Descifrando el papel de la familia de proteínas KCTD en el tratamiento clínico de las leucemias linfoblásticas agudas infantiles
22 de marzo de 2024 actualizado por: IRCCS SYNLAB SDN
Nuestro grupo de investigación realizó un análisis transcriptómico de la médula ósea de pacientes con B-ALL para identificar una nueva proteína/factor con un papel putativo de biomarcador de la enfermedad.
Junto con algunos biomarcadores B-ALL ya conocidos, nuestro análisis destacó la desregulación de algunos miembros de una clase de proteína emergente denominada KCTD (proteínas que contienen el dominio de tetramerización del canal de potasio).
A partir de nuestras observaciones preliminares, y teniendo en cuenta que las KCTD nunca se han estudiado en LLA, decidimos estudiar estas proteínas en pacientes pediátricos afectados por LLA B y T, inscritos por nuestro grupo de investigación en colaboración con el hospital oncológico pediátrico AORN Santobono-Pausilipon. , el presente programa de investigación pretende abrir un nuevo escenario para el estudio de las proteínas KCTD en las leucemias infantiles.
El objetivo final del proyecto será evaluar la relevancia traslacional de los KCTD desregulados seleccionados como nuevos biomarcadores útiles para el diagnóstico de B-ALL y T-ALL, y el tratamiento de pacientes.
Descripción general del estudio
Estado
Reclutamiento
Condiciones
Intervención / Tratamiento
Tipo de estudio
De observación
Inscripción (Estimado)
80
Contactos y Ubicaciones
Esta sección proporciona los datos de contacto de quienes realizan el estudio e información sobre dónde se lleva a cabo este estudio.
Estudio Contacto
- Nombre: Laura Pierri, MSC
- Número de teléfono: 0812408470
- Correo electrónico: direzionescientifica.irccssdn@synlab.it
Ubicaciones de estudio
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Naples, Italia, 80143
- Reclutamiento
- Irccs Synlab Sdn
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Contacto:
- Laura Pierri, MSC
- Número de teléfono: 0812408470
- Correo electrónico: direzionescientifica.irccssdn@synlab.it
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Criterios de participación
Los investigadores buscan personas que se ajusten a una determinada descripción, denominada criterio de elegibilidad. Algunos ejemplos de estos criterios son el estado de salud general de una persona o tratamientos previos.
Criterio de elegibilidad
Edades elegibles para estudiar
1 año a 18 años (Niño, Adulto)
Acepta Voluntarios Saludables
Sí
Método de muestreo
Muestra no probabilística
Población de estudio
El estudio prevé la posibilidad de reclutar aproximadamente 60 pacientes con B-ALL y 15-20 pacientes con T-ALL.
Además, se reclutarán sujetos control con edad y sexo comparables a los de los pacientes.
Finalmente, se utilizarán unas 100 unidades de sangre de cordón umbilical que no cumplan los criterios de criopreservación terapéutica y para las que se haya dado consentimiento para su uso en investigación científica.
Descripción
Criterios de inclusión:
- Pacientes de 1 a 18 años de edad de ambos sexos con diagnóstico de LLA-B y LLA-T;
- Pacientes que habrán firmado el consentimiento informado
Criterio de exclusión:
- Pacientes que se nieguen a participar en el estudio;
- Pacientes que no se encuentran dentro del rango de edad mencionado anteriormente
Plan de estudios
Esta sección proporciona detalles del plan de estudio, incluido cómo está diseñado el estudio y qué mide el estudio.
¿Cómo está diseñado el estudio?
Detalles de diseño
Cohortes e Intervenciones
Grupo / Cohorte |
Intervención / Tratamiento |
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Pacientes pediátricos con leucemia linfoblástica aguda
pacientes pediátricos de 1 a 16 años afectados por leucemia linfoblástica aguda
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análisis de biomarcadores de interés (ADN-ARN y proteínas) en MNC purificadas de la sangre de los sujetos
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sujetos sanos
sangre del cordón umbilical de donantes sanos que no se puede utilizar con fines clínicos
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análisis de biomarcadores de interés (ADN-ARN y proteínas) en MNC purificadas de la sangre de los sujetos
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¿Qué mide el estudio?
Medidas de resultado primarias
Medida de resultado |
Medida Descripción |
Periodo de tiempo |
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Niveles de expresión de KCTD, mediante el método RNAseq, en una cohorte de pacientes afectados por LLA de células B y T en comparación con controles no afectados
Periodo de tiempo: 1-12 meses
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Inscribimos durante este proyecto alrededor de 15-20 pacientes con B-ALL y 3-6 pacientes con T-ALL. Los experimentos de RNAseq para el análisis del transcriptoma se realizarán en una cohorte de estudio de al menos 8 pacientes con B-ALL, 3-4 pacientes con T-ALL , y células B o T vírgenes purificadas a partir de sangre de cordón umbilical como control para B- y T-ALL correspondientemente.
