Multiomische Charakterisierung der akuten myeloischen Leukämie, die sich aus einem myeloproliferativen Neoplasma entwickelt, um neue gezielte Therapiestrategien zu identifizieren (MOZART)

Patientenproben und klinische Daten:

Der Forscher wird Proben von 120 Patienten mit einer akuten myeloischen Leukämie nach MPN untersuchen. Diese Proben und die entsprechenden klinischen Daten sind über FIMBANK, ein nationales Netzwerk biologischer Ressourcen für myeloproliferative Neoplasien (Förderung INCa, BCB 2013, Pr Valérie Ugo) und über die prospektive klinische Phase-II-Studie CPX351-TA-SMP verfügbar, in der die CPX351-Monotherapie im Anschluss getestet wird -MPN AML (NCT04992949, Einschlüsse begannen im Januar 2022).

WP1: Entschlüsselung der Heterogenität von Post-MPN-AML (Hauptziel) Um diese Ziele zu erreichen, wird der Forscher einen Multi-Omics-Ansatz einschließlich gezielter NGS mit einem 400-Gen-Panel, RNA-seq und Methylom in insgesamt 120 Beiträgen durchführen -MPN AML-Proben. Alle Genombibliotheken werden in der Genomanlage des Universitätsklinikums Angers erstellt und die Sequenzierung wird auf einem NovaSeq6000 in der GenoBIRD-Plattform in Nantes durchgeführt. Die bioinformatische Analyse wird von den Teams Nr. 1 und Nr. 3 durchgeführt und leitet für jede Probe Folgendes ab: SNV/Indel und CNV aus der DNA-Sequenzierung, Expression von mRNA und lncRNA, Genfusions- und Spleißereignisse aus RNA-seq und Methylierungs-Beta-Werte aus Methylom.

Um homogene Untergruppen aus den Genomdaten zu identifizieren, führt der Forscher unbeaufsichtigte Clusteranalysen jeder Schicht der Genomdaten durch. Anschließend werden alle Schichten zur Integration von Clustern mithilfe der COCA-Methode (Cluster Of Clusters Analysis) kombiniert (Wilkerson und Hayes, 2010).

WP2: Identifizieren Sie die Mechanismen der Transformation und mutmaßliche Ziele für die Therapie. Zu diesem Zweck wird der Forscher die in WP1 generierten Omics-Daten analysieren, um die wichtigsten molekularen Mechanismen zu identifizieren, die die leukämische Transformation von MPN vorantreiben. Der Forscher führt ein zweistufiges Verfahren durch: Zuerst analysiert er jeden Genomdatensatz separat und analysiert dann alle Datensätze zusammen in einer integrierten Multiblockanalyse unter Verwendung der MOGSA-Methode (Integrative Single Sample Gene-Set).

Insgesamt 60 Proben, die von einer Untergruppe der in WP1 klassifizierten Patienten stammen, werden für ein Ex-vivo-Wirkstoffscreening getestet. Der Forscher wird ein maßgeschneidertes Medikamentenpanel entwerfen, das Behandlungsstandards, mehrere Medikamente in der klinischen Entwicklung bei AML und, was noch wichtiger ist, eine Auswahl von Medikamenten enthält, die speziell auf identifizierte potenzielle Leukämie-Schwachstellen abzielen.

WP3: Bestätigen Sie die Wirksamkeit der ausgewählten besten Medikamente und ihren Einfluss auf die klonale Architektur. Um die translationale Relevanz der deregulierten AML-Wege nach MPN weiter zu validieren, werden die drei vielversprechendsten Medikamentenkandidaten dann in einem Satz von fünf Post-MPN-PDX-Modellen bewertet, darunter mindestens 2 TP53-mutierte Post-MPN-AML. Der Forscher wird auch bewerten, wie sich die in WP2 identifizierten Medikamente auf die klonale Entwicklung der Krankheit auswirken können. Dies ist ein wichtiger Schritt zum Verständnis und zur Verbesserung der Behandlung von AML nach MPN. Die drei besten Medikamentenkandidaten oder Kombinationen, die in AP2 identifiziert wurden, werden in Zellen von fünf ausgewählten Patienten mit einem komplexen molekularen Profil untersucht, um die Reaktion verschiedener Subklone zu bewerten.