Caratterizzazione MultiOmica della Leucemia Mieloide Acuta in Evoluzione da Neoplasia MielopRoliferativa per Identificare Nuove Strategie Terapeutiche Mirate (MOZART)
Le neoplasie mieloproliferative (MPN) sono neoplasie mieloidi croniche caratterizzate da un rischio di evoluzione in leucemia mieloide acuta (LMA). Questa complicanza imprevedibile è associata a un esito negativo con una sopravvivenza globale mediana compresa tra 2 e 10 mesi. Ad oggi, anche il trapianto allogenico non riesce a migliorare significativamente la prognosi. I meccanismi biologici e molecolari che guidano la trasformazione leucemica sono complessi, mal definiti ed eterogenei tra i pazienti. Il ricercatore ipotizza che decifrare l'eterogeneità molecolare della leucemia mieloide acuta post-MPN possa portare all'identificazione di farmaci efficaci che prendono di mira le vie leucemogeniche più rilevanti.
Il nostro obiettivo principale è identificare nuovi approcci terapeutici mirati nella LMA post-MPN attraverso la caratterizzazione approfondita dei percorsi disregolati. Lo sperimentatore caratterizzerà innanzitutto in una coorte già annotata di 120 sottogruppi di pazienti omogenei post-MPN AML utilizzando analisi multiomiche complete. I percorsi disregolati verranno identificati in ciascun sottogruppo utilizzando i dati omici e il sequenziamento dell'RNA a singola cellula verrà eseguito in un sottogruppo di pazienti in ciascun sottogruppo. Un pannello farmacologico personalizzato sarà derivato dal percorso disregolato per uno screening farmacologico ex vivo, che utilizzerà una lettura della citometria a flusso che consentirà di identificare l'effetto del farmaco sulla sopravvivenza, differenziazione e staminalità delle cellule. I 3 farmaci più promettenti saranno validati in un modello preclinico in vivo di xenotrapianto derivato dal paziente (PDX) e il loro impatto sull'architettura clonale sarà studiato in colture cellulari primarie utilizzando il sequenziamento del DNA di singole cellule.
Nel complesso, questa proposta potrebbe fornire una migliore comprensione dei meccanismi di trasformazione leucemica delle MPN e fornire un percorso per terapie personalizzate. I nostri risultati potrebbero quindi aprire la strada allo sviluppo di farmaci nella leucemia mieloide acuta post-MPN che fornirebbero una motivazione per l’implementazione dei primi studi clinici su queste terribili malattie.
Panoramica dello studio
Stato
Condizioni
Intervento / Trattamento
Descrizione dettagliata
Campioni di pazienti e dati clinici:
Lo sperimentatore studierà campioni di 120 pazienti affetti da leucemia mieloide acuta post-MPN. Questi campioni e i corrispondenti dati clinici sono disponibili attraverso FIMBANK, una rete nazionale di risorse biologiche per le neoplasie mieloproliferative (grant INCa, BCB 2013, Pr Valérie Ugo) e attraverso lo studio clinico prospettico di fase II CPX351-TA-SMP che testa la monoterapia CPX351 in post-terapia -MPN AML (NCT04992949, inclusioni iniziate nel 01-2022).
WP1: Decifrare l'eterogeneità della LMA post-MPN (obiettivo primario) Per rispondere a questi obiettivi, il ricercatore condurrà un approccio multi-omico che include NGS mirati con un pannello di 400 geni, RNA-seq e metiloma in un totale di 120 post -Campioni AML MPN. Tutte le librerie genomiche saranno costruite presso la struttura genomica dell'Ospedale Universitario di Angers e il sequenziamento sarà eseguito su un NovaSeq6000 nella piattaforma GenoBIRD a Nantes. L'analisi bioinformatica sarà eseguita dai team n. 1 e n. 3 e deriverà per ciascun campione: SNV/Indel e CNV dal sequenziamento del DNA, espressione di mRNA e lncRNA, eventi di fusione e splicing dei geni da RNA-seq e valori beta di metilazione da metiloma.
Al fine di identificare sottogruppi omogenei dai dati genomici, il ricercatore eseguirà analisi di clustering senza supervisione di ciascuno strato di dati genomici. Quindi, tutti i livelli verranno combinati per l'integrazione dei cluster utilizzando il metodo Cluster Of Clusters Analysis (COCA) (Wilkerson e Hayes, 2010).
