Caractérisation multiomique de la leucémie myéloïde aiguë évoluant à partir d'un néoplasme myélo-rolifératif pour identifier de nouvelles stratégies thérapeutiques ciblées (MOZART)

Échantillons de patients et données cliniques :

L'investigateur étudiera des échantillons de 120 patients atteints d'une leucémie myéloïde aiguë post-MPN. Ces échantillons et les données cliniques correspondantes sont disponibles via FIMBANK, réseau national de ressources biologiques pour les tumeurs myéloprolifératives (subvention INCa, BCB 2013, Pr Valérie Ugo) et via l'essai clinique prospectif de phase II CPX351-TA-SMP testant CPX351 en monothérapie en post -MPN AML (NCT04992949, inclusions commencées en 01-2022).

WP1 : Décrypter l'hétérogénéité de la LMA post-MPN (objectif principal) Pour répondre à ces objectifs, l'investigateur mènera une approche multi-omique incluant le NGS ciblé avec un panel de 400 gènes, RNA-seq et méthylome dans un total de 120 post -Échantillons MPN AML. Toutes les bibliothèques génomiques seront construites au sein de l'unité de génomique du CHU d'Angers et le séquençage sera réalisé sur un NovaSeq6000 dans la plateforme GenoBIRD à Nantes. L'analyse bioinformatique sera effectuée par les équipes n°1 et n°3 et dérivera pour chaque échantillon : SNV/Indel et CNV à partir du séquençage de l'ADN, de l'expression de l'ARNm et de l'ARNnc, des événements de fusion et d'épissage des gènes à partir de l'ARN-seq et des valeurs bêta de méthylation de méthylome.

Afin d'identifier des sous-groupes homogènes à partir des données génomiques, l'enquêteur effectuera des analyses de regroupement non supervisées de chaque couche de données génomiques. Ensuite, toutes les couches seront combinées pour l'intégration des clusters à l'aide de la méthode Cluster Of Clusters Analysis (COCA) (Wilkerson et Hayes, 2010).

WP2 : Identifier les mécanismes de transformation et les cibles putatives pour la thérapie À cette fin, l'investigateur analysera les données omiques générées dans WP1 pour identifier les principaux mécanismes moléculaires à l'origine de la transformation leucémique du MPN. L'enquêteur effectuera une procédure en 2 étapes : d'abord en analysant chaque ensemble de données génomiques séparément, puis en analysant tous les ensembles de données ensemble dans une analyse multibloc intégrée à l'aide de la méthode MOGSA (Integrative Single Sample Gene-set).

Un total de 60 échantillons provenant d'un sous-ensemble de patients classés dans WP1 seront testés pour le dépistage de médicaments ex vivo. L'investigateur concevra un panel de médicaments sur mesure comprenant des normes de soins, plusieurs médicaments en développement clinique dans la LMA et, plus important encore, une sélection de médicaments ciblant spécifiquement les vulnérabilités leucémiques potentielles identifiées.

WP3 : Confirmer l'efficacité des meilleurs médicaments sélectionnés et leur impact sur l'architecture clonale. Pour valider davantage la pertinence translationnelle des voies dérégulées de la LAM post-MPN, les trois candidats médicaments les plus prometteurs seront ensuite évalués dans un ensemble de cinq modèles PDX post-MPN, notamment au moins 2 AML post-MPN mutées par TP53. L'investigateur évaluera également comment les médicaments identifiés dans le WP2 peuvent avoir un impact sur l'évolution clonale de la maladie, ce qui est une étape clé vers la compréhension et l'amélioration du traitement de la LAM post-MPN. Les 3 meilleurs médicaments candidats ou combinaisons identifiés dans le WP2 seront étudiés dans des cellules de 5 patients sélectionnés présentant un profil moléculaire complexe pour évaluer la réponse de différents sous-clones.