Předčasný vývoj střevní mikroflóry kojenců a fekální transplantace matky (PREFLOR)

Na Porodnické klinice Fakultní nemocnice v Helsinkách přijmeme 36 těhotných žen (umožňujeme screeningovou pozitivitu) mezi 29. a 34. týdnem těhotenství například s preeklampsií nebo nedostatečností děložního čípku, ale jinak jsou zdravé. Vzorek stolice matky je pečlivě vyšetřen v případě nakažlivých onemocnění. Naším cílem je získat 18 matek s negativními screeningovými vzorky.

Děti se rodí v gestačním týdnu 30-35 buď vaginálně nebo CS. Skupina A (studijní skupina): 10 předčasně narozených dětí narozených CS. Tito kojenci dostanou mateřskou FMT, která bude podána, když budou tolerovat mléko 40 ml/den. Skupina B (srovnávací skupina): 8 předčasně narozených dětí ze screeningově negativních matek a 4 děti z matek, které mají pozitivní nález ve screeningových vzorcích (v případě, že pozitivní nález je mírný patogen, např. Dientamoeba fragilis nebo Blastocystis hominis) narozený CS. V případě antibiotické léčby kojence se transplantace provádí nejdříve 48 hodin po poslední dávce, nejpozději však do 7 dnů věku. Skupina C: Srovnávací skupina předčasně narozených dětí narozených vaginálně ve 30.–35. týdnu gestace. Pro srovnávací skupinu se získají pouze vzorky stolice jako v ostatních skupinách.

U skupiny A se vzorky krve odebírají v den transplantace a 1 a 3 dny po. Vzorky jsou stejné jako v hlavní studii SECFLOR: výzkumné vzorky a hodnocení rutinních zánětlivých markerů (jako je CBC a CRP).

Ze srovnávací skupiny (B) se odebírají vzorky CRP a krevní obraz podle pokynů ošetřujícího lékaře. K posouzení imunologických markerů se odebere vzorek 1 ml ve věku 5-7 dnů současně s krevními vzorky nařízenými ošetřujícím lékařem. Ze skupiny s vaginálním porodem se neodebírají žádné další vzorky.

Ze všech skupin: Odebírá se vzorek mekonia a poté vzorek stolice v den transplantace a dva dny poté a počínaje 1 týdnem věku týdně až do věku 4 týdnů nebo do propuštění z intenzivní jednotky. Po propuštění rodiče odeberou dítěti vzorek stolice ve věku 3, 6, 9 a 12 měsíců.

Vzorky krve 1-3 ml od všech kojenců narozených CS (skupina A a B) se odebírají ve věku 3 a 6 měsíců k posouzení vývoje imunity.

Metody Vzorky stolice: Matky jsou požádány, aby poskytly čerstvý vzorek stolice ve 29.–34. týdnu. Ten je zpracován pro izolaci DNA a uložen ve fyziologickém roztoku a glycerolu. K odběru vzorků stolice matek a kojenců z plen je poskytována souprava pro domácí odběr vzorků stolice. Střevní mikroflóra matek a kojenců je určena pomocí analýzy založené na 16S rRNA pomocí sekvenování nové generace. Fekální DNA se extrahuje opakovaným poklepáváním kuliček a zpracovává se pro sekvenování pomocí předem definovaných primerů. Extrakce DNA a běhy MiSeq zahrnují interní referenční vzorky a simulovanou komunitu. V podstatě bude provedena metagenomická analýza. Geny rezistence budou charakterizovány mapováním metagenomických čtení nukleotid na nukleotid proti databázím CARD a Resfinder za účelem hledání genů získané rezistence na antibiotika (ARG).

Vzorky krve: Vývoj všech hlavních populací imunitních buněk je analyzován hmotnostní cytometrií a 267 plazmatických proteinů imunotesty. Asi 100 ul plné krve se odebere pro analýzu hmotnostní cytometrií a smíchá se Stabilizátorem celých krevních buněk Cytodelics v poměru 1:1, inkubuje se při pokojové teplotě po dobu 10 minut a přenese se do mrazáku při 80 °C pro dlouhodobé skladování a čeká se na analýzu. Jsou získány vzorky plazmy, PBMC jsou izolovány pomocí separace na bázi hustotního gradientu.