WP2: Identificare i meccanismi di trasformazione e i possibili bersagli per la terapia A questo scopo, il ricercatore analizzerà i dati omici generati nel WP1 per identificare i principali meccanismi molecolari che guidano la trasformazione leucemica dell'MPN. Il ricercatore eseguirà una procedura in 2 fasi: prima analizzando ciascun set di dati genomici separatamente e poi, analizzando tutti i set di dati insieme in un'analisi multiblocco integrata utilizzando il metodo MOGSA (Integrative Single Sample Gene-set).
Un totale di 60 campioni provenienti da un sottogruppo di pazienti classificati nel WP1 saranno testati per lo screening farmacologico ex vivo. Il ricercatore progetterà un pannello di farmaci su misura comprendente standard di cura, diversi farmaci in sviluppo clinico per la leucemia mieloide acuta e, cosa ancora più importante, una selezione di farmaci mirati specificamente alle potenziali vulnerabilità leucemiche identificate.
WP3: Confermare l'efficacia dei migliori farmaci selezionati e il loro impatto sull'architettura clonale Per convalidare ulteriormente la rilevanza traslazionale dei percorsi deregolamentati della LMA post-MPN, i tre farmaci candidati più promettenti verranno quindi valutati in una serie di cinque modelli PDX post-MPN tra cui almeno 2 AML post-MPN con mutazione TP53. Il ricercatore valuterà anche il modo in cui i farmaci identificati nel WP2 possono influenzare l'evoluzione clonale della malattia, il che rappresenta un passo fondamentale verso la comprensione e il miglioramento del trattamento della leucemia mieloide acuta post-MPN. I 3 migliori farmaci o combinazioni candidati identificati nel WP2 saranno studiati in cellule di 5 pazienti selezionati con un profilo molecolare complesso per valutare la risposta di vari subcloni.
Tipo di studio
Iscrizione (Stimato)
Fase
- Non applicabile
Contatti e Sedi
Contatto studio
- Nome: Damien LUQUE PAZ, PharmD. PhD.
- Numero di telefono: 0033 241355353
- Email: damien.luquepaz@chu-angers.fr
Backup dei contatti dello studio
- Nome: Béatrice GABLE
- Numero di telefono: 0033 241356825
- Email: begable@chu-angers.fr
Criteri di partecipazione
Criteri di ammissibilità
Età idonea allo studio
- Adulto
- Adulto più anziano
Accetta volontari sani
Descrizione
Criterio di inclusione:
- Pazienti con diagnosi pregressa di MPN: policitemia vera, trombocitemia essenziale o mielofibrosi primaria secondo i criteri dell'OMS
- Evoluzione della leucemia mieloide acuta definita da ≥ 20% di cellule blasti
- Materiale disponibile proveniente dal campionamento del midollo osseo al momento della trasformazione leucemica (ad es. ≥ 20% di cellule blastiche): DNA (1μg), RNA (500ng) +/- cellule mononucleate congelate in DMSO per un sottogruppo di 60 pazienti (2 fiale da almeno 8 milioni di cellule).
- Consenso informato (o procedura di riqualificazione)
Criteri di esclusione:
- Paziente non affiliato all'assicurazione sanitaria francese
Piano di studio
Come è strutturato lo studio?
Dettagli di progettazione
- Scopo principale: Scienza basilare
- Assegnazione: N / A
- Modello interventistico: Assegnazione di gruppo singolo
- Mascheramento: Nessuno (etichetta aperta)
Armi e interventi
Gruppo di partecipanti / Arm |
Intervento / Trattamento |
|---|---|
|
Altro: Trasformazione leucemica delle neoplasie mieloproliferative
120 pazienti saranno studiati per:
|
L'analisi multiomica include NGS mirati con un pannello di 400 geni, RNA-seq e metiloma.
Tutte le librerie genomiche saranno costruite presso la struttura genomica dell'Ospedale Universitario di Angers e il sequenziamento sarà eseguito su un NovaSeq6000 nella piattaforma GenoBIRD a Nantes.
Verrà eseguita l'analisi bioinformatica e deriveranno per ciascun campione: SNV/Indel e CNV dal sequenziamento del DNA, espressione di mRNA e lncRNA, eventi di fusione e splicing dei geni da RNA-seq e valori beta di metilazione dal metiloma.
Lo screening farmacologico verrà eseguito sulla piattaforma "NEXT-AML" presso l'ospedale St-Louis di Parigi.
