Sammenligning av den ikke-invasive tilnærmingen og føtal eksomsekvensering i prenatal diagnose når føtale ultralydtegn oppdages (DPNI-Exome)

Oppdagelsen av medfødte misdannelser og/eller uspesifikke tegn ved ultralyd (5 % av svangerskapene) representerer en reell medisinsk utfordring. Prognosen deres varierer avhengig av den underliggende etiologien, alt fra ervervede fetopatier til sjeldne genetiske sykdommer. I Frankrike er den diagnostiske tilnærmingen for tiden basert på bildeundersøkelser (ultralyd, hjerne-MR, 3D-beinskanninger, etc.) og/eller biologiske undersøkelser, generelt på invasiv prøvetaking (trofoblastbiopsi, fostervannsprøve eller føtal blodpunktur) med smittsom (CMV, toksoplasmose, parvovirus B19, etc.), metabolske (enzymer i blodet, etc.), og genetiske (standard karyotype, FISH, array CGH og målrettet gensekvensering) undersøkelser. Utbyttet av denne strategien er omtrent 30 %, noe som gir 70 % av parene uten en mulig prognose.

I løpet av det siste tiåret har medisinsk genetikk gjennomgått en teknologisk revolusjon med utviklingen av high-throughput DNA-sekvensering (HTS) som tillater analyse av målrettede gener (panel) eller exome (ES). Internasjonale studier publisert om bruk av ES i prenatal diagnose (PND) har blitt mer vanlig, med variable inklusjonskriterier, noe som resulterer i diagnostiske rater mellom 15 og 36 %, høyere enn for array CGH (8-15 %). I Frankrike koordinerer FHU TRANSLAD den nasjonale pilotstudien AndDDI-PRENATOME, som har gjort det mulig å fjerne de teknologiske barrierene for PND ES og å oppnå et diagnostisk utbytte på 39 % på gjennomsnittlig 33 dager.

Parallelt med dette har den nylige utviklingen av NIPD (Non-invasive prenatal screening) på fritt føtalt DNA som sirkulerer i mors blod gjort det mulig å foreslå en ikke-invasiv strategi. Imidlertid brukes denne teknikken for øyeblikket i svangerskapsomsorgen bare i noen få indikasjoner: bestemmelse av fosterets kjønn, søk etter aneuploidier, analyse av fosterets rhesus-status eller, mer sjelden, målrettet diagnose av monogene sykdommer. Teamet i Strasbourg har nylig utført en pilotstudie med et NIPD-panel i par med en historie med neomutasjon i et gen som er ansvarlig for intellektuell funksjonshemming, som har demonstrert muligheten for å fange og deretter sekvensere et panel med 500 gener på fritt føtalt DNA som sirkulerer i mors blod.

Ettersom eksomsekvensering med høy dybde fra små mengder DNA nå er rimelig og mulig, ønsker etterforskerne å sammenligne invasive og ikke-invasive tilnærminger for oppdagelse av fostermisdannelser på ultralyd: en trio-eksomanalyse vil bli utført parallelt med sirkulerende føtalt DNA. og føtalt DNA ekstrahert etter en invasiv punktering for å sammenligne den diagnostiske ytelsen til disse to tilnærmingene.

Etterforskerne foreslår en pilotstudie for å forberede en organisasjonsevaluering, inkludert en evaluering av innsatsen for koordinering og interaksjoner mellom fagfolk, systemets relevans (akseptabilitet, forventninger, tilfredshet for par og fagfolk...), dets effektivitet og effektivitet . Målet med dette pilotprosjektet vil være å observere den organisatoriske innvirkningen på Plurldisciplinary Centers for Prenatal Disagnostics og de genetiske laboratoriene, og å avgrense indikatorene som er nødvendige for å overvåke systemet; det vil også innebære å gjennomføre utforskende intervjuer med fagpersoner og par for å forberede den kvalitative studien som i etterkant vil gjøre det mulig å vurdere organisasjonens relevans.