KCTD-proteiiniperheen roolin selvittäminen lapsuuden akuuttien lymfoblastisten leukemioiden kliinisessä hoidossa
perjantai 22. maaliskuuta 2024 päivittänyt: IRCCS SYNLAB SDN
Tutkimusryhmämme suoritti B-ALL-potilaiden luuytimen transkriptomisen analyysin uuden proteiinin/tekijän tunnistamiseksi, jolla on oletettu rooli sairauden biomarkkerina.
Joidenkin jo tunnettujen B-ALL-biomarkkereiden lisäksi analyysimme korosti joidenkin KCTD:ksi (Kaliumkanavatetramerointidomeenia sisältävien proteiinien) syntyvän proteiiniluokan jäsenten sääntelyn purkamista.
Alustavien havaintojen perusteella ja ottaen huomioon, että KCTD:itä ei ole koskaan tutkittu ALL:ssa, päätimme tutkia näitä proteiineja B- ja T-ALL-potilailla, joihin tutkimusryhmämme osallistui yhteistyössä AORN Santobono-Pausiliponin lasten onkologisen sairaalan kanssa. , tämän tutkimusohjelman tavoitteena on avata uusi skenaario KCTD-proteiinien tutkimukselle lasten leukemioissa.
Projektin lopullisena tavoitteena on arvioida valittujen dereguloitujen KCTD:iden translaatiorelevanssia uusina biomarkkereina, jotka ovat hyödyllisiä B-ALL- ja T-ALL-diagnostiikassa sekä potilaiden hoidossa.
Tutkimuksen yleiskatsaus
Tila
Rekrytointi
Interventio / Hoito
Opintotyyppi
Havainnollistava
Ilmoittautuminen (Arvioitu)
80
Yhteystiedot ja paikat
Tässä osiossa on tutkimuksen suorittajien yhteystiedot ja tiedot siitä, missä tämä tutkimus suoritetaan.
Opiskeluyhteys
- Nimi: Laura Pierri, MSC
- Puhelinnumero: 0812408470
- Sähköposti: direzionescientifica.irccssdn@synlab.it
Opiskelupaikat
-
-
-
Naples, Italia, 80143
- Rekrytointi
- Irccs Synlab Sdn
-
Ottaa yhteyttä:
- Laura Pierri, MSC
- Puhelinnumero: 0812408470
- Sähköposti: direzionescientifica.irccssdn@synlab.it
-
-
Osallistumiskriteerit
Tutkijat etsivät ihmisiä, jotka sopivat tiettyyn kuvaukseen, jota kutsutaan kelpoisuuskriteereiksi. Joitakin esimerkkejä näistä kriteereistä ovat henkilön yleinen terveydentila tai aiemmat hoidot.
Kelpoisuusvaatimukset
Opintokelpoiset iät
1 vuosi - 18 vuotta (Lapsi, Aikuinen)
Hyväksyy terveitä vapaaehtoisia
Joo
Näytteenottomenetelmä
Ei-todennäköisyysnäyte
Tutkimusväestö
Tutkimuksessa ennakoidaan mahdollisuutta rekrytoida noin 60 B-ALL-potilasta ja 15-20 T-ALL-potilasta.
Lisäksi rekrytoidaan verrokkihenkilöitä, joiden ikä ja sukupuoli ovat vertailukelpoisia potilaiden kanssa.
Lopuksi käytetään noin 100 yksikköä napanuoraverta, jotka eivät täytä terapeuttisen kylmäsäilytyksen kriteerejä ja joiden käyttöön tieteellisessä tutkimuksessa on annettu lupa.
Kuvaus
Sisällyttämiskriteerit:
- 1-18-vuotiaat potilaat molemmista sukupuolista, joilla on diagnosoitu B-ALL ja T-ALL;
- Potilaat, jotka ovat allekirjoittaneet tietoisen suostumuksen
Poissulkemiskriteerit:
- potilaat, jotka kieltäytyvät osallistumasta tutkimukseen;
- Potilaat, jotka eivät kuulu yllä mainittuun ikäluokkaan
Opintosuunnitelma
Tässä osiossa on tietoja tutkimussuunnitelmasta, mukaan lukien kuinka tutkimus on suunniteltu ja mitä tutkimuksella mitataan.
