Caracterização multiômica da leucemia mieloide aguda evoluindo de neoplasia mieloproliferativa para identificar novas estratégias terapêuticas direcionadas (MOZART)

Amostras de pacientes e dados clínicos:

O investigador estudará amostras de 120 pacientes com leucemia mieloide aguda pós-MPN. Estas amostras e os dados clínicos correspondentes estão disponíveis através do FIMBANK, uma rede nacional de recursos biológicos para neoplasias mieloproliferativas (concessão INCa, BCB 2013, Pr Valérie Ugo) e através do ensaio clínico prospectivo de fase II CPX351-TA-SMP testando monoterapia CPX351 em pós -MPN AML (NCT04992949, inclusões iniciadas em 01-2022).

WP1: Decifrando a heterogeneidade da LMA pós-MPN (objetivo principal) Para responder a esses objetivos, o investigador conduzirá uma abordagem multiômica incluindo NGS direcionado com um painel de 400 genes, RNA-seq e metiloma em um total de 120 pós -Amostras de LMA MPN. Todas as bibliotecas genômicas serão construídas nas instalações genômicas do Hospital Universitário de Angers e o sequenciamento será realizado em um NovaSeq6000 na Plataforma GenoBIRD em Nantes. A análise bioinformática será realizada pelas equipes #1 e #3 e derivará para cada amostra: SNV/Indel e CNV do sequenciamento de DNA, expressão de mRNA e lncRNA, fusão de genes e eventos de splicing de RNA-seq e valores beta de metilação de metiloma.

A fim de identificar subgrupos homogêneos dos dados genômicos, o investigador realizará análises de agrupamento não supervisionadas de cada camada de dados genômicos. Em seguida, todas as camadas serão combinadas para integração dos clusters utilizando o método Cluster Of Clusters Analysis (COCA) (Wilkerson e Hayes, 2010).

WP2: Identificar os mecanismos de transformação e alvos putativos para terapia Para tanto, o investigador analisará os dados ômicos gerados no WP1 para identificar os principais mecanismos moleculares que impulsionam a transformação leucêmica do MPN. O investigador realizará um procedimento de 2 etapas: primeiro analisando cada conjunto de dados genômicos separadamente e, em seguida, analisando todos os conjuntos de dados juntos em uma análise multibloco integrada usando o método MOGSA (Integrative Single Sample Gene-set).

Um total de 60 amostras provenientes de um subconjunto de pacientes classificados no WP1 serão testadas para triagem de drogas ex vivo. O investigador irá projetar um painel de medicamentos personalizado, incluindo padrões de atendimento, vários medicamentos em desenvolvimento clínico na LMA e, mais importante, uma seleção de medicamentos direcionados especificamente às potenciais vulnerabilidades leucêmicas identificadas.

WP3: Confirmar a eficácia dos melhores medicamentos selecionados e seu impacto na arquitetura clonal Para validar ainda mais a relevância translacional das vias desregulamentadas da LMA pós-MPN, os três candidatos a medicamentos mais promissores serão então avaliados em um conjunto de cinco modelos PDX pós-MPN, incluindo pelo menos 2 AML pós-MPN com mutação TP53. O investigador também avaliará como os medicamentos identificados no WP2 podem impactar a evolução clonal da doença, que é um passo fundamental para a compreensão e melhoria do tratamento da LMA pós-MPN. Os 3 melhores candidatos a medicamentos ou combinações identificados no WP2 serão estudados em células de 5 pacientes selecionados com perfil molecular complexo para avaliar a resposta de vários subclones.