MyelopRoliferatiivisesta kasvaimesta kehittyvän akuutin myelooisen leukemian multiominen karakterisointi uusien kohdennettujen terapeuttisten strategioiden tunnistamiseksi (MOZART)
Myeloproliferatiiviset kasvaimet (MPN) ovat kroonisia myeloidisia pahanlaatuisia kasvaimia, joille on tunnusomaista riski kehittyä akuutiksi myelooiseksi leukemiaksi (AML). Tähän arvaamattomaan komplikaatioon liittyy synkkä lopputulos, jonka keskimääräinen eloonjäämisaika on 2–10 kuukautta. Tähän mennessä edes allogeeninen transplantaatio ei ole parantanut ennustetta merkittävästi. Leukeemista transformaatiota ohjaavat biologiset ja molekyylimekanismit ovat monimutkaisia, huonosti määriteltyjä ja heterogeenisia potilaiden välillä. Tutkija olettaa, että MPN:n jälkeisen AML:n molekyylisen heterogeenisyyden tulkitseminen voi johtaa tehokkaiden lääkkeiden tunnistamiseen, jotka kohdistuvat tärkeimpiin leukemogeenisiin reitteihin.
Päätavoitteemme on tunnistaa uusia kohdennettuja terapeuttisia lähestymistapoja MPN:n jälkeiseen AML:ään analysoimalla perusteellisesti säätelemättömiä reittejä. Tutkija luonnehtii ensin 120 MPN:n jälkeisen AML:n homogeenisen potilaiden alaryhmää, jossa on jo selitettyjä kohortteja käyttäen kattavia multiomia analyyseja. Säätelemättömät reitit tunnistetaan kussakin alaryhmässä käyttämällä omics-tietoja, ja yksisoluinen RNA-sekvensointi suoritetaan potilaiden alaryhmälle kussakin alaryhmässä. Räätälöity lääkepaneeli johdetaan säätelemättömästä reitistä ex vivo -lääkeseulontaa varten, joka käyttää virtaussytometriaa, jonka avulla voidaan tunnistaa lääkkeen vaikutus solujen eloonjäämiseen, erilaistumiseen ja kantaan. Kolme lupaavinta lääkettä validoidaan prekliinisellä in vivo -mallilla potilaan johdetun ksenografin (PDX) avulla ja niiden vaikutusta klooniseen arkkitehtuuriin tutkitaan primäärisoluviljelmissä käyttämällä yksisoluista DNA-sekvensointia.
Kaiken kaikkiaan tämä ehdotus voi tarjota paremman käsityksen MPN-leukemian transformaatiomekanismeista ja tarjota polun yksilöllisille hoidoille. Löytömme voivat näin ollen tasoittaa tietä lääkekehitykselle MPN:n jälkeisessä AML:ssä, mikä antaisi perusteet varhaisten kliinisten tutkimusten toteuttamiselle näissä kauhistuttavissa sairauksissa.
Tutkimuksen yleiskatsaus
Tila
Interventio / Hoito
Yksityiskohtainen kuvaus
Potilasnäytteet ja kliiniset tiedot:
Tutkija tutkii näytteitä 120 potilaasta, joilla on MPN:n jälkeinen akuutti myelooinen leukemia. Nämä näytteet ja vastaavat kliiniset tiedot ovat saatavilla FIMBANKilta, kansalliselta myeloproliferatiivisten kasvaimien biologisten resurssien verkostolta (grant INCa, BCB 2013, Pr Valérie Ugo) ja tulevan vaiheen II kliinisen tutkimuksen CPX351-TA-SMP-testaus CPX351-monoterapian kautta. -MPN AML (NCT04992949, sisällyttäminen aloitettu 01-2022).
WP1: MPN:n jälkeisen AML:n heterogeenisyyden purkaminen (ensisijainen tavoite) Näiden tavoitteiden saavuttamiseksi tutkija toteuttaa multi-omiikka-lähestymistavan, joka sisältää kohdistetun-NGS:n 400 geenin paneelilla, RNA-sekvenssin ja metylomin yhteensä 120 postissa. -MPN AML -näytteet. Kaikki genomiset kirjastot rakennetaan Angersin yliopistollisen sairaalan genomiosastolla ja sekvensointi suoritetaan NovaSeq6000:lla GenoBIRD-alustalla Nantesissa. Tiimit #1 ja #3 suorittavat bioinformaattisen analyysin, ja ne johdetaan jokaisesta näytteestä: SNV/Indel ja CNV DNA-sekvensoinnista, mRNA:n ja lncRNA:n ilmentyminen, geenien fuusio- ja silmukointitapahtumat RNA-sekvenssistä ja metylaation beeta-arvot metylomi.
Tunnistaakseen homogeeniset alaryhmät genomitiedoista tutkija suorittaa valvomattomia klusterointianalyysejä jokaiselle genomitietokerrokselle. Sitten kaikki tasot yhdistetään klusterien integrointia varten käyttämällä Cluster Of Clusters Analysis (COCA) -menetelmää (Wilkerson ja Hayes, 2010).