Miten tutkimus on suunniteltu?
Suunnittelun yksityiskohdat
Kohortit ja interventiot
Ryhmä/Kohortti |
Interventio / Hoito |
|---|---|
|
Lasten akuutti lymfoblastinen leukemiapotilaat
1–16-vuotiaat lapsipotilaat, joilla on akuutti lymfoblastinen leukemia
|
kiinnostavien biomarkkerien (DNA-RNA ja proteiinit) analyysi koehenkilöiden verestä puhdistetussa MNC:ssä
|
|
terveitä aiheita
napanuoraveri terveiltä luovuttajilta, jota ei voida käyttää kliinisiin tarkoituksiin
|
kiinnostavien biomarkkerien (DNA-RNA ja proteiinit) analyysi koehenkilöiden verestä puhdistetussa MNC:ssä
|
Mitä tutkimuksessa mitataan?
Ensisijaiset tulostoimenpiteet
Tulosmittaus |
Toimenpiteen kuvaus |
Aikaikkuna |
|---|---|---|
|
KCTD:n ilmentymistasot RNAseq-lähestymistavalla B- ja T-solujen ALL-potilaiden kohortissa verrattuna vaikutamattomiin kontrolleihin
Aikaikkuna: 1-12 kuukautta
|
Ilmoittaudumme tämän projektin aikana noin 15-20 B-ALL- ja 3-6 T-ALL-potilasta. RNAseq-kokeet transkriptioanalyysiä varten suoritetaan tutkimuskohortissa, jossa on vähintään 8 B-ALL-potilasta ja 3-4 T-ALL-potilasta. ja napanuoraverestä puhdistetut naiivit B- tai T-solut vastaavasti B- ja T-ALL-kontrollina.
Raakalaskeja käytetään ja empiiristä Bayes-lähestymistapaa (DESeq2, R-paketti).
Tulokset sisältävät kullekin geenille log-kertaisen muutoksen (log2), peruskeskiarvon, p-arvon ja säädetyt p-arvot (Benjamimi-Hochberg). DEgenes-tulostus viedään muotoon, joka sopii IPA Ingenuity pathway AnalysisSoftwarelle (Qiagen), geenimerkintöjä, toiminnallista analyysiä ja biomarkkerien ennustamista varten.
KCTD-proteiineja, jotka poistetaan B-ALL:ssa ja T-ALL:ssa, tutkitaan yksityiskohtaisesti.
|
1-12 kuukautta
|
|
Säänneltyjen KCTD:iden RT-PCR-validointi ja mahdollisten KCTD-vuorovaikuttajien tunnistaminen leukemiassa toiminnallisen proteomisen lähestymistavan avulla
Aikaikkuna: 13-24 kuukautta
|
Transkriptitietojen tulkinnan jälkeen suoritamme erityisiä validointikokeita reat-time pcr:llä, westernblotilla, virtaussytometrialla ja mikroskopialla.
Lyhyesti sanottuna kokonais-RNA puhdistetaan noin 5e6:sta kokonais-MNC:stä ja sitä käytetään RT-PCR-kokeisiin; BM-näyte kerätään dereguloitujen KCTD:iden immunofluoresenssianalyysiä varten; proteiinin kokonaisuute saadaan vähintään 1 e6:sta kokonais-MNC:stä ja säilytetään -80 °C:ssa Western blottaukseen asti; lopuksi eläviä mononukleaarisia soluja käsitellään kiinnostuksen kohteena olevien KCTD:iden läpäisevyyden ja sytoplasmisen immunovärjäyksen suhteen.
Kaikki kokeet tehdään B- ja T-ALL-in vitro -ihmismallijärjestelmillä ja suoritetaan sitten potilailla ja kontrollisoluilla.
