Porównanie podejścia nieinwazyjnego i sekwencjonowania eksomu płodu w diagnostyce prenatalnej w przypadku wykrycia objawów ultrasonograficznych płodu (DPNI-Exome)

Wykrycie wrodzonych wad rozwojowych i/lub niespecyficznych objawów za pomocą ultrasonografii (5% ciąż) stanowi prawdziwe wyzwanie medyczne. Ich rokowanie jest zmienne w zależności od etiologii, od nabytych fetopatii do rzadkich chorób genetycznych. We Francji podejście diagnostyczne opiera się obecnie na badaniach obrazowych (ultrasonografia, MRI mózgu, skany 3D kości itp.) toksoplazmozy, parwowirusa B19 itp.), metabolicznych (enzymy w krwioobiegu itp.) i genetycznych (standardowy kariotyp, FISH, macierz CGH i ukierunkowane sekwencjonowanie genów). Wydajność tej strategii wynosi około 30%, pozostawiając 70% par bez możliwej prognozy.

W ciągu ostatniej dekady genetyka medyczna przeszła rewolucję technologiczną wraz z rozwojem wysokowydajnego sekwencjonowania DNA (HTS) umożliwiającego analizę docelowych genów (panel) lub egzomu (ES). Opublikowane międzynarodowe badania na temat wykorzystania ES w diagnostyce prenatalnej (PND) stały się bardziej powszechne, ze zmiennymi kryteriami włączenia, co skutkuje wskaźnikami diagnostycznymi między 15 a 36%, wyższymi niż w przypadku macierzy CGH (8-15%). We Francji FHU TRANSLAD koordynuje krajowe badanie pilotażowe AnDDI-PRENATOME, które umożliwiło usunięcie barier technologicznych dla PND ES i uzyskanie wydajności diagnostycznej na poziomie 39% średnio w ciągu 33 dni.

Równolegle niedawny rozwój NIPD (nieinwazyjnego badania prenatalnego) na wolnym DNA płodu krążącym we krwi matki umożliwił zaproponowanie nieinwazyjnej strategii. Jednak technika ta jest obecnie stosowana w opiece prenatalnej tylko w kilku wskazaniach: określanie płci płodu, poszukiwanie aneuploidii, analiza stanu rezusa płodu czy rzadziej celowana diagnostyka chorób monogenowych. Zespół ze Strasburga przeprowadził ostatnio badanie pilotażowe z wykorzystaniem panelu NIPD u par z historią neomutacji w genie odpowiedzialnym za niepełnosprawność intelektualną, które wykazało wykonalność przechwycenia, a następnie zsekwencjonowania panelu 500 genów w wolnym krążącym DNA płodu we krwi matki.

Ponieważ sekwencjonowanie eksomu na dużą głębokość z niewielkich ilości DNA jest obecnie niedrogie i wykonalne, badacze chcą porównać inwazyjne i nieinwazyjne podejścia do wykrywania wad rozwojowych płodu za pomocą ultradźwięków: analiza trzech eksomów zostanie przeprowadzona równolegle z krążącym DNA płodu oraz DNA płodu wyekstrahowane po inwazyjnym nakłuciu w celu porównania skuteczności diagnostycznej tych dwóch podejść.

Badacze proponują badanie pilotażowe w celu przygotowania oceny organizacyjnej, w tym oceny stawek za koordynację i interakcje między profesjonalistami, przydatności systemu (akceptowalność, oczekiwania, zadowolenie par i profesjonalistów...), jego skuteczności i wydajności . Celem tego projektu pilotażowego będzie obserwacja wpływu organizacji na Wielodyscyplinarne Centra Diagnostyki Prenatalnej i laboratoria genetyczne oraz dopracowanie wskaźników niezbędnych do monitorowania systemu; będzie również polegał na przeprowadzeniu wywiadów rozpoznawczych z profesjonalistami i parami w celu przygotowania badania jakościowego, które następnie umożliwi ocenę przydatności organizacji.