WP2: Tunnista transformaatiomekanismit ja oletetut hoidon kohteet Tätä tarkoitusta varten tutkija analysoi WP1:ssä generoitua omiikkadataa tunnistaakseen tärkeimmät molekyylimekanismit, jotka ohjaavat MPN:n leukeemista transformaatiota. Tutkija suorittaa 2-vaiheisen menettelyn: ensin analysoimalla jokaisen genomisen tietojoukon erikseen ja sitten analysoimalla kaikki tietojoukot yhdessä integroidussa monilohkoanalyysissä MOGSA-menetelmällä (Integrative Single Sample Gene-set).
Yhteensä 60 näytettä, jotka ovat peräisin WP1:een luokitelluista potilaiden alajoukosta, testataan ex vivo -lääkeseulontaa varten. Tutkija suunnittelee mittatilaustyönä tehdyn lääkepaneelin, joka sisältää hoitostandardit, useita kliinisessä kehitysvaiheessa olevia lääkkeitä AML:n hoidossa ja, mikä tärkeintä, valikoiman lääkkeitä, jotka kohdistuvat erityisesti tunnistettuihin mahdollisiin leukeemisiin haavoittuvuuksiin.
WP3: Vahvista valittujen parhaiden lääkkeiden tehokkuus ja niiden vaikutus kloonaarkkitehtuuriin. MPN:n jälkeisten AML:n vapautettujen reittien translaatiorelevanssin vahvistamiseksi edelleen kolme lupaavinta lääkekandidaattia arvioidaan viiden MPN:n jälkeisen PDX-mallin sarjassa. vähintään 2 TP53-mutatoitua MPN:n jälkeistä AML:ää. Tutkija arvioi myös, kuinka WP2:ssa tunnistetut lääkkeet voivat vaikuttaa taudin klooniseen evoluutioon, mikä on keskeinen askel MPN:n jälkeisen AML:n hoidon ymmärtämisessä ja parantamisessa. WP2:ssa tunnistettua kolmea parasta lääkekandidaattia tai yhdistelmää tutkitaan viiden valitun potilaan soluissa, joilla on monimutkainen molekyyliprofiili, jotta voidaan arvioida erilaisten subkloonien vaste.
Opintotyyppi
Ilmoittautuminen (Arvioitu)
Vaihe
- Ei sovellettavissa
Yhteystiedot ja paikat
Opiskeluyhteys
- Nimi: Damien LUQUE PAZ, PharmD. PhD.
- Puhelinnumero: 0033 241355353
- Sähköposti: damien.luquepaz@chu-angers.fr
Tutki yhteystietojen varmuuskopiointi
- Nimi: Béatrice GABLE
- Puhelinnumero: 0033 241356825
- Sähköposti: begable@chu-angers.fr
Osallistumiskriteerit
Kelpoisuusvaatimukset
Opintokelpoiset iät
- Aikuinen
- Vanhempi Aikuinen
Hyväksyy terveitä vapaaehtoisia
Kuvaus
Sisällyttämiskriteerit:
- Potilaat, joilla on aiemmin diagnosoitu MPN: polysytemia vera, essentiaalinen trombosytemia tai primaarinen myelofibroosi WHO:n kriteerien mukaan
- Akuutin myelooisen leukemian evoluutio, jonka määrittelee ≥ 20 % blastisoluista
- Saatavilla oleva materiaali luuydinnäytteestä leukeemisen transformaation aikana (esim. ≥ 20 % blastisoluista: DNA (1 µg), RNA (500 ng) +/- jäädytetyt mononukleaariset solut DMSO:ssa 60 potilaan alajoukolle (2 injektiopulloa, joissa on vähintään 8 miljoonaa solua).
- Tietoinen suostumus (tai uudelleenkelpoisuusmenettely)
Poissulkemiskriteerit:
- Potilas, joka ei kuulu Ranskan sairausvakuutukseen
Opintosuunnitelma
Miten tutkimus on suunniteltu?
Suunnittelun yksityiskohdat
- Ensisijainen käyttötarkoitus: Perustiede
- Jako: Ei käytössä
- Inventiomalli: Yksittäinen ryhmätehtävä
- Naamiointi: Ei mitään (avoin tarra)
Aseet ja interventiot
Osallistujaryhmä / Arm |
Interventio / Hoito |
|---|---|
|
Muut: Myeloproliferatiivisten kasvainten leukeminen transformaatio
120 potilasta tutkitaan:
|
Multiomiikka-analyysi sisältää kohdennetun-NGS:n, jossa on 400 geenin paneeli, RNA-seq ja metylomi.
Kaikki genomiset kirjastot rakennetaan Angersin yliopistollisen sairaalan genomiosastolla ja sekvensointi suoritetaan NovaSeq6000:lla GenoBIRD-alustalla Nantesissa.
Bioinformaattinen analyysi suoritetaan ja johdetaan jokaisesta näytteestä: SNV/Indel ja CNV DNA-sekvensoinnista, mRNA:n ja lncRNA:n ilmentyminen, geenien fuusio- ja silmukointitapahtumat RNA-sekvenssistä ja metylaation beeta-arvot metylomista.
