Мультиомная характеристика острого миелолейкоза, развивающегося из миелолиферативного новообразования, для определения новых таргетных терапевтических стратегий (MOZART)
Миелопролиферативные новообразования (МПН) — хронические миелоидные злокачественные новообразования, характеризующиеся риском развития острого миелолейкоза (ОМЛ). Это непредсказуемое осложнение связано с мрачным исходом: медиана общей выживаемости составляет от 2 до 10 месяцев. На сегодняшний день даже аллогенная трансплантация не позволяет существенно улучшить прогноз. Биологические и молекулярные механизмы, вызывающие лейкемическую трансформацию, сложны, плохо определены и неоднородны у разных пациентов. Исследователи предполагают, что расшифровка молекулярной гетерогенности ОМЛ после МПН может привести к выявлению эффективных лекарств, воздействующих на наиболее важные пути лейкемогенного развития.
Наша главная цель — определить новые таргетные терапевтические подходы к лечению ОМЛ после МПН путем углубленной характеристики нарушенных путей. Исследователь сначала охарактеризует уже аннотированную группу из 120 подгрупп однородных пациентов с ОМЛ после МПН, используя комплексный мультиомный анализ. Нарушенные пути регуляции будут идентифицированы в каждой подгруппе с использованием данных омики, а секвенирование одноклеточной РНК будет проводиться у подгруппы пациентов в каждой подгруппе. На основе нерегулируемого пути скрининга лекарств ex vivo будет создана индивидуальная панель лекарств, в которой будут использоваться данные проточной цитометрии, позволяющие идентифицировать влияние лекарств на выживаемость, дифференцировку и стволовость клеток. Три наиболее многообещающих препарата будут проверены на доклинической модели ксенотрансплантата, полученного от пациента (PDX), in vivo, а их влияние на клональную архитектуру будет изучено в первичных клеточных культурах с использованием секвенирования одноклеточной ДНК.
В целом, это предложение может обеспечить лучшее понимание механизмов трансформации лейкемии MPN и открыть путь к персонализированной терапии. Таким образом, наши результаты могут проложить путь к разработке лекарств для лечения ОМЛ после МПН, что послужит обоснованием для проведения ранних клинических испытаний при этих ужасных заболеваниях.
Обзор исследования
Статус
Вмешательство/лечение
Подробное описание
Образцы пациентов и клинические данные:
Исследователь изучит образцы 120 пациентов с острым миелолейкозом после МПН. Эти образцы и соответствующие клинические данные доступны через FIMBANK, национальную сеть биологических ресурсов для миелопролиферативных новообразований (грант INCa, BCB 2013, Pr Valérie Ugo), а также через проспективное клиническое исследование II фазы CPX351-TA-SMP, проверяющее монотерапию CPX351 в послеоперационном периоде. -MPN AML (NCT04992949, включение началось в 01-2022 г.).
WP1: Расшифровка гетерогенности ОМЛ после MPN (основная цель). Чтобы ответить на эти задачи, исследователь применит мультиомный подход, включая таргетный NGS с панелью из 400 генов, секвенирование РНК и метилом в общей сложности в 120 пост-тестах. - Образцы MPN AML. Все геномные библиотеки будут созданы в геномном центре Университетской больницы Анжера, а секвенирование будет выполняться на NovaSeq6000 на платформе GenoBIRD в Нанте. Биоинформатический анализ будет выполняться группами №1 и №3 и для каждого образца будет получено: SNV/Indel и CNV на основе секвенирования ДНК, экспрессии мРНК и днРНК, событий слияния и сплайсинга генов из RNA-seq и бета-значений метилирования из метилом.
Чтобы идентифицировать однородные подгруппы на основе геномных данных, исследователь проведет неконтролируемый кластерный анализ каждого слоя геномных данных. Затем все слои будут объединены для интеграции кластеров с использованием метода кластерного анализа (COCA) (Wilkerson and Hayes, 2010).