Lisäksi KCTD-proteiinien mahdollisten vuorovaikuttajien tunnistamiseksi käytämme B-ALL- ja T-ALL-solulinjoja toiminnalliseen proteomiikan analyysiin.
|
13-24 kuukautta
|
|
B-ALL-potilaiden kliinisen tiedon korrelaatio KCTD:n ilmentymistasoon
Aikaikkuna: 25-36 kuukautta
|
Ensinnäkin arvioimme dereguloitujen KCTD-proteiinien käyttökelpoisuuden uusina leukemian markkereina testattavaksi moniparametrisella kliinisellä virtaussytometrillä.
Tutkimusryhmämme on jo laatinut erityisen protokollan, ja se pystyy värjäämään sytoplasmaantigeenejä (kuten KCTD-proteiineja) pinta-antigeeneillä, joita käytetään yleisesti hematologisten osastojen tutkimiseen virtaussytometrian avulla.
Tämä lähestymistapa on hyödyllinen erityisesti potilaan hoitovasteen seurannassa sekä minimaalisen jäännössairauden havaitsemisessa.
Lisäksi, koska pystyimme havaitsemaan sytoplasmiset KCTD:t yhdessä pinta-antigeenien kanssa, suunnittelimme kuvaavamme KCTD:iden ilmentymistasoja useissa solupopulaatioissa, jotka asuvat luuytimessä ja ääreisveressä. Toiseksi tässä tutkimuksessa saatuja kokonaistietoja tulkitaan myös potilasta tarkasteltaessa. Klinikat, erityisesti hoitovaste, uusiutumisen riski ja mahdollisuuksien mukaan terapiaresistenssi.
|
25-36 kuukautta
|
Yhteistyökumppanit ja tutkijat
Täältä löydät tähän tutkimukseen osallistuvat ihmiset ja organisaatiot.
Sponsori
Yhteistyökumppanit
Opintojen ennätyspäivät
Nämä päivämäärät seuraavat ClinicalTrials.gov-sivustolle lähetettyjen tutkimustietueiden ja yhteenvetojen edistymistä. National Library of Medicine (NLM) tarkistaa tutkimustiedot ja raportoidut tulokset varmistaakseen, että ne täyttävät tietyt laadunvalvontastandardit, ennen kuin ne julkaistaan julkisella verkkosivustolla.
Opi tärkeimmät päivämäärät
Opiskelun aloitus (Todellinen)
Maanantai 2. maaliskuuta 2020
Ensisijainen valmistuminen (Todellinen)
Torstai 1. helmikuuta 2024
Opintojen valmistuminen (Arvioitu)
Torstai 31. heinäkuuta 2025
Opintoihin ilmoittautumispäivät
Ensimmäinen lähetetty
Perjantai 27. tammikuuta 2023
Ensimmäinen toimitettu, joka täytti QC-kriteerit
Maanantai 6. helmikuuta 2023
Ensimmäinen Lähetetty (Todellinen)
Keskiviikko 15. helmikuuta 2023
Tutkimustietojen päivitykset
Viimeisin päivitys julkaistu (Todellinen)
Maanantai 25. maaliskuuta 2024
Viimeisin lähetetty päivitys, joka täytti QC-kriteerit
Perjantai 22. maaliskuuta 2024
Viimeksi vahvistettu
Torstai 1. helmikuuta 2024
Lisää tietoa
Tähän tutkimukseen liittyvät termit
Muita asiaankuuluvia MeSH-ehtoja
Muut tutkimustunnusnumerot
- 5/19
Yksittäisten osallistujien tietojen suunnitelma (IPD)
Aiotko jakaa yksittäisten osallistujien tietoja (IPD)?
EI
Lääke- ja laitetiedot, tutkimusasiakirjat
Tutkii yhdysvaltalaista FDA sääntelemää lääkevalmistetta
Ei
Tutkii yhdysvaltalaista FDA sääntelemää laitetuotetta
Ei
Nämä tiedot haettiin suoraan verkkosivustolta clinicaltrials.gov ilman muutoksia. Jos sinulla on pyyntöjä muuttaa, poistaa tai päivittää tutkimustietojasi, ota yhteyttä register@clinicaltrials.gov. Heti kun muutos on otettu käyttöön osoitteessa clinicaltrials.gov, se päivitetään automaattisesti myös verkkosivustollemme .