Lääkeseulonta suoritetaan NEXT-AML-alustalla St-Louis'n sairaalassa, Pariisissa.
Tämä alusta käyttää moniparametrista seulontastrategiaa, joka perustuu solujen elinkelpoisuuden, solujen erilaistumisen ja kantasoluosaston virtaussytometrisiin mittauksiin.
Primäärisiä potilassoluja viljellään spesifisessä niche-tyyppisessä alustassa, jossa on aminohappoja, sytokiinejä ja stroomasoluja (Dal Bello et al. 2022).
Jokaiselle näytteelle tutkitaan 25 lääkettä kuudella pitoisuudella, jotka kattavat 1000-kertaisen pitoisuusalueen.
|
Mitä tutkimuksessa mitataan?
Ensisijaiset tulostoimenpiteet
Tulosmittaus |
Toimenpiteen kuvaus |
Aikaikkuna |
|---|---|---|
|
Wardin vähimmäisvarianssikriteeri klusterin sisäisen varianssin minimoimiseksi
Aikaikkuna: 24 kuukautta
|
Selvitä MPN:n jälkeisen AML:n heterogeenisyys homogeenisten alaryhmien tunnistamiseksi
|
24 kuukautta
|
Toissijaiset tulostoimenpiteet
Tulosmittaus |
Toimenpiteen kuvaus |
Aikaikkuna |
|---|---|---|
|
GO (Gene Ontology) ja KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) -reitit tunnistettiin eri alaryhmien kesken integroimalla scRNA-Seq:n avulla päätellyt omics-tiedot, solutyyppi ja liikeradat
Aikaikkuna: 36 kuukautta
|
Tunnista onkogeeniset molekyylimekanismit kussakin MPN:n jälkeisen AML:n alaryhmässä
|
36 kuukautta
|
|
Kunkin arvioidun lääkkeen tehokkaan pitoisuuden mediaani (EC50).
Aikaikkuna: 36 kuukautta
|
Tunnista tehokkaat in vitro -hoidot, jotka kohdistuvat MPN:n jälkeisen AML:n säätelemättömiin reitteihin
|
36 kuukautta
|
|
Hiirien selviytyminen
Aikaikkuna: 48 kuukautta
|
Vahvista lupaavimpien äskettäin löydettyjen kandidaattilääkkeiden tai terapeuttisten yhdistelmien tehokkuus in vivo PDX-malleissa
|
48 kuukautta
|
|
Leukeemisen taudin taakan muutos
Aikaikkuna: 48 kuukautta
|
Vahvista lupaavimpien äskettäin löydettyjen kandidaattilääkkeiden tai terapeuttisten yhdistelmien tehokkuus in vivo PDX-malleissa
|
48 kuukautta
|
|
Tunnista parhaiden ehdokaslääkkeiden/terapeuttisten yhdistelmien vaikutus yksisolutasolla ja arvioi, kuinka klooninen arkkitehtuuri kehittyy hoidon jälkeen
Aikaikkuna: 48 kuukautta
|
Jokaisen leukeemisen kloonin osuuden absoluuttinen muutos in vitro -viljelmän yksisoluisessa DNA-sekvensoinnissa
|
48 kuukautta
|
Yhteistyökumppanit ja tutkijat
Sponsori
Yhteistyökumppanit
Tutkijat
- Päätutkija: Damien LUQUE PAZ, PharmD. PhD., University Hospital of Angers
Opintojen ennätyspäivät
Opi tärkeimmät päivämäärät
Opiskelun aloitus (Arvioitu)
Ensisijainen valmistuminen (Arvioitu)
Opintojen valmistuminen (Arvioitu)
Opintoihin ilmoittautumispäivät
Ensimmäinen lähetetty
Ensimmäinen toimitettu, joka täytti QC-kriteerit
Ensimmäinen Lähetetty (Todellinen)
Tutkimustietojen päivitykset
Viimeisin päivitys julkaistu (Todellinen)
Viimeisin lähetetty päivitys, joka täytti QC-kriteerit
Viimeksi vahvistettu
Lisää tietoa
Tähän tutkimukseen liittyvät termit
Avainsanat
Muita asiaankuuluvia MeSH-ehtoja
Muut tutkimustunnusnumerot
- 49RC23_0288.
Yksittäisten osallistujien tietojen suunnitelma (IPD)
Aiotko jakaa yksittäisten osallistujien tietoja (IPD)?
Lääke- ja laitetiedot, tutkimusasiakirjat
Tutkii yhdysvaltalaista FDA sääntelemää lääkevalmistetta
Tutkii yhdysvaltalaista FDA sääntelemää laitetuotetta
Nämä tiedot haettiin suoraan verkkosivustolta clinicaltrials.gov ilman muutoksia. Jos sinulla on pyyntöjä muuttaa, poistaa tai päivittää tutkimustietojasi, ota yhteyttä register@clinicaltrials.gov. Heti kun muutos on otettu käyttöön osoitteessa clinicaltrials.gov, se päivitetään automaattisesti myös verkkosivustollemme .