Multiomiczna charakterystyka ostrej białaczki szpikowej ewoluującej od nowotworu mieloproliferacyjnego w celu identyfikacji nowych ukierunkowanych strategii terapeutycznych (MOZART)
Nowotwory mieloproliferacyjne (MPN) to przewlekłe nowotwory szpikowe charakteryzujące się ryzykiem ewolucji do ostrej białaczki szpikowej (AML). To nieprzewidywalne powikłanie wiąże się z ponurym wynikiem, a mediana całkowitego przeżycia wynosi od 2 do 10 miesięcy. Dotychczas nawet przeszczepienie allogeniczne nie poprawia znacząco rokowania. Biologiczne i molekularne mechanizmy napędzające transformację białaczkową są złożone, źle zdefiniowane i niejednorodne u poszczególnych pacjentów. Badacz stawia hipotezę, że rozszyfrowanie heterogeniczności molekularnej AML po MPN może doprowadzić do zidentyfikowania skutecznych leków ukierunkowanych na najważniejsze szlaki białaczki.
Naszym głównym celem jest identyfikacja nowych ukierunkowanych podejść terapeutycznych w AML po MPN poprzez dogłębną charakterystykę rozregulowanych szlaków. Badacz najpierw scharakteryzuje już opisaną kohortę 120 jednorodnych podgrup pacjentów z AML po MPN, stosując kompleksowe analizy multiomiczne. Rozregulowane szlaki zostaną zidentyfikowane w każdej podgrupie przy użyciu danych omicznych, a sekwencjonowanie RNA pojedynczych komórek zostanie przeprowadzone u podzbioru pacjentów w każdej podgrupie. Dostosowany panel leków zostanie utworzony na podstawie rozregulowanej ścieżki badania przesiewowego leku ex vivo, w którym wykorzystany zostanie odczyt cytometrii przepływowej umożliwiający identyfikację wpływu leku na przeżycie, różnicowanie i łodygę komórek. Trzy najbardziej obiecujące leki zostaną poddane walidacji w przedklinicznym modelu ksenoprzeszczepu pochodzącego od pacjenta (PDX) in vivo, a ich wpływ na architekturę klonalną zostanie zbadany w pierwotnych hodowlach komórkowych przy użyciu sekwencjonowania DNA pojedynczych komórek.
Ogólnie rzecz biorąc, propozycja ta może zapewnić lepsze zrozumienie mechanizmów transformacji białaczkowej MPN i zapewnić ścieżkę spersonalizowanych terapii. Nasze odkrycia mogą zatem utorować drogę do opracowania leków na AML po MPN, co stanowiłoby uzasadnienie dla wdrożenia wczesnych badań klinicznych w tych strasznych chorobach.
Przegląd badań
Status
Interwencja / Leczenie
Szczegółowy opis
Próbki pacjentów i dane kliniczne:
Badacz przeanalizuje próbki od 120 pacjentów chorych na ostrą białaczkę szpikową po MPN. Próbki te i odpowiadające im dane kliniczne są dostępne za pośrednictwem FIMBANK, krajowej sieci zasobów biologicznych dla nowotworów mieloproliferacyjnych (grant INCa, BCB 2013, Pr Valérie Ugo) oraz poprzez prospektywne badanie kliniczne fazy II CPX351-TA-SMP testujące monoterapię CPX351 u pacjentów po -MPN AML (NCT04992949, włączenie rozpoczęło się w okresie 01–2022 r.).
WP1: Rozszyfrowanie heterogeniczności AML post-MPN (cel główny) Aby odpowiedzieć na te cele, badacz przeprowadzi podejście multiomiczne obejmujące ukierunkowane NGS z panelem 400 genów, sekwencję RNA i metylom w sumie 120 postów -Próbki MPN AML. Wszystkie biblioteki genomowe zostaną skonstruowane w ośrodku genomiki szpitala uniwersyteckiego w Angers, a sekwencjonowanie zostanie przeprowadzone na NovaSeq6000 na platformie GenoBIRD w Nantes. Analiza bioinformatyczna zostanie przeprowadzona przez zespoły #1 i #3 i dla każdej próbki wyprowadzi: SNV/Indel i CNV z sekwencjonowania DNA, ekspresję mRNA i lncRNA, zdarzenia fuzji i splicingu genów z seq RNA oraz wartości beta metylacji z metylom.
Aby zidentyfikować jednorodne podgrupy na podstawie danych genomowych, badacz przeprowadzi bez nadzoru analizy skupień każdej warstwy danych genomowych. Następnie wszystkie warstwy zostaną połączone w celu integracji klastrów metodą Cluster Of Clusters Analysis (COCA) (Wilkerson i Hayes, 2010).
