Multiomisk karakterisering af akut myeloid leukæmi, der udvikler sig fra myeloproliferativ neoplasma til at identificere nye målrettede terapeutiske strategier (MOZART)

Patientprøver og kliniske data:

Efterforskeren vil studere prøver fra 120 patienter med en post-MPN akut myeloid leukæmi. Disse prøver og de tilsvarende kliniske data er tilgængelige gennem FIMBANK, et nationalt netværk af biologiske ressourcer til myeloproliferative neoplasmer (grant INCa, BCB 2013, Pr Valérie Ugo) og gennem det prospektive fase II kliniske forsøg CPX351-TA-SMP, der tester CPX351 monoterapi efter -MPN AML (NCT04992949, inklusioner startede i 01-2022).

WP1: Dechifrering af heterogeniteten af ​​post-MPN AML (primært mål) For at besvare disse mål vil efterforskeren udføre en multi-omics tilgang, herunder målrettet-NGS med et 400-gener panel, RNA-seq og methylom i i alt 120 post -MPN AML prøver. Alle de genomiske biblioteker vil blive bygget på den genomiske facilitet på Angers Universitetshospital, og sekventeringen vil blive udført på en NovaSeq6000 i GenoBIRD-platformen i Nantes. Bioinformatisk analyse vil blive udført af hold #1 og #3 og vil for hver prøve udlede: SNV/Indel og CNV fra DNA-sekventering, ekspression af mRNA og lncRNA, generfusion og splejsningshændelser fra RNA-seq og methyleringsbeta-værdier fra methylom.

For at identificere homogene undergrupper fra de genomiske data, vil efterforskeren udføre uovervågede klyngeanalyser af hvert lag af genomiske data. Derefter vil alle lag blive kombineret til integration af klynger ved hjælp af Cluster Of Clusters Analysis (COCA) metoden (Wilkerson og Hayes, 2010).

WP2: Identificer transformationsmekanismerne og formodede mål for terapi Til dette formål vil investigator analysere omics-data genereret i WP1 for at identificere de vigtigste molekylære mekanismer, der driver den leukæiske transformation af MPN. Efterforskeren vil udføre en 2-trins procedure: først ved at analysere hvert genomisk datasæt separat og derefter ved at analysere alle datasæt sammen i en integreret multiblokanalyse ved hjælp af MOGSA-metoden (Integrative Single Sample Gene-set).

I alt 60 prøver, der stammer fra en undergruppe af patienter klassificeret i WP1, vil blive testet til ex vivo lægemiddelscreening. Efterforskeren vil designe et specialfremstillet lægemiddelpanel, herunder standarder for pleje, adskillige lægemidler under klinisk udvikling i AML og, endnu vigtigere, et udvalg af lægemidler, der specifikt retter sig mod potentielle leukæmi-sårbarheder, der er identificeret.

WP3: Bekræft effektiviteten af ​​udvalgte bedste lægemidler og deres indvirkning på klonal arkitektur For yderligere at validere translationsrelevansen af ​​post-MPN AML deregulerede pathways, vil de tre mest lovende lægemiddelkandidater derefter blive evalueret i et sæt af fem post-MPN PDX-modeller, inkl. mindst 2 TP53-muterede post-MPN AML. Efterforskeren vil også evaluere, hvordan de lægemidler, der er identificeret i WP2, kan påvirke den klonale udvikling af sygdommen, hvilket er et vigtigt skridt i retning af at forstå og forbedre behandlingen af ​​post-MPN AML. De 3 bedste kandidatlægemidler eller kombinationer identificeret i WP2 vil blive undersøgt i celler fra 5 udvalgte patienter med en kompleks molekylær profil for at evaluere responsen af ​​forskellige subkloner.