WP2: Определить механизмы трансформации и предполагаемые цели терапии. С этой целью исследователь проанализирует данные омики, полученные в WP1, чтобы определить основные молекулярные механизмы, управляющие лейкемической трансформацией MPN. Исследователь выполнит двухэтапную процедуру: сначала проанализирует каждый набор геномных данных отдельно, а затем проанализирует все наборы данных вместе в рамках интегрированного многоблочного анализа с использованием метода MOGSA (Интегративный набор генов с одной выборкой).
В общей сложности 60 образцов, полученных от подгруппы пациентов, классифицированных в WP1, будут протестированы для скрининга на наркотики ex vivo. Исследователь разработает специальную панель лекарств, включающую стандарты лечения, несколько препаратов, находящихся в клинической разработке для лечения ОМЛ, и, что более важно, набор препаратов, специально нацеленных на выявленные потенциальные уязвимые места лейкемии.
WP3: Подтвердить эффективность выбранных лучших лекарств и их влияние на клональную архитектуру. Для дальнейшего подтверждения трансляционной значимости дерегулированных путей борьбы с отмыванием денег после MPN три наиболее перспективных препарата-кандидата будут затем оценены в наборе из пяти моделей PDX после MPN, включая по крайней мере 2 ОМЛ с мутацией TP53 после MPN. Исследователь также оценит, как препараты, указанные в WP2, могут повлиять на клональную эволюцию заболевания, что является ключевым шагом на пути к пониманию и улучшению лечения ОМЛ после MPN. Три лучших препарата-кандидата или комбинации, определенные в WP2, будут изучены на клетках 5 выбранных пациентов со сложным молекулярным профилем для оценки реакции различных субклонов.
Тип исследования
Регистрация (Оцененный)
Фаза
- Непригодный
Контакты и местонахождение
Контакты исследования
- Имя: Damien LUQUE PAZ, PharmD. PhD.
- Номер телефона: 0033 241355353
- Электронная почта: damien.luquepaz@chu-angers.fr
Учебное резервное копирование контактов
- Имя: Béatrice GABLE
- Номер телефона: 0033 241356825
- Электронная почта: begable@chu-angers.fr
Критерии участия
Критерии приемлемости
Возраст, подходящий для обучения
- Взрослый
- Пожилой взрослый
Принимает здоровых добровольцев
Описание
Критерии включения:
- Пациенты с предшествующим диагнозом МПН: истинная полицитемия, эссенциальная тромбоцитемия или первичный миелофиброз по критериям ВОЗ.
- Эволюция острого миелолейкоза определяется ≥ 20% бластных клеток
- Доступный материал из образцов костного мозга во время лейкемической трансформации (т.е. ≥ 20% бластных клеток: ДНК (1 мкг), РНК (500 нг) +/- замороженные мононуклеарные клетки в ДМСО для подгруппы из 60 пациентов (2 флакона по меньшей мере по 8 миллионов клеток).
- Информированное согласие (или процедура переквалификации)
Критерий исключения:
- Пациент не связан с французской системой медицинского страхования.
Учебный план
Как устроено исследование?
Детали дизайна
- Основная цель: Фундаментальная наука
- Распределение: Н/Д
- Интервенционная модель: Одногрупповое задание
- Маскировка: Нет (открытая этикетка)
Оружие и интервенции
Группа участников / Армия |
Вмешательство/лечение |
|---|---|
|
Другой: Лейкемическая трансформация миелопролиферативных новообразований
120 пациентов будут обследованы на предмет:
|
Мультиомный анализ включает таргетный NGS с панелью из 400 генов, секвенирование РНК и метилом.
Все геномные библиотеки будут созданы в геномном центре Университетской больницы Анжера, а секвенирование будет выполняться на NovaSeq6000 на платформе GenoBIRD в Нанте.
Будет проведен биоинформатический анализ, который выведет для каждого образца: SNV/Indel и CNV на основе секвенирования ДНК, экспрессии мРНК и днРНК, событий слияния и сплайсинга генов из RNA-seq и бета-значений метилирования из метилома.
Проверка на наркотики будет проводиться на платформе «NEXT-AML» в больнице Сент-Луис в Париже.
