Multiomická charakterizace akutní myeloidní leukémie vyvíjející se od myeloliferace k identifikaci nových cílených terapeutických strategií (MOZART)

Vzorky pacientů a klinická data:

Výzkumník bude studovat vzorky od 120 pacientů s post-MPN akutní myeloidní leukémií. Tyto vzorky a odpovídající klinická data jsou k dispozici prostřednictvím FIMBANK, národní sítě biologických zdrojů pro myeloproliferativní novotvary (grant INCa, BCB 2013, Pr Valérie Ugo) a prostřednictvím prospektivní fáze II klinické studie CPX351-TA-SMP testování monoterapie CPX351 v post. -MPN AML (NCT04992949, zahrnutí začalo v 01-2022).

WP1: Dešifrování heterogenity post-MPN AML (primární cíl) Pro zodpovězení těchto cílů provede výzkumník multi-omický přístup včetně cíleného-NGS s panelem 400 genů, RNA-seq a methylom v celkem 120 postech -MPN AML ukázky. Všechny genomové knihovny budou zkonstruovány v genomickém zařízení Angers University Hospital a sekvenování bude provedeno na NovaSeq6000 v GenoBIRD Platform v Nantes. Bioinformatická analýza bude provedena týmy #1 a #3 a bude odvozena pro každý vzorek: SNV/Indel a CNV ze sekvenování DNA, exprese mRNA a lncRNA, genové fúze a sestřihu z RNA-seq a methylační beta-hodnoty z methylom.

Aby bylo možné identifikovat homogenní podskupiny z genomických dat, výzkumník provede neřízené shlukovací analýzy každé vrstvy genomických dat. Poté budou všechny vrstvy spojeny pro integraci shluků pomocí metody Cluster Of Clusters Analysis (COCA) (Wilkerson a Hayes, 2010).

WP2: Identifikujte mechanismy transformace a předpokládané cíle pro terapii Za tímto účelem bude výzkumník analyzovat omická data generovaná ve WP1, aby identifikovala hlavní molekulární mechanismy řídící leukemickou transformaci MPN. Výzkumník provede 2-krokový postup: nejprve analyzuje každý soubor genomických dat samostatně a poté analyzuje všechny soubory dat společně v integrované multiblokové analýze pomocí metody MOGSA (Integrative Single Sample Gene-set).

Celkem 60 vzorků pocházejících z podskupiny pacientů zařazených do WP1 bude testováno pro ex vivo screening léků. Vyšetřovatel navrhne na míru vyrobený panel léků zahrnující standardy péče, několik léků v klinickém vývoji v AML a, což je důležitější, výběr léků specificky zaměřených na identifikované potenciální leukemické zranitelnosti.

WP3: Potvrzení účinnosti vybraných nejlepších léků a jejich dopad na klonální architekturu Pro další ověření translační relevance post-MPN AML deregulovaných drah budou poté vyhodnoceni tři nejslibnější lékové kandidáty v sadě pěti post-MPN PDX modelů včetně alespoň 2 TP53-mutované post-MPN AML. Vyšetřovatel také vyhodnotí, jak mohou léky identifikované ve WP2 ovlivnit klonální evoluci onemocnění, což je klíčový krok k pochopení a zlepšení léčby post-MPN AML. 3 nejlepší kandidátní léky nebo kombinace identifikované ve WP2 budou studovány na buňkách od 5 vybraných pacientů s komplexním molekulárním profilem za účelem vyhodnocení odpovědi různých subklonů.