MultiOmic-karakterisering van acute myeloïde leukemie die evolueert van myeloproliferatief neoplasma om nieuwe gerichte therapeutische strategieën te identificeren (MOZART)
Myeloproliferatieve neoplasmata (MPN) zijn chronische myeloïde maligniteiten die worden gekenmerkt door een risico op evolutie naar acute myeloïde leukemie (AML). Deze onvoorspelbare complicatie gaat gepaard met een grimmig resultaat, waarbij de mediane totale overleving varieert van 2 tot 10 maanden. Tot op heden slaagt zelfs allogene transplantatie er niet in om de prognose significant te verbeteren. Biologische en moleculaire mechanismen die leukemische transformatie aandrijven, zijn complex, slecht gedefinieerd en heterogeen tussen patiënten. De onderzoeker veronderstelt dat het ontcijferen van de moleculaire heterogeniteit van post-MPN AML kan leiden tot het identificeren van efficiënte geneesmiddelen die zich richten op de meest relevante leukemogene routes.
Ons hoofddoel is het identificeren van nieuwe gerichte therapeutische benaderingen in post-MPN AML door middel van diepgaande karakterisering van de ontreguleerde routes. De onderzoeker zal eerst een reeds geannoteerd cohort van 120 post-MPN AML homogene patiëntensubgroepen karakteriseren met behulp van uitgebreide multiomische analyses. Ontregelde routes zullen in elke subgroep worden geïdentificeerd met behulp van de omics-gegevens en single-cell RNA-sequencing zal worden uitgevoerd bij een subset van patiënten in elke subgroep. Een op maat gemaakt geneesmiddelenpanel zal worden afgeleid van de ontregelde route voor een ex vivo geneesmiddelenscreening, waarbij gebruik zal worden gemaakt van een flow-cytometrie-uitlezing die het mogelijk maakt het effect van geneesmiddelen op de overleving, differentiatie en stamsterkte van cellen te identificeren. De 3 meest veelbelovende geneesmiddelen zullen worden gevalideerd in een preklinisch in vivo model van patiënt-afgeleide xenotransplantaten (PDX) en hun impact op de klonale architectuur zal worden bestudeerd in primaire celculturen met behulp van single-cell DNA-sequencing.
Over het geheel genomen kan dit voorstel een beter begrip opleveren van de MPN-leukemische transformatiemechanismen en een pad bieden voor gepersonaliseerde therapieën. Onze bevindingen kunnen daarom de weg vrijmaken voor de ontwikkeling van geneesmiddelen in post-MPN AML die een reden zouden kunnen bieden voor de implementatie van vroege klinische onderzoeken bij deze vreselijke ziekten.
Studie Overzicht
Toestand
Interventie / Behandeling
Gedetailleerde beschrijving
Patiëntenmonsters en klinische gegevens:
De onderzoeker gaat monsters bestuderen van 120 patiënten met een post-MPN acute myeloïde leukemie. Deze monsters en de bijbehorende klinische gegevens zijn beschikbaar via FIMBANK, een nationaal netwerk van biologische hulpbronnen voor myeloproliferatieve neoplasmata (subsidie INCa, BCB 2013, Pr. Valérie Ugo) en via de prospectieve fase II klinische studie CPX351-TA-SMP, waarbij CPX351 monotherapie in post-operatieve fase wordt getest. -MPN AML (NCT04992949, opnames gestart in 01-2022).
WP1: Het ontcijferen van de heterogeniteit van post-MPN AML (primaire doelstelling) Om deze doelstellingen te beantwoorden, zal de onderzoeker een multi-omics-aanpak uitvoeren, inclusief gerichte NGS met een panel van 400 genen, RNA-seq en methylome in een totaal van 120 post -MPN AML-monsters. Alle genomische bibliotheken zullen worden gebouwd in de genomische faciliteit van het Universitair Ziekenhuis van Angers en de sequencing zal worden uitgevoerd op een NovaSeq6000 in het GenoBIRD-platform in Nantes. Bio-informatica-analyse zal worden uitgevoerd door teams #1 en #3 en zal voor elk monster het volgende afleiden: SNV/Indel en CNV uit DNA-sequencing, expressie van mRNA en lncRNA, genenfusie- en splitsingsgebeurtenissen uit RNA-seq, en methylatie-bètawaarden uit methyloom.
Om homogene subgroepen uit de genomische gegevens te identificeren, zal de onderzoeker zonder toezicht clusteranalyses uitvoeren van elke laag genomische gegevens. Vervolgens zullen alle lagen worden gecombineerd voor de integratie van clusters met behulp van de Cluster Of Clusters Analysis (COCA)-methode (Wilkerson en Hayes, 2010).
