Vergelijking van de niet-invasieve benadering en foetale exome-sequencing bij prenatale diagnose wanneer foetale echografiesignalen worden ontdekt (DPNI-Exome)

De ontdekking van aangeboren afwijkingen en/of niet-specifieke symptomen door middel van echografie (5% van de zwangerschappen) vormt een echte medische uitdaging. Hun prognose is variabel, afhankelijk van de onderliggende etiologie, variërend van verworven foetopathieën tot zeldzame genetische ziekten. In Frankrijk is de diagnostische aanpak momenteel gebaseerd op beeldvormingsonderzoeken (echografie, hersen-MRI, 3D-botscans, enz.) toxoplasmose, parvovirus B19, enz.), metabole (enzymen in de bloedbaan, enz.) en genetische (standaard karyotype, FISH, array-CGH en gerichte gensequencing) onderzoeken. Het rendement van deze strategie is ongeveer 30%, waardoor 70% van de paren zonder mogelijke prognose blijft.

In de afgelopen tien jaar heeft de medische genetica een technologische revolutie ondergaan met de ontwikkeling van high-throughput DNA-sequencing (HTS) die de analyse van gerichte genen (panel) of het exoom (ES) mogelijk maakt. Internationale studies gepubliceerd over het gebruik van ES bij prenatale diagnose (PND) komen vaker voor, met variabele inclusiecriteria, resulterend in diagnostische percentages tussen 15 en 36%, hoger dan die van array-CGH (8-15%). In Frankrijk coördineert FHU TRANSLAD de nationale pilootstudie AndDI-PRENATOME, die het mogelijk heeft gemaakt om de technologische barrières voor PND ES weg te nemen en een diagnostische opbrengst van 39% te verkrijgen in gemiddeld 33 dagen.

Tegelijkertijd heeft de recente ontwikkeling van NIPD (niet-invasieve prenatale screening) op vrij foetaal DNA dat in het bloed van de moeder circuleert, het mogelijk gemaakt om een ​​niet-invasieve strategie voor te stellen. Deze techniek wordt momenteel echter slechts voor enkele indicaties gebruikt in de prenatale zorg: bepaling van het foetale geslacht, zoeken naar aneuploïdieën, analyse van de foetale resusstatus of, zeldzamer, de gerichte diagnose van monogene ziekten. Het team in Straatsburg heeft onlangs een pilootstudie uitgevoerd met behulp van een NIPD-panel bij paren met een voorgeschiedenis van neomutatie in een gen dat verantwoordelijk is voor een verstandelijke beperking. Dit heeft aangetoond dat het mogelijk is om een ​​panel van 500 genen vast te leggen en vervolgens te sequentiëren op vrij foetaal DNA dat circuleert. in moederlijk bloed.

Aangezien diepgaande exome-sequencing van kleine hoeveelheden DNA nu betaalbaar en haalbaar is, willen de onderzoekers invasieve en niet-invasieve benaderingen vergelijken voor de ontdekking van foetale misvormingen op echografie: een trio exome-analyse zal worden uitgevoerd parallel aan circulerend foetaal DNA en foetaal DNA geëxtraheerd na een invasieve punctie om de diagnostische prestaties van deze twee benaderingen te vergelijken.

De onderzoekers stellen een pilootstudie voor om een ​​organisatie-evaluatie voor te bereiden, inclusief een evaluatie van de inzet voor coördinatie en interacties tussen professionals, de relevantie van het systeem (aanvaardbaarheid, verwachtingen, tevredenheid van koppels en professionals...), de doeltreffendheid en efficiëntie ervan . Het doel van dit pilootproject zal zijn om de organisatorische impact op de Multidisciplinaire Centra voor Prenatale Diagnostiek en de genetische laboratoria te observeren, en om de indicatoren te verfijnen die nodig zijn om het systeem te monitoren; het zal ook gaan om het voeren van oriënterende interviews met professionals en koppels ter voorbereiding van het kwalitatieve onderzoek dat het vervolgens mogelijk zal maken om de relevantie van de organisatie te evalueren.