Sviluppo del microbiota intestinale del neonato pretermine e trapianto fecale materno (PREFLOR)

Presso il Dipartimento di Ostetricia dell'Ospedale Universitario di Helsinki recluteremo 36 donne incinte (tenendo conto della positività allo screening) tra la 29a e la 34a settimana di gravidanza con, ad esempio, preeclampsia o insufficienza cervicale, ma per il resto sane. Il campione fecale della madre viene attentamente selezionato in caso di malattie contagiose. Puntiamo a reclutare 18 madri con campioni di screening negativi.

I bambini nascono alla settimana gestazionale 30-35 per via vaginale o tramite CS. Gruppo A (gruppo di studio): 10 neonati pretermine nati da CS. Questi bambini riceveranno un FMT materno, che verrà somministrato quando tollerano 40 ml di latte al giorno. Gruppo B (gruppo di confronto): 8 neonati prematuri da madri negative allo screening e 4 neonati da madri che hanno un risultato positivo nei campioni di screening (nel caso in cui il risultato positivo sia un agente patogeno lieve, ad es. Dientamoeba fragilis o Blastocystis hominis) nati da CS. In caso di trattamento antibiotico del neonato, il trapianto viene somministrato non prima di 48 ore dall'ultima dose, ma non oltre i 7 giorni di età. Gruppo C: gruppo di confronto di neonati prematuri nati per via vaginale alla 30a-35a settimana di gestazione. Per il gruppo di confronto si ottengono solo campioni fecali come negli altri gruppi.

Per il gruppo A, i campioni di sangue vengono prelevati il ​​giorno del trapianto e 1 e 3 giorni successivi. I campioni sono gli stessi dello studio principale SECFLOR: campioni di ricerca e valutazione dei marcatori infiammatori di routine (come CBC e CRP).

Dal gruppo di confronto (B) vengono prelevati campioni di CRP e di emocromo come prescritto dal medico curante. Per valutare i marcatori immunologici viene prelevato un campione di 1 ml all'età di 5-7 giorni in concomitanza con i campioni di sangue prescritti dal medico curante. Non vengono prelevati campioni aggiuntivi dal gruppo con parto vaginale.

Da tutti i gruppi: viene raccolto un campione di meconio, quindi un campione di feci il giorno del trapianto e due giorni dopo e a partire da 1 settimana di età settimanalmente fino all'età di 4 settimane o fino alla dimissione dall'unità intensiva. Dopo la dimissione i genitori raccoglieranno un campione di feci del bambino all'età di 3, 6, 9 e 12 mesi.

Campioni di sangue da 1-3 ml da tutti i bambini nati da CS (gruppo A e B) vengono prelevati all'età di tre e sei mesi per valutare lo sviluppo immunitario.

Metodi Campioni fecali: alle madri viene chiesto di fornire un campione di feci fresche a 29-34 settimane. Questo viene elaborato per l'isolamento del DNA e conservato in soluzione salina e glicerolo. Viene fornito un kit di campionamento delle feci a domicilio per campionare le feci della madre e del bambino dai pannolini. Il microbiota intestinale delle madri e dei neonati viene determinato utilizzando l'analisi basata sull'rRNA 16S utilizzando il sequenziamento di prossima generazione. Il DNA fecale viene estratto mediante battitura ripetuta delle sfere ed elaborato per il sequenziamento utilizzando primer predefiniti. Le estrazioni del DNA e le corse MiSeq includono campioni di riferimento interni e una comunità fittizia. Verrà condotta essenzialmente l'analisi metagenomica. I geni di resistenza saranno caratterizzati mappando le letture metagenomiche da nucleotide a nucleotide rispetto ai database CARD e Resfinder per cercare geni di resistenza agli antibiotici acquisiti (ARG).

Campioni di sangue: lo sviluppo di tutte le principali popolazioni di cellule immunitarie viene analizzato mediante citometria di massa e 267 proteine ​​plasmatiche mediante test immunologici. Circa 100 ul di sangue intero vengono raccolti per l'analisi di citometria di massa e miscelati con lo stabilizzatore di cellule di sangue intero Cytodelics in un rapporto di 1:1, incubati a temperatura ambiente per 10 minuti e trasferiti in un congelatore a 80°C per la conservazione a lungo termine in attesa dell'analisi. Si ottengono campioni di plasma, i PBMC vengono isolati utilizzando la separazione basata su gradiente di densità.