Questa piattaforma utilizza una strategia di screening multiparametrica basata su misurazioni di citometria a flusso della vitalità cellulare, della differenziazione cellulare e del compartimento delle cellule staminali.
Le cellule primarie dei pazienti verranno coltivate in uno specifico mezzo di nicchia con aminoacidi, citochine e cellule stromali (Dal Bello et al. 2022).
Per ciascun campione verranno studiati venticinque farmaci a 6 concentrazioni che coprono un intervallo di concentrazione pari a 1000 volte.
|
Cosa sta misurando lo studio?
Misure di risultato primarie
Misura del risultato |
Misura Descrizione |
Lasso di tempo |
|---|---|---|
|
Criterio di varianza minima di Ward per ridurre al minimo la varianza intra-cluster
Lasso di tempo: 24 mesi
|
Decifrare l'eterogeneità della LMA post-MPN per identificare sottogruppi omogenei
|
24 mesi
|
Misure di risultato secondarie
Misura del risultato |
Misura Descrizione |
Lasso di tempo |
|---|---|---|
|
Percorsi GO (Gene Ontology) e KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) identificati tra i diversi sottogruppi mediante l'integrazione di dati omici, tipo di cellula e traiettorie dedotte utilizzando scRNA-Seq
Lasso di tempo: 36 mesi
|
Identificare i meccanismi molecolari oncogenici in ciascun sottogruppo di AML post-MPN
|
36 mesi
|
|
Concentrazione efficace mediana (EC50) di ciascun farmaco valutato
Lasso di tempo: 36 mesi
|
Identificare terapie in vitro efficaci mirate ai percorsi disregolati della leucemia mieloide acuta post-MPN
|
36 mesi
|
|
Sopravvivenza dei topi
Lasso di tempo: 48 mesi
|
Confermare l'efficacia dei farmaci candidati appena identificati o delle combinazioni terapeutiche più promettenti in vivo nei modelli PDX
|
48 mesi
|
|
Modificazione del carico della malattia leucemica
Lasso di tempo: 48 mesi
|
Confermare l'efficacia dei farmaci candidati appena identificati o delle combinazioni terapeutiche più promettenti in vivo nei modelli PDX
|
48 mesi
|
|
Identificare l'effetto dei migliori farmaci/combinazioni terapeutiche candidati a livello di singola cellula e valutare come si evolve l'architettura clonale dopo il trattamento
Lasso di tempo: 48 mesi
|
Variazione assoluta della proporzione di ciascun clone leucemico nel sequenziamento del DNA di una singola cellula della coltura in vitro
|
48 mesi
|
Collaboratori e investigatori
Sponsor
Collaboratori
Investigatori
- Investigatore principale: Damien LUQUE PAZ, PharmD. PhD., University Hospital of Angers
Studiare le date dei record
Studia le date principali
Inizio studio (Stimato)
Completamento primario (Stimato)
Completamento dello studio (Stimato)
Date di iscrizione allo studio
Primo inviato
Primo inviato che soddisfa i criteri di controllo qualità
Primo Inserito (Effettivo)
Aggiornamenti dei record di studio
Ultimo aggiornamento pubblicato (Effettivo)
Ultimo aggiornamento inviato che soddisfa i criteri QC
Ultimo verificato
Maggiori informazioni
Termini relativi a questo studio
Parole chiave
Termini MeSH pertinenti aggiuntivi
Altri numeri di identificazione dello studio
- 49RC23_0288.
Piano per i dati dei singoli partecipanti (IPD)
Hai intenzione di condividere i dati dei singoli partecipanti (IPD)?
Informazioni su farmaci e dispositivi, documenti di studio
Studia un prodotto farmaceutico regolamentato dalla FDA degli Stati Uniti
Studia un dispositivo regolamentato dalla FDA degli Stati Uniti
Queste informazioni sono state recuperate direttamente dal sito web clinicaltrials.gov senza alcuna modifica. In caso di richieste di modifica, rimozione o aggiornamento dei dettagli dello studio, contattare register@clinicaltrials.gov. Non appena verrà implementata una modifica su clinicaltrials.gov, questa verrà aggiornata automaticamente anche sul nostro sito web .
Prove cliniche su Neoplasia mieloproliferativa
-
University Health Network, TorontoNon ancora reclutamentoNeoplasia tonsillare | Neoplasia dell'orofaringe | Chirurgia robotica transoraleCanada