Multiomisk karakterisering av akutt myeloid leukemi som utvikler seg fra myeloproliferativ neoplasma til å identifisere nye målrettede terapeutiske strategier (MOZART)

Pasientprøver og kliniske data:

Etterforskeren vil studere prøver fra 120 pasienter med en post-MPN akutt myeloid leukemi. Disse prøvene og de tilsvarende kliniske dataene er tilgjengelige gjennom FIMBANK, et nasjonalt nettverk av biologiske ressurser for myeloproliferative neoplasmer (grant INCa, BCB 2013, Pr Valérie Ugo) og gjennom den prospektive fase II kliniske studien CPX351-TA-SMP som tester CPX351 monoterapi etterpå -MPN AML (NCT04992949, inkluderinger startet i 01-2022).

WP1: Dechiffrere heterogeniteten til post-MPN AML (primært mål) For å svare på disse målene, vil etterforskeren gjennomføre en multi-omics-tilnærming inkludert målrettet-NGS med et 400-gener panel, RNA-seq og methylome i totalt 120 post -MPN AML-prøver. Alle de genomiske bibliotekene vil bli konstruert ved det genomiske anlegget til Angers universitetssykehus, og sekvenseringen vil bli utført på en NovaSeq6000 i GenoBIRD-plattformen i Nantes. Bioinformatisk analyse vil bli utført av team #1 og #3 og vil utlede for hver prøve: SNV/Indel og CNV fra DNA-sekvensering, ekspresjon av mRNA og lncRNA, generfusjon og spleisehendelser fra RNA-seq, og metyleringsbeta-verdier fra metylom.

For å identifisere homogene undergrupper fra de genomiske dataene, vil etterforskeren utføre uovervåkede klyngeanalyser av hvert lag med genomiske data. Deretter vil alle lag kombineres for integrasjon av klynger ved bruk av Cluster Of Clusters Analysis (COCA) metoden (Wilkerson og Hayes, 2010).

WP2: Identifiser transformasjonsmekanismene og antatte mål for terapi For dette formålet vil etterforskeren analysere omics-data generert i WP1 for å identifisere de viktigste molekylære mekanismene som driver den leukemiske transformasjonen av MPN. Etterforskeren vil utføre en 2-trinns prosedyre: først ved å analysere hvert genomiske datasett separat og deretter ved å analysere alle datasettene sammen i en integrert multiblokkanalyse ved bruk av MOGSA-metoden (Integrative Single Sample Gene-set).

Totalt 60 prøver som stammer fra en undergruppe av pasienter klassifisert i WP1 vil bli testet for ex vivo medikamentscreening. Etterforskeren vil designe et skreddersydd legemiddelpanel som inkluderer omsorgsstandarder, flere legemidler i klinisk utvikling innen AML og, enda viktigere, et utvalg medikamenter spesifikt rettet mot potensielle leukemi-sårbarheter som er identifisert.

WP3: Bekreft effektiviteten til utvalgte beste legemidler og deres innvirkning på klonal arkitektur For ytterligere å validere translasjonsrelevansen av post-MPN AML deregulerte veier, vil de tre mest lovende legemiddelkandidatene deretter bli evaluert i et sett med fem post-MPN PDX-modeller, inkludert minst 2 TP53-muterte post-MPN AML. Etterforskeren vil også evaluere hvordan legemidlene identifisert i WP2 kan påvirke klonal utvikling av sykdommen, som er et nøkkelsteg mot å forstå og forbedre behandlingen av post-MPN AML. De 3 beste kandidatmedisinene eller kombinasjonene identifisert i WP2 vil bli studert i celler fra 5 utvalgte pasienter med en kompleks molekylær profil for å evaluere responsen til ulike subkloner.