin tällä hetkellä raskaushoidossa vain muutamissa indikaatioissa: sikiön sukupuolen määrittäminen, aneuploidioiden etsintä, sikiön reesusstatuksen analysointi tai harvemmin monogeenisten sairauksien kohdennettu diagnosointi. Strasbourgissa työskentelevä ryhmä on äskettäin tehnyt pilottitutkimuksen NIPD-paneelilla pariskunnilla, joilla on aiempia neomutaatioita kehitysvammaisesta geenissä. Tämä on osoittanut, että 500 geenin paneeli on mahdollista siepata ja sitten sekvensoida vapaassa sikiön DNA:ssa. äidin veressä.

Koska syvällinen eksoomisekvensointi pienistä DNA-määristä on nyt edullista ja mahdollista, tutkijat haluavat verrata invasiivisia ja ei-invasiivisia lähestymistapoja sikiön epämuodostumien havaitsemiseen ultraäänellä: trio-eksomianalyysi suoritetaan rinnakkain kiertävän sikiön DNA:n kanssa. ja sikiön DNA, joka on uutettu invasiivisen puhkaisun jälkeen, jotta voidaan verrata näiden kahden lähestymistavan diagnostista suorituskykyä.

Tutkijat ehdottavat pilottitutkimusta organisatorisen arvioinnin valmistelemiseksi, joka sisältää arvioinnin ammattilaisten välisen koordinoinnin ja vuorovaikutuksen panoksista, järjestelmän relevanssista (hyväksyttävyys, odotukset, parien ja ammattilaisten tyytyväisyys...), sen tehokkuudesta ja tehokkuudesta. . Pilottihankkeen tavoitteena on havainnoida organisatorisia vaikutuksia monitieteellisiin synnytysdiagnostiikkakeskuksiin ja geneettisiin laboratorioihin sekä jalostaa järjestelmän seurantaan tarvittavia indikaattoreita; se sisältää myös tutkivia haastatteluja ammattilaisten ja pariskuntien kanssa laadullisen tutkimuksen valmistelemiseksi, jonka avulla voidaan myöhemmin arvioida organisaation merkitystä.