WP2: Identyfikacja mechanizmów transformacji i przypuszczalnych celów terapii. W tym celu badacz przeanalizuje dane omikowe wygenerowane w WP1, aby zidentyfikować główne mechanizmy molekularne kierujące białaczkową transformacją MPN. Badacz przeprowadzi dwuetapową procedurę: najpierw analizując każdy zestaw danych genomowych osobno, a następnie analizując wszystkie zbiory danych razem w zintegrowanej analizie wieloblokowej przy użyciu metody MOGSA (Integrative Single Sample Gene-set).
Łącznie 60 próbek pochodzących od podzbioru pacjentów sklasyfikowanych w WP1 zostanie przebadanych pod kątem badań przesiewowych ex vivo na obecność narkotyków. Badacz zaprojektuje dostosowany do indywidualnych potrzeb panel leków, obejmujący standardy opieki, kilka leków znajdujących się w fazie rozwoju klinicznego w leczeniu AML oraz, co ważniejsze, wybór leków ukierunkowanych konkretnie na zidentyfikowaną potencjalną podatność na białaczkę.
WP3: Potwierdzenie skuteczności wybranych najlepszych leków i ich wpływu na architekturę klonalną co najmniej 2 AML post-MPN z mutacją TP53. Badacz oceni także, w jaki sposób leki zidentyfikowane w WP2 mogą wpłynąć na ewolucję klonalną choroby, co stanowi kluczowy krok w kierunku zrozumienia i ulepszenia leczenia AML po MPN. Trzy najlepsze leki lub ich kombinacje zidentyfikowane w WP2 zostaną zbadane w komórkach od 5 wybranych pacjentów o złożonym profilu molekularnym w celu oceny odpowiedzi różnych subklonów.
Typ studiów
Zapisy (Szacowany)
Faza
- Nie dotyczy
Kontakty i lokalizacje
Kontakt w sprawie studiów
- Nazwa: Damien LUQUE PAZ, PharmD. PhD.
- Numer telefonu: 0033 241355353
- E-mail: damien.luquepaz@chu-angers.fr
Kopia zapasowa kontaktu do badania
- Nazwa: Béatrice GABLE
- Numer telefonu: 0033 241356825
- E-mail: begable@chu-angers.fr
Kryteria uczestnictwa
Kryteria kwalifikacji
Wiek uprawniający do nauki
- Dorosły
- Starszy dorosły
Akceptuje zdrowych ochotników
Opis
Kryteria przyjęcia:
- Pacjenci z wcześniej rozpoznaną MPN: czerwienica prawdziwa, nadpłytkowość samoistna lub pierwotne zwłóknienie szpiku według kryteriów WHO
- Ewolucja ostrej białaczki szpikowej zdefiniowana na podstawie ≥ 20% komórek blastycznych
- Dostępny materiał z pobierania próbek szpiku kostnego w momencie transformacji białaczkowej (tj. ≥ 20% komórek blastycznych): DNA (1 µg), RNA (500 ng) +/- zamrożone komórki jednojądrzaste w DMSO dla podzbioru 60 pacjentów (2 fiolki zawierające co najmniej 8 milionów komórek).
- Świadoma zgoda (lub procedura przekwalifikowania)
Kryteria wyłączenia:
- Pacjent nieobjęty francuskim ubezpieczeniem zdrowotnym
Plan studiów
Jak projektuje się badanie?
Szczegóły projektu
- Główny cel: Podstawowa nauka
- Przydział: Nie dotyczy
- Model interwencyjny: Zadanie dla jednej grupy
- Maskowanie: Brak (otwarta etykieta)
Broń i interwencje
Grupa uczestników / Arm |
Interwencja / Leczenie |
|---|---|
|
Inny: Transformacja białaczkowa nowotworów mieloproliferacyjnych
120 pacjentów zostanie przebadanych pod kątem:
|
Analiza multiomiczna obejmuje ukierunkowane NGS z panelem 400 genów, sekwencję RNA i metylom.
Wszystkie biblioteki genomowe zostaną skonstruowane w ośrodku genomiki szpitala uniwersyteckiego w Angers, a sekwencjonowanie zostanie przeprowadzone na NovaSeq6000 na platformie GenoBIRD w Nantes.
Przeprowadzona zostanie analiza bioinformatyczna, która dla każdej próbki wyprowadzi: SNV/Indel i CNV z sekwencjonowania DNA, ekspresję mRNA i lncRNA, zdarzenia fuzji i splicingu genów z seq RNA oraz wartości beta metylacji z metylomu.