WP2: Identificeer de mechanismen van transformatie en vermeende doelwitten voor therapie. Voor dit doel zal de onderzoeker omics-gegevens analyseren die zijn gegenereerd in WP1 om de belangrijkste moleculaire mechanismen te identificeren die de leukemische transformatie van MPN aansturen. De onderzoeker zal een procedure in twee stappen uitvoeren: eerst door elke genomische dataset afzonderlijk te analyseren en vervolgens door alle datasets samen te analyseren in een geïntegreerde multiblock-analyse met behulp van de MOGSA-methode (Integrative Single Sample Gene-set).
In totaal zullen 60 monsters afkomstig van een subgroep van patiënten geclassificeerd in WP1 worden getest voor ex vivo screening van geneesmiddelen. De onderzoeker zal een op maat gemaakt geneesmiddelenpanel ontwerpen, inclusief zorgstandaarden, verschillende geneesmiddelen in klinische ontwikkeling bij AML en, nog belangrijker, een selectie van geneesmiddelen die specifiek gericht zijn op potentiële geïdentificeerde leukemische kwetsbaarheden.
WP3: Bevestig de werkzaamheid van geselecteerde beste geneesmiddelen en hun impact op de klonale architectuur. Om de translationele relevantie van post-MPN AML-gedereguleerde routes verder te valideren, zullen de drie meest veelbelovende kandidaat-geneesmiddelen vervolgens worden geëvalueerd in een reeks van vijf post-MPN PDX-modellen, waaronder minimaal 2 TP53-gemuteerde post-MPN AML. De onderzoeker zal ook evalueren hoe de geneesmiddelen die in WP2 zijn geïdentificeerd de klonale evolutie van de ziekte kunnen beïnvloeden, wat een belangrijke stap is in de richting van het begrijpen en verbeteren van de behandeling van post-MPN AML. De 3 beste kandidaatgeneesmiddelen of combinaties geïdentificeerd in WP2 zullen bestudeerd worden in cellen van 5 geselecteerde patiënten met een complex moleculair profiel om de respons van verschillende subklonen te evalueren.
Studietype
Inschrijving (Geschat)
Fase
- Niet toepasbaar
Contacten en locaties
Studiecontact
- Naam: Damien LUQUE PAZ, PharmD. PhD.
- Telefoonnummer: 0033 241355353
- E-mail: damien.luquepaz@chu-angers.fr
Studie Contact Back-up
- Naam: Béatrice GABLE
- Telefoonnummer: 0033 241356825
- E-mail: begable@chu-angers.fr
Deelname Criteria
Geschiktheidscriteria
Leeftijden die in aanmerking komen voor studie
- Volwassen
- Oudere volwassene
Accepteert gezonde vrijwilligers
Beschrijving
Inclusiecriteria:
- Patiënten met een eerdere diagnose van MPN: polycythaemia vera, essentiële trombocytemie of primaire myelofibrose volgens de WHO-criteria
- Evolutie van acute myeloïde leukemie gedefinieerd door ≥ 20% van de blastcellen
- Beschikbaar materiaal uit beenmergmonsters op het moment van leukemische transformatie (d.w.z. ≥ 20% van de blastcellen): DNA (1 µg), RNA (500 ng) +/- ingevroren mononucleaire cellen in DMSO voor een subgroep van 60 patiënten (2 flesjes met minstens 8 miljoen cellen).
- Geïnformeerde toestemming (of herkwalificatieprocedure)
Uitsluitingscriteria:
- Patiënt die niet is aangesloten bij de Franse ziektekostenverzekering
Studie plan
Hoe is de studie opgezet?
Ontwerpdetails
- Primair doel: Fundamentele wetenschap
- Toewijzing: NVT
- Interventioneel model: Opdracht voor een enkele groep
- Masker: Geen (open label)
Wapens en interventies
Deelnemersgroep / Arm |
Interventie / Behandeling |
|---|---|
|
Ander: Leukemische transformatie van myeloproliferatieve neoplasmata
Er zullen 120 patiënten worden onderzocht voor:
|
Multiomics-analyse omvat gerichte NGS met een panel van 400 genen, RNA-seq en methylome.
Alle genomische bibliotheken zullen worden gebouwd in de genomische faciliteit van het Universitair Ziekenhuis van Angers en de sequencing zal worden uitgevoerd op een NovaSeq6000 in het GenoBIRD-platform in Nantes.
