Caracterización multiómica de la leucemia mieloide aguda que evoluciona a partir de una neoplasia mieloliferativa para identificar nuevas estrategias terapéuticas dirigidas (MOZART)

Muestras de pacientes y datos clínicos:

El investigador estudiará muestras de 120 pacientes con leucemia mieloide aguda post-NMP. Estas muestras y los datos clínicos correspondientes están disponibles a través de FIMBANK, una red nacional de recursos biológicos para neoplasias mieloproliferativas (subvención INCa, BCB 2013, Pr Valérie Ugo) y a través del ensayo clínico prospectivo de fase II CPX351-TA-SMP que prueba la monoterapia con CPX351 en pos -MPN AML (NCT04992949, inclusiones iniciadas en 01-2022).

WP1: Descifrar la heterogeneidad de la AML posterior a MPN (objetivo principal) Para responder a estos objetivos, el investigador llevará a cabo un enfoque multiómico que incluirá NGS dirigida con un panel de 400 genes, RNA-seq y metiloma en un total de 120 publicaciones -Muestras de AML de MPN. Todas las bibliotecas genómicas se construirán en las instalaciones genómicas del Hospital Universitario de Angers y la secuenciación se realizará en un NovaSeq6000 en la plataforma GenoBIRD en Nantes. Los equipos 1 y 3 realizarán análisis bioinformáticos y derivarán para cada muestra: SNV/Indel y CNV de la secuenciación de ADN, expresión de ARNm y ARNc, eventos de fusión y empalme de genes de RNA-seq y valores beta de metilación de metiloma.

Para identificar subgrupos homogéneos a partir de los datos genómicos, el investigador realizará análisis de agrupamiento no supervisados ​​de cada capa de datos genómicos. Luego, todas las capas se combinarán para la integración de los conglomerados utilizando el método de análisis de conglomerados (COCA) (Wilkerson y Hayes, 2010).

WP2: Identificar los mecanismos de transformación y objetivos putativos para la terapia. Para ello, el investigador analizará los datos ómicos generados en WP1 para identificar los principales mecanismos moleculares que impulsan la transformación leucémica de MPN. El investigador realizará un procedimiento de 2 pasos: primero analizando cada conjunto de datos genómicos por separado y luego, analizando todos los conjuntos de datos juntos en un análisis multibloque integrado utilizando el método MOGSA (conjunto genético de muestra única integrado).

Se analizarán un total de 60 muestras procedentes de un subconjunto de pacientes clasificados en WP1 para la detección de drogas ex vivo. El investigador diseñará un panel de medicamentos personalizado que incluya estándares de atención, varios medicamentos en desarrollo clínico en AML y, lo que es más importante, una selección de medicamentos dirigidos específicamente a posibles vulnerabilidades leucémicas identificadas.

WP3: Confirmar la eficacia de los mejores fármacos seleccionados y su impacto en la arquitectura clonal Para validar aún más la relevancia traslacional de las vías desreguladas de la AML post-MPN, los tres candidatos a fármacos más prometedores se evaluarán en un conjunto de cinco modelos PDX post-MPN que incluyen al menos 2 AML post-MPN con mutación TP53. El investigador también evaluará cómo los medicamentos identificados en WP2 pueden afectar la evolución clonal de la enfermedad, que es un paso clave hacia la comprensión y mejora del tratamiento de la AML posterior a MPN. Los 3 mejores fármacos candidatos o combinaciones identificadas en WP2 se estudiarán en células de 5 pacientes seleccionados con un perfil molecular complejo para evaluar la respuesta de varios subclones.