Se utilizarán recuentos sin procesar y se aplicará un enfoque empírico de Bayes (paquete DESeq2, R).
Los resultados incluirán, para cada gen, cambio log-fold (log2), media base, valor p y valores p ajustados (Benjamimi-Hochberg). La salida de DEgenes se exportará a un formato adecuado para el software de análisis de la ruta IPA Ingenuity (Qiagen), para anotaciones de genes, análisis funcional y predicción de biomarcadores.
Las proteínas KCTD que se desregularán en B-ALL y T-ALL se estudiarán en detalle.
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1-12 meses
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Validación de RT-PCR de KCTD desregulados e identificación de posibles interactuantes de KCTD en leucemia mediante un enfoque proteómico funcional
Periodo de tiempo: 13-24 meses
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Después de la interpretación de los datos del transcriptoma, realizaremos experimentos de validación específicos mediante PCR en tiempo real, transferencia Western, citometría de flujo y microscopía.
Brevemente, el ARN total se purificará a partir de aproximadamente 5e6 MNC totales y se usará para experimentos de RT-PCR; El frotis de MO se recolectará para el análisis de inmunofluorescencia de los KCTD desregulados; el extracto total de proteína se obtendrá de al menos 1 e 6 MNC totales y se almacenará a -80°C hasta el Western Blot; finalmente, las células mononucleares vivas se tratarán para la permeabilización y la inmunotinción citoplasmática de los KCTD de interés.
Todos los experimentos se establecerán en sistemas modelo humanos in vitro B- y T-ALL y luego se realizarán en pacientes y células de control.
Además, para identificar posibles interactuadores de proteínas KCTD, utilizaremos líneas celulares B-ALL y T-ALL para el análisis de proteómica funcional.
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13-24 meses
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Correlación de datos clínicos de pacientes con B-ALL con el nivel de expresión de KCTD
Periodo de tiempo: 25-36 meses
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En primer lugar, evaluaremos la utilidad de las proteínas KCTD desreguladas como nuevos marcadores de leucemia para ser probados mediante citometría de flujo clínica multiparamétrica.
Nuestro equipo de investigación ya ha establecido un protocolo específico, y es capaz de teñir antígenos citoplasmáticos (como las proteínas KCTD) con antígenos de superficie comúnmente utilizados para estudiar compartimentos hematológicos por citometría de flujo.
Este enfoque será especialmente útil para controlar la respuesta del paciente al tratamiento, así como para detectar la enfermedad residual mínima.
Además, al poder detectar KCTD citoplásmicos en combinación con antígenos de superficie, planeamos describir los niveles de expresión de KCTD en múltiples poblaciones celulares que residen en la médula y la sangre periférica. En segundo lugar, los datos generales obtenidos en este estudio también se interpretarán observando al paciente. clínicas con particular referencia a la respuesta a la terapia, el riesgo de recaída y, cuando sea posible, la resistencia a la terapia.
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25-36 meses
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Colaboradores e Investigadores
Aquí es donde encontrará personas y organizaciones involucradas en este estudio.
Patrocinador
Colaboradores
Fechas de registro del estudio
Estas fechas rastrean el progreso del registro del estudio y los envíos de resultados resumidos a ClinicalTrials.gov. Los registros del estudio y los resultados informados son revisados por la Biblioteca Nacional de Medicina (NLM) para asegurarse de que cumplan con los estándares de control de calidad específicos antes de publicarlos en el sitio web público.
Fechas importantes del estudio
Inicio del estudio (Actual)
2 de marzo de 2020
Finalización primaria (Actual)
1 de febrero de 2024
Finalización del estudio (Estimado)
31 de julio de 2025
Fechas de registro del estudio
Enviado por primera vez
27 de enero de 2023
Primero enviado que cumplió con los criterios de control de calidad
6 de febrero de 2023
Publicado por primera vez (Actual)
15 de febrero de 2023
Actualizaciones de registros de estudio
Última actualización publicada (Actual)
25 de marzo de 2024
Última actualización enviada que cumplió con los criterios de control de calidad
22 de marzo de 2024
Última verificación
1 de febrero de 2024
Más información
Términos relacionados con este estudio
Términos MeSH relevantes adicionales
Otros números de identificación del estudio
- 5/19
Plan de datos de participantes individuales (IPD)
¿Planea compartir datos de participantes individuales (IPD)?
NO
Información sobre medicamentos y dispositivos, documentos del estudio
Estudia un producto farmacéutico regulado por la FDA de EE. UU.
No
Estudia un producto de dispositivo regulado por la FDA de EE. UU.
No
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