Badanie przesiewowe leku zostanie przeprowadzone na platformie „NEXT-AML” w szpitalu St-Louis w Paryżu.
Platforma ta wykorzystuje wieloparametryczną strategię przesiewową opartą na pomiarach cytometrii przepływowej żywotności komórek, różnicowania komórek i przedziału komórek macierzystych.
Pierwotne komórki pacjenta będą hodowane w specyficznej pożywce niszowej zawierającej aminokwasy, cytokiny i komórki zrębowe (Dal Bello i in. 2022).
Dla każdej próbki zbadanych zostanie dwadzieścia pięć leków w 6 stężeniach obejmujących 1000-krotny zakres stężeń.
|
Co mierzy badanie?
Podstawowe miary wyniku
Miara wyniku |
Opis środka |
Ramy czasowe |
|---|---|---|
|
Kryterium minimalnej wariancji Warda służące do minimalizacji wariancji wewnątrz klastra
Ramy czasowe: 24 miesiące
|
Rozszyfruj heterogeniczność AML post-MPN, aby zidentyfikować jednorodne podgrupy
|
24 miesiące
|
Miary wyników drugorzędnych
Miara wyniku |
Opis środka |
Ramy czasowe |
|---|---|---|
|
Szlaki GO (ontologia genów) i KEGG (Encyklopedia genów i genomów z Kioto) zidentyfikowane wśród różnych podgrup poprzez integrację danych omicznych, typu komórki i trajektorii wywnioskowanych za pomocą scRNA-Seq
Ramy czasowe: 36 miesięcy
|
Zidentyfikuj onkogenne mechanizmy molekularne w każdej podgrupie AML po MPN
|
36 miesięcy
|
|
Mediana skutecznego stężenia (EC50) każdego ocenianego leku
Ramy czasowe: 36 miesięcy
|
Identyfikacja skutecznych terapii in vitro ukierunkowanych na rozregulowane szlaki AML po MPN
|
36 miesięcy
|
|
Przetrwanie myszy
Ramy czasowe: 48 miesięcy
|
Potwierdź skuteczność najbardziej obiecujących, nowo zidentyfikowanych kandydatów na leki lub kombinacje terapeutyczne in vivo w modelach PDX
|
48 miesięcy
|
|
Modyfikacja obciążenia chorobą białaczkową
Ramy czasowe: 48 miesięcy
|
Potwierdź skuteczność najbardziej obiecujących, nowo zidentyfikowanych kandydatów na leki lub kombinacje terapeutyczne in vivo w modelach PDX
|
48 miesięcy
|
|
Zidentyfikuj wpływ najlepszych kandydatów na leki/kombinacje terapeutyczne na poziomie pojedynczych komórek i oceń, jak ewoluuje architektura klonalna po leczeniu
Ramy czasowe: 48 miesięcy
|
Bezwzględna zmiana proporcji każdego klonu białaczkowego w sekwencjonowaniu DNA pojedynczych komórek w hodowli in vitro
|
48 miesięcy
|
Współpracownicy i badacze
Sponsor
Współpracownicy
Śledczy
- Główny śledczy: Damien LUQUE PAZ, PharmD. PhD., University Hospital of Angers
Daty zapisu na studia
Główne daty studiów
Rozpoczęcie studiów (Szacowany)
Zakończenie podstawowe (Szacowany)
Ukończenie studiów (Szacowany)
Daty rejestracji na studia
Pierwszy przesłany
Pierwszy przesłany, który spełnia kryteria kontroli jakości
Pierwszy wysłany (Rzeczywisty)
Aktualizacje rekordów badań
Ostatnia wysłana aktualizacja (Rzeczywisty)
Ostatnia przesłana aktualizacja, która spełniała kryteria kontroli jakości
Ostatnia weryfikacja
Więcej informacji
Terminy związane z tym badaniem
Słowa kluczowe
Dodatkowe istotne warunki MeSH
Inne numery identyfikacyjne badania
- 49RC23_0288.
Plan dla danych uczestnika indywidualnego (IPD)
Planujesz udostępniać dane poszczególnych uczestników (IPD)?
Informacje o lekach i urządzeniach, dokumenty badawcze
Bada produkt leczniczy regulowany przez amerykańską FDA
Bada produkt urządzenia regulowany przez amerykańską FDA
Te informacje zostały pobrane bezpośrednio ze strony internetowej clinicaltrials.gov bez żadnych zmian. Jeśli chcesz zmienić, usunąć lub zaktualizować dane swojego badania, skontaktuj się z register@clinicaltrials.gov. Gdy tylko zmiana zostanie wprowadzona na stronie clinicaltrials.gov, zostanie ona automatycznie zaktualizowana również na naszej stronie internetowej .