För tidigt födda spädbarn tarmmikrobiotautveckling och maternal fekal transplantation (PREFLOR)

På obstetrikavdelningen vid Helsingfors universitetssjukhus kommer vi att rekrytera 36 gravida kvinnor (med möjlighet till screening positivitet) mellan 29 och 34 graviditetsveckor med till exempel havandeskapsförgiftning eller cervixinsufficiens, men är i övrigt friska. Mammans fecal prov är noggrant screenat vid smittsamma sjukdomar. Vi siktar på att rekrytera 18 mammor med negativa screeningprover.

Spädbarnen föds vid graviditetsvecka 30-35 antingen vaginalt eller genom CS. Grupp A (studiegrupp): 10 för tidigt födda barn födda av CS. Dessa spädbarn kommer att få en maternell FMT, som kommer att administreras när de tål mjölk 40 ml/dag. Grupp B (jämförelsegrupp): 8 för tidigt födda barn från de screeningnegativa mammorna och 4 spädbarn från mammorna som har ett positivt fynd i screeningproverna (om det positiva fyndet är en mild patogen t.ex. Dientamoeba fragilis eller Blastocystis hominis) född av CS. Vid antibiotikabehandling av spädbarnet ges transplantationen inte tidigare än 48 timmar efter den sista dosen, men inte senare än 7 dagars ålder. Grupp C: Jämförelsegrupp av för tidigt födda barn födda vaginalt 30-35 veckors graviditet. För jämförelsegruppen tas endast fekala prover som i övriga grupper.

För grupp A tas blodprov på transplantationsdagen och 1 och 3 dagar efter. Proverna är desamma som i SECFLORs huvudförsök: forskningsprover och bedömning av rutinmässiga inflammatoriska markörer (som CBC och CRP).

Från jämförelsegruppen (B) tas CRP- och blodvärdesprover enligt beställning av behandlande läkare. För att bedöma immunologiska markörer tas ett prov på 1 ml vid 5-7 dagars ålder samtidigt med blodprover som beställs av den behandlande läkaren. Inga ytterligare prover tas från den vaginala förlossningsgruppen.

Från alla grupper: Mekoniumprov tas, och sedan ett avföringsprov på transplantationsdagen och två dagar efter och med start från 1 veckas ålder varje vecka till 4 veckors ålder eller tills utskrivning från intensivavdelningen. Efter utskrivningen kommer föräldrarna att ta ett avföringsprov av barnet vid 3, 6, 9 och 12 månaders ålder.

Blodprover 1-3mL från alla spädbarn födda av CS (grupp A och B) tas vid tre och sex månaders ålder för att bedöma immunutvecklingen.

Metoder Avföringsprover: Mödrarna uppmanas att ge ett färskt avföringsprov vid 29-34 veckor. Detta bearbetas för DNA-isolering och lagras i saltlösning och glycerol. En avföringssats för hemprovtagning tillhandahålls för provtagning av mödrar och spädbarns avföring från blöjor. Den intestinala mikrobiotan hos mödrar och spädbarn bestäms med hjälp av 16S rRNA-baserad analys med hjälp av nästa generations sekvensering. Fekalt DNA extraheras genom upprepad pärlslagning och bearbetas för sekvensering med användning av fördefinierade primrar. DNA-extraktioner och MiSeq-körningar inkluderar interna referensprover och en skengemenskap. Metagenomisk analys kommer i huvudsak att genomföras. Resistensgener kommer att karakteriseras genom att kartlägga metagenomiska läser nukleotid till nukleotid mot databaserna CARD och Resfinder för att söka efter förvärvade antibiotikaresistensgener (ARG).

Blodprover: Utvecklingen av alla större immuncellspopulationer analyseras med masscytometri och 267 plasmaproteiner med immunanalyser. Cirka 100 ul helblod samlas in för masscytometrianalys och blandas med Cytodelic Whole Blood Cell Stabilizer i ett förhållande av 1:1, inkuberas i rumstemperatur i 10 minuter och överförs till en 80C frys för långtidsförvaring i väntan på analys. Plasmaprover erhålls, PBMCs isoleras med densitetsgradientbaserad separation.