Développement du microbiote intestinal du nourrisson prématuré et transplantation fécale maternelle (PREFLOR)

Au département d'obstétrique de l'hôpital universitaire d'Helsinki, nous recruterons 36 femmes enceintes (permettant un dépistage positif) entre 29 et 34 semaines de grossesse avec par exemple une pré-éclampsie ou une insuffisance cervicale, mais qui sont par ailleurs en bonne santé. L'échantillon fécal de la mère est soigneusement examiné en cas de maladies contagieuses. Nous visons à recruter 18 mères avec des échantillons de dépistage négatifs.

Les nourrissons naissent entre 30 et 35 semaines de gestation, soit par voie vaginale, soit par CS. Groupe A (groupe d'étude) : 10 nourrissons prématurés nés par CS. Ces nourrissons recevront une FMT maternelle, qui sera administrée lorsqu'ils tolèrent 40 ml de lait/jour. Groupe B (groupe de comparaison) : 8 nourrissons prématurés issus de mères négatives au dépistage et 4 nourrissons issus de mères ayant un résultat positif dans les échantillons de dépistage (dans le cas où le résultat positif est un agent pathogène léger, par ex. Dientamoeba fragilis ou Blastocystis hominis) né par CS. En cas de traitement antibiotique du nourrisson, la greffe est administrée au plus tôt 48 heures après la dernière dose, mais au plus tard 7 jours après l'âge. Groupe C : Groupe de comparaison de nourrissons prématurés nés par voie vaginale entre 30 et 35 semaines de gestation. Pour le groupe témoin, seuls des échantillons fécaux sont obtenus comme dans les autres groupes.

Pour le groupe A, les prélèvements sanguins sont effectués le jour de la greffe et 1 et 3 jours après. Les échantillons sont les mêmes que dans l'essai principal SECFLOR : échantillons de recherche et évaluation des marqueurs inflammatoires de routine (tels que le CBC et la CRP).

Dans le groupe de comparaison (B), des échantillons de CRP et de formule sanguine sont prélevés selon les instructions du médecin traitant. Pour évaluer les marqueurs immunologiques, un échantillon de 1 mL est prélevé à l'âge de 5 à 7 jours en concomitance avec des prélèvements sanguins prescrits par le médecin traitant. Aucun échantillon supplémentaire n'est prélevé dans le groupe d'accouchement vaginal.

De tous les groupes : un échantillon de méconium est collecté, puis un échantillon de selles le jour de la greffe, et deux jours après et à partir de 1 semaine par semaine jusqu'à l'âge de 4 semaines ou jusqu'à la sortie de l'unité intensive. Après la sortie, les parents prélèveront un échantillon de selles de l'enfant à l'âge de 3, 6, 9 et 12 mois.

Des échantillons de sang de 1 à 3 ml de tous les nourrissons nés par CS (groupes A et B) sont prélevés à l'âge de trois et six mois pour évaluer le développement immunitaire.

Méthodes Échantillons fécaux : Il est demandé aux mères de fournir un échantillon de selles fraîches entre 29 et 34 semaines. Celui-ci est traité pour l’isolement de l’ADN et stocké dans une solution saline et du glycérol. Un kit d'échantillonnage de selles à domicile est fourni pour échantillonner les selles des mères et des nourrissons à partir des couches. Le microbiote intestinal des mères et des nourrissons est déterminé à l’aide d’une analyse basée sur l’ARNr 16S utilisant un séquençage de nouvelle génération. L'ADN fécal est extrait par battement répété de billes et traité pour le séquençage à l'aide d'amorces prédéfinies. Les extractions d'ADN et les analyses MiSeq incluent des échantillons de référence internes et une communauté fictive. L'analyse métagénomique sera réalisée essentiellement. Les gènes de résistance seront caractérisés par cartographie des lectures métagénomiques nucléotide par nucléotide par rapport aux bases de données CARD et Resfinder pour rechercher les gènes acquis de résistance aux antibiotiques (ARG).

Échantillons de sang : Le développement de toutes les principales populations de cellules immunitaires est analysé par cytométrie de masse et 267 protéines plasmatiques par immunoessais. Environ 100 ul de sang total sont collectés pour une analyse par cytométrie de masse et mélangés avec le stabilisateur de cellules de sang total Cytodelics dans un rapport de 1:1, incubés à température ambiante pendant 10 minutes et transférés dans un congélateur à 80 °C pour un stockage à long terme en attente d'analyse. Des échantillons de plasma sont obtenus, les PBMC sont isolées en utilisant une séparation basée sur un gradient de densité.