Multiomisk karakterisering av akut myeloid leukemi som utvecklas från myeloproliferativ neoplasma för att identifiera nya riktade terapeutiska strategier (MOZART)

Patientprover och kliniska data:

Utredaren kommer att studera prover från 120 patienter med en post-MPN akut myeloid leukemi. Dessa prover och motsvarande kliniska data är tillgängliga genom FIMBANK, ett nationellt nätverk av biologiska resurser för myeloproliferativa neoplasmer (grant INCa, BCB 2013, Pr Valérie Ugo) och genom den prospektiva fas II-studien CPX351-TA-SMP som testar CPX351 monoterapi efter -MPN AML (NCT04992949, inkluderingarna startade 01-2022).

WP1: Dechiffrera heterogeniteten hos post-MPN AML (primärt mål) För att svara på dessa mål kommer utredaren att genomföra en multiomics-metod inklusive målinriktad-NGS med en 400-generspanel, RNA-seq och metylom i totalt 120 post -MPN AML-prover. Alla genomiska bibliotek kommer att konstrueras vid den genomiska anläggningen vid Angers University Hospital och sekvenseringen kommer att utföras på en NovaSeq6000 i GenoBIRD-plattformen i Nantes. Bioinformatisk analys kommer att utföras av team #1 och #3 och kommer att härleda för varje prov: SNV/Indel och CNV från DNA-sekvensering, uttryck av mRNA och lncRNA, genfusion och splitsningshändelser från RNA-seq, och metyleringsbeta-värden från metylom.

För att identifiera homogena undergrupper från genomiska data kommer utredaren att utföra oövervakade klustringsanalyser av varje lager av genomisk data. Därefter kommer alla lager att kombineras för integrering av kluster med hjälp av Cluster Of Clusters Analysis (COCA)-metoden (Wilkerson och Hayes, 2010).

WP2: Identifiera transformationsmekanismerna och förmodade mål för terapi För detta ändamål kommer utredaren att analysera omics-data som genererats i WP1 för att identifiera de huvudsakliga molekylära mekanismerna som driver den leukemiska transformationen av MPN. Utredaren kommer att utföra en 2-stegsprocedur: först genom att analysera varje genomisk datauppsättning separat och sedan genom att analysera alla datauppsättningar tillsammans i en integrerad multiblockanalys med hjälp av MOGSA-metoden (Integrative Single Sample Gene-set).

Totalt 60 prover som kommer från en undergrupp av patienter klassificerade i WP1 kommer att testas för ex vivo läkemedelsscreening. Utredaren kommer att utforma en skräddarsydd läkemedelspanel som inkluderar standarder för vård, flera läkemedel i klinisk utveckling inom AML och, ännu viktigare, ett urval av läkemedel som specifikt inriktar sig på potentiella leukemi sårbarheter som identifierats.

WP3: Bekräfta effektiviteten av utvalda bästa läkemedel och deras inverkan på klonal arkitektur För att ytterligare validera translationsrelevansen av post-MPN AML-avreglerade vägar, kommer de tre mest lovande läkemedelskandidaterna sedan att utvärderas i en uppsättning av fem post-MPN PDX-modeller, inklusive minst 2 TP53-muterade post-MPN AML. Utredaren kommer också att utvärdera hur de läkemedel som identifieras i WP2 kan påverka den klonala utvecklingen av sjukdomen, vilket är ett viktigt steg mot att förstå och förbättra behandlingen av post-MPN AML. De 3 bästa läkemedelskandidaterna eller kombinationerna identifierade i WP2 kommer att studeras i celler från 5 utvalda patienter med en komplex molekylär profil för att utvärdera svaret från olika subkloner.