Er zal bio-informatische analyse worden uitgevoerd en voor elk monster het volgende worden afgeleid: SNV/Indel en CNV uit DNA-sequencing, expressie van mRNA en lncRNA, genenfusie en splitsingsgebeurtenissen uit RNA-seq, en methylatie-bèta-waarden uit methylome.
De geneesmiddelenscreening zal worden uitgevoerd op het 'NEXT-AML'-platform in het St-Louis Ziekenhuis, Parijs.
Dit platform maakt gebruik van een multiparametrische screeningstrategie gebaseerd op flowcytometriemetingen van de levensvatbaarheid van de cellen, celdifferentiatie en stamcelcompartiment.
Primaire patiëntencellen zullen worden gekweekt in een specifiek niche-achtig medium met aminozuren, cytokines en stromale cellen (Dal Bello et al. 2022).
Voor elk monster zullen 25 geneesmiddelen in 6 concentraties, die een 1000-voudig concentratiebereik bestrijken, worden onderzocht.
|
Wat meet het onderzoek?
Primaire uitkomstmaten
Uitkomstmaat |
Maatregel Beschrijving |
Tijdsspanne |
|---|---|---|
|
Ward's minimale variantiecriterium om de variantie binnen het cluster te minimaliseren
Tijdsspanne: 24 maanden
|
Ontcijfer de heterogeniteit van post-MPN AML om homogene subgroepen te identificeren
|
24 maanden
|
Secundaire uitkomstmaten
Uitkomstmaat |
Maatregel Beschrijving |
Tijdsspanne |
|---|---|---|
|
GO (Gene Ontology) en KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) routes geïdentificeerd tussen de verschillende subgroepen door integratie van omics-gegevens, celtype en trajecten afgeleid met behulp van scRNA-Seq
Tijdsspanne: 36 maanden
|
Identificeer de oncogene moleculaire mechanismen onder elke subgroep van post-MPN AML
|
36 maanden
|
|
Mediane effectieve concentratie (EC50) van elk geëvalueerd geneesmiddel
Tijdsspanne: 36 maanden
|
Identificeer efficiënte in vitro therapieën die zich richten op de ontregelde routes van post-MPN AML
|
36 maanden
|
|
Overleving van muizen
Tijdsspanne: 48 maanden
|
Bevestig de werkzaamheid van de meest veelbelovende nieuw geïdentificeerde kandidaat-geneesmiddelen of therapeutische combinaties in vivo in PDX-modellen
|
48 maanden
|
|
Wijziging van de leukemische ziektelast
Tijdsspanne: 48 maanden
|
Bevestig de werkzaamheid van de meest veelbelovende nieuw geïdentificeerde kandidaat-geneesmiddelen of therapeutische combinaties in vivo in PDX-modellen
|
48 maanden
|
|
Identificeer het effect van de beste kandidaat-medicijnen/therapeutische combinaties op eencellig niveau en beoordeel hoe de klonale architectuur evolueert na de behandeling
Tijdsspanne: 48 maanden
|
Absolute verandering van het aandeel van elke leukemische kloon in eencellige DNA-sequencing van in vitro cultuur
|
48 maanden
|
Medewerkers en onderzoekers
Sponsor
Medewerkers
Onderzoekers
- Hoofdonderzoeker: Damien LUQUE PAZ, PharmD. PhD., University Hospital of Angers
Studie record data
Bestudeer belangrijke data
Studie start (Geschat)
Primaire voltooiing (Geschat)
Studie voltooiing (Geschat)
Studieregistratiedata
Eerst ingediend
Eerst ingediend dat voldeed aan de QC-criteria
Eerst geplaatst (Werkelijk)
Updates van studierecords
Laatste update geplaatst (Werkelijk)
Laatste update ingediend die voldeed aan QC-criteria
Laatst geverifieerd
Meer informatie
Termen gerelateerd aan deze studie
Trefwoorden
Aanvullende relevante MeSH-voorwaarden
Andere studie-ID-nummers
- 49RC23_0288.
Plan Individuele Deelnemersgegevens (IPD)
Bent u van plan om gegevens van individuele deelnemers (IPD) te delen?
Informatie over medicijnen en apparaten, studiedocumenten
Bestudeert een door de Amerikaanse FDA gereguleerd geneesmiddel
Bestudeert een door de Amerikaanse FDA gereguleerd apparaatproduct
Deze informatie is zonder wijzigingen rechtstreeks van de website clinicaltrials.gov gehaald. Als u verzoeken heeft om uw onderzoeksgegevens te wijzigen, te verwijderen of bij te werken, neem dan contact op met register@clinicaltrials.gov. Zodra er een wijziging wordt doorgevoerd op clinicaltrials.gov, wordt deze ook automatisch bijgewerkt op onze website .