Keskosten suoliston mikrobiston kehitys ja äidin ulosteensiirto (PREFLOR)

Helsingin yliopistollisen sairaalan synnytystautien osastolle rekrytoimme 36 raskaana olevaa (seulonnan positiivisuuden mahdollistavaa) naista 29-34 raskausviikolla, joilla on esimerkiksi preeklampsia tai kohdunkaulan vajaatoiminta, mutta jotka ovat muuten terveitä. Äidin ulostenäyte seulotaan huolellisesti tarttuvien tautien varalta. Tavoitteenamme on saada 18 äitiä negatiivisilla seulontanäytteillä.

Vauvat syntyvät raskausviikolla 30-35 joko vaginaalisesti tai CS:llä. Ryhmä A (tutkimusryhmä): 10 CS:n synnyttämää keskosta. Nämä lapset saavat äidin FMT:n, joka annetaan, kun he sietävät maitoa 40 ml/vrk. Ryhmä B (vertailuryhmä): 8 keskosta seulontanegatiivisista äideistä ja 4 vauvaa äideistä, joilla on positiivinen löydös seulontanäytteissä (jos positiivinen löydös on lievä patogeeni esim. Dientamoeba fragilis tai Blastocystis hominis), jonka on synnyttänyt CS. Vauvan antibioottihoidossa elinsiirto suoritetaan aikaisintaan 48 tunnin kuluttua viimeisestä annoksesta, mutta viimeistään 7 päivän iässä. Ryhmä C: Vertailuryhmä keskosista, jotka syntyivät emättimellä 30-35 raskausviikolla. Vertailuryhmästä otetaan vain ulostenäytteet, kuten muissakin ryhmissä.

A-ryhmästä verinäytteet otetaan siirtopäivänä ja 1 ja 3 päivää sen jälkeen. Näytteet ovat samat kuin SECFLOR-päätutkimuksessa: tutkimusnäytteet ja rutiininomaisten tulehdusmerkkiaineiden (kuten CBC ja CRP) arviointi.

Vertailuryhmästä (B) otetaan CRP- ja verenkuvanäytteet hoitavan lääkärin määräämällä tavalla. Immunologisten merkkiaineiden arvioimiseksi otetaan 1 ml:n näyte 5-7 päivän iässä samanaikaisesti hoitavan lääkärin määräämien verinäytteiden kanssa. Emättimen synnytysryhmästä ei oteta lisänäytteitä.

Kaikista ryhmistä: Mekoniumnäyte kerätään ja sen jälkeen ulostenäyte siirtopäivänä ja kaksi päivää sen jälkeen ja 1 viikon iästä alkaen viikoittain 4 viikon ikään asti tai intensiiviosastolta poistumiseen asti. Kotiutuksen jälkeen vanhemmat ottavat ulostenäytteen lapsesta 3, 6, 9 ja 12 kuukauden iässä.

Kaikilta CS:n (ryhmät A ja B) syntyneiltä lapsilta otetaan 1–3 ml:n verinäytteitä kolmen ja kuuden kuukauden iässä immuunikehityksen arvioimiseksi.

Menetelmät Ulostenäytteet: Äitejä pyydetään toimittamaan tuore ulostenäyte viikolla 29-34. Tämä käsitellään DNA:n eristämiseksi ja varastoidaan suolaliuokseen ja glyseroliin. Mukana toimitetaan kotinäytteenottopakkaus äitien ja vauvan ulosteiden ottamiseksi vaipoista. Äitien ja vauvojen suoliston mikrobiota määritetään 16S-rRNA-pohjaisella analyysillä seuraavan sukupolven sekvensoinnilla. Uloste-DNA uutetaan toistuvalla helmiä jauhamalla ja käsitellään sekvensointia varten käyttämällä ennalta määritettyjä alukkeita. DNA-uutot ja MiSeq-ajot sisältävät sisäisiä vertailunäytteitä ja valeyhteisön. Metagenominen analyysi suoritetaan pääosin. Resistenssigeenit karakterisoidaan kartoittamalla metagenomiset lukemat nukleotideista nukleotideihin CARD- ja Resfinder-tietokantoja vastaan ​​hankittujen antibioottiresistenssigeenien (ARG) etsimiseksi.

Verinäytteet: Kaikkien tärkeimpien immuunisolupopulaatioiden kehitys analysoidaan massasytometrialla ja 267 plasmaproteiinin kehitys immunomäärityksillä. Noin 100 ui kokoverta kerätään massasytometria-analyysiä varten ja sekoitetaan Cytodelics Whole Blood Cell Stabilizerin kanssa suhteessa 1:1, inkuboidaan huoneenlämmössä 10 minuuttia ja siirretään 80 °C:seen pakastimeen pitkäaikaista varastointia odottavaa analyysiä varten. Plasmanäytteet saadaan, PBMC:t eristetään käyttämällä tiheysgradienttipohjaista erotusta.