Premature spedbarns tarmmikrobiotautvikling og maternal fekal transplantasjon (PREFLOR)

Ved Obstetrikkavdelingen ved Helsinki Universitetssykehus vil vi rekruttere 36 gravide kvinner (som gir mulighet for screening av positivitet) mellom 29 og 34 uker av svangerskapet med for eksempel svangerskapsforgiftning eller cervixinsuffisiens, men er ellers friske. Morens fekale prøve blir nøye undersøkt i tilfelle smittsomme sykdommer. Vi har som mål å rekruttere 18 mødre med negative screeningsprøver.

Spedbarna blir født i svangerskapsuke 30-35 enten vaginalt eller ved CS. Gruppe A (studiegruppe): 10 premature spedbarn født av CS. Disse spedbarnene vil motta en mors FMT, som vil bli administrert når de tåler melk 40 ml/dag. Gruppe B (sammenligningsgruppe): 8 premature spedbarn fra de screeningsnegative mødrene og 4 spedbarn fra de mødrene som har et positivt funn i screeningsprøvene (i tilfelle det positive funnet er et mildt patogen f.eks. Dientamoeba fragilis eller Blastocystis hominis) født av CS. Ved antibiotikabehandling av spedbarnet gis transplantasjonen ikke tidligere enn 48 timer etter siste dose, men ikke senere enn 7 dagers alder. Gruppe C: Sammenligningsgruppe av premature spedbarn født vaginalt 30-35 uker med svangerskap. For sammenligningsgruppen er det kun tatt avføringsprøver som i de andre gruppene.

For gruppe A tas det blodprøver på transplantasjonsdagen og 1 og 3 dager etter. Prøvene er de samme som i SECFLOR hovedforsøk: forskningsprøver og vurdering av rutinemessige inflammatoriske markører (som CBC og CRP).

Fra sammenligningsgruppen (B) tas det CRP- og blodtallsprøver etter bestilling fra behandlende lege. For å vurdere immunologiske markører tas en prøve på 1 ml i en alder av 5-7 dager samtidig med blodprøver bestilt av behandlende lege. Det tas ingen ekstra prøver fra vaginal fødselsgruppe.

Fra alle grupper: Mekoniumprøve tas, og deretter avføringsprøve på transplantasjonsdagen, og to dager etter og med start fra 1 ukes alder ukentlig til 4 ukers alder eller til utskrivning fra intensivavdelingen. Etter utskrivning vil foreldrene ta en avføringsprøve av barnet i en alder av 3, 6, 9 og 12 måneder.

Blodprøver 1-3mL fra alle spedbarn født av CS (gruppe A og B) tas i en alder av tre og seks måneder for å vurdere immunutvikling.

Metoder Avføringsprøver: Mødrene blir bedt om å gi en fersk avføringsprøve ved 29-34 uker. Dette behandles for DNA-isolasjon og lagres i saltvann og glyserol. Et hjemmeprøvetakingssett medfølger for prøvetaking av mødre og spedbarns avføring fra bleier. Tarmmikrobiotaen til mødre og spedbarn bestemmes ved hjelp av 16S rRNA-basert analyse ved bruk av neste generasjons sekvensering. Fekalt DNA ekstraheres ved gjentatt perleslaging og behandles for sekvensering ved bruk av forhåndsdefinerte primere. DNA-ekstraksjoner og MiSeq-kjøringer inkluderer interne referanseprøver og et falskt fellesskap. Metagenomisk analyse vil i hovedsak bli utført. Resistensgener vil bli karakterisert ved å kartlegge metagenomiske lesninger nukleotid til nukleotid mot CARD- og Resfinder-databasene for å søke etter ervervede antibiotikaresistensgener (ARGs).

Blodprøver: Utviklingen av alle viktige immuncellepopulasjoner analyseres ved massecytometri og 267 plasmaproteiner ved immunanalyser. Omtrent 100 ul fullblod samles inn for massecytometrianalyse og blandes med Cytodelic Whole Blood Cell Stabilizer i et forhold på 1:1, inkuberes i romtemperatur i 10 minutter og overføres til en 80C fryser for langtidslagring i påvente av analyse. Plasmaprøver oppnås, PBMC-er isoleres ved bruk av tetthetsgradientbasert separasjon.