Jämförelse av den icke-invasiva metoden och fosterexomsekvensering vid prenatal diagnos när fetala ultraljudstecken upptäcks (DPNI-Exome)

Upptäckten av medfödda missbildningar och/eller ospecifika tecken genom ultraljud (5 % av graviditeterna) representerar en verklig medicinsk utmaning. Deras prognos varierar beroende på den underliggande etiologin, allt från förvärvade fetopatier till sällsynta genetiska sjukdomar. I Frankrike baseras det diagnostiska tillvägagångssättet för närvarande på bildundersökningar (ultraljud, hjärn-MRT, 3D benskanningar, etc.) och/eller biologiska undersökningar, i allmänhet på invasiv provtagning (trofoblastbiopsi, fostervattenprov eller fosterblodpunktion) med infektiösa (CMV, toxoplasmos, parvovirus B19, etc.), metaboliska (enzymer i blodomloppet, etc.), och genetiska (standard karyotyp, FISH, array CGH och riktad gensekvensering) undersökningar. Utbytet av denna strategi är cirka 30 %, vilket lämnar 70 % av paren utan en möjlig prognos.

Under det senaste decenniet har medicinsk genetik genomgått en teknisk revolution med utvecklingen av high-throughput DNA-sekvensering (HTS) som möjliggör analys av riktade gener (panel) eller exome (ES). Internationella studier publicerade om användningen av ES i prenatal diagnostik (PND) har blivit vanligare, med varierande inklusionskriterier, vilket resulterar i diagnostiska frekvenser mellan 15 och 36 %, högre än för array CGH (8-15 %). I Frankrike samordnar FHU TRANSLAD den nationella pilotstudien AndDDI-PRENATOME, som har gjort det möjligt att avlägsna de tekniska hindren för PND ES och att erhålla en diagnostisk avkastning på 39 % på i genomsnitt 33 dagar.

Parallellt har den senaste utvecklingen av NIPD (Non-invasive prenatal screening) på fritt foster-DNA som cirkulerar i moderns blod gjort det möjligt att föreslå en icke-invasiv strategi. Emellertid används denna teknik för närvarande inom mödravården endast i ett fåtal indikationer: bestämning av fostrets kön, sökning efter aneuploidier, analys av fostrets rhesusstatus eller, mer sällan, målinriktad diagnos av monogena sjukdomar. Teamet i Strasbourg har nyligen genomfört en pilotstudie med en NIPD-panel i par med en historia av neomutation i en gen som är ansvarig för intellektuell funktionsnedsättning, vilket har visat möjligheten att fånga och sedan sekvensera en panel med 500 gener på fritt fetalt DNA som cirkulerar i moderns blod.

Eftersom djupgående exomsekvensering från små mängder DNA nu är överkomligt och genomförbart, vill utredarna jämföra invasiva och icke-invasiva metoder för upptäckt av fostermissbildningar på ultraljud: en trio-exomanalys kommer att utföras parallellt med cirkulerande foster-DNA och foster-DNA extraherat efter en invasiv punktering för att jämföra den diagnostiska prestandan för dessa två tillvägagångssätt.

Utredarna föreslår en pilotstudie för att förbereda en organisatorisk utvärdering inklusive en utvärdering av insatserna för samordning och interaktioner mellan yrkesverksamma, systemets relevans (acceptabilitet, förväntningar, tillfredsställelse för par och yrkesverksamma...), dess effektivitet och effektivitet . Syftet med detta pilotprojekt kommer att vara att observera den organisatoriska inverkan på Plurldisciplinary Centers for Prenatal Disagnostics och de genetiska laboratorierna, och att förfina de indikatorer som är nödvändiga för att övervaka systemet; det kommer också att innebära att genomföra utforskande intervjuer med professionella och par för att förbereda den kvalitativa studien som därefter kommer att göra det möjligt att utvärdera organisationens relevans.