Эта платформа использует стратегию многопараметрического скрининга, основанную на измерениях жизнеспособности клеток, дифференциации клеток и компартмента стволовых клеток с помощью проточной цитометрии.
Первичные клетки пациента будут культивироваться в специальной нишеподобной среде с аминокислотами, цитокинами и стромальными клетками (Dal Bello et al. 2022).
Для каждого образца будут изучены двадцать пять препаратов в шести концентрациях, охватывающих 1000-кратный диапазон концентраций.
|
Что измеряет исследование?
Первичные показатели результатов
Мера результата |
Мера Описание |
Временное ограничение |
|---|---|---|
|
Критерий минимальной дисперсии Уорда для минимизации внутрикластерной дисперсии
Временное ограничение: 24 месяца
|
Расшифруйте неоднородность ОМЛ после MPN, чтобы выявить однородные подгруппы.
|
24 месяца
|
Вторичные показатели результатов
Мера результата |
Мера Описание |
Временное ограничение |
|---|---|---|
|
Пути GO (Онтология генов) и KEGG (Киотская энциклопедия генов и геномов), идентифицированные среди различных подгрупп путем интеграции данных омики, типа клеток и траекторий, выведенных с помощью scRNA-Seq.
Временное ограничение: 36 месяцев
|
Определить онкогенные молекулярные механизмы в каждой подгруппе ОМЛ после МПН.
|
36 месяцев
|
|
Медианная эффективная концентрация (EC50) каждого оцениваемого препарата
Временное ограничение: 36 месяцев
|
Определить эффективные методы лечения in vitro, направленные на нарушение регуляции путей ОМЛ после МПН.
|
36 месяцев
|
|
Выживание мышей
Временное ограничение: 48 месяцев
|
Подтвердить эффективность наиболее многообещающих недавно выявленных лекарств-кандидатов или терапевтических комбинаций in vivo на моделях PDX.
|
48 месяцев
|
|
Изменение бремени лейкемических заболеваний
Временное ограничение: 48 месяцев
|
Подтвердить эффективность наиболее многообещающих недавно выявленных лекарств-кандидатов или терапевтических комбинаций in vivo на моделях PDX.
|
48 месяцев
|
|
Определить эффект лучших потенциальных лекарств/терапевтических комбинаций на уровне отдельных клеток и оценить, как развивается клональная архитектура после лечения.
Временное ограничение: 48 месяцев
|
Абсолютное изменение доли каждого лейкемического клона при секвенировании одноклеточной ДНК в культуре in vitro.
|
48 месяцев
|
Соавторы и исследователи
Спонсор
Соавторы
Следователи
- Главный следователь: Damien LUQUE PAZ, PharmD. PhD., University Hospital of Angers
Даты записи исследования
Изучение основных дат
Начало исследования (Оцененный)
Первичное завершение (Оцененный)
Завершение исследования (Оцененный)
Даты регистрации исследования
Первый отправленный
Впервые представлено, что соответствует критериям контроля качества
Первый опубликованный (Действительный)
Обновления учебных записей
Последнее опубликованное обновление (Действительный)
Последнее отправленное обновление, отвечающее критериям контроля качества
Последняя проверка
Дополнительная информация
Термины, связанные с этим исследованием
Ключевые слова
Дополнительные соответствующие термины MeSH
Другие идентификационные номера исследования
- 49RC23_0288.
Планирование данных отдельных участников (IPD)
Планируете делиться данными об отдельных участниках (IPD)?
Информация о лекарствах и устройствах, исследовательские документы
Изучает лекарственный продукт, регулируемый FDA США.
Изучает продукт устройства, регулируемый Управлением по санитарному надзору за качеством пищевых продуктов и медикаментов США.
Эта информация была получена непосредственно с веб-сайта clinicaltrials.gov без каких-либо изменений. Если у вас есть запросы на изменение, удаление или обновление сведений об исследовании, обращайтесь по адресу register@clinicaltrials.gov. Как только изменение будет реализовано на clinicaltrials.gov, оно будет автоматически обновлено и на нашем веб-сайте. .