Nopean ensimmäisen linjan genomisekvensoinnin arviointi synnynnäisten epämuodostumien synnytystä edeltävään diagnosointiin verrattuna kromosomaaliseen mikrosiruun ja eksomesekvensointiin (PRENATOMEultra)

Synnynnäisten epämuodostumien (3 % raskauksista) hoito synnytystä edeltävällä ultraäänellä on todellinen lääketieteellinen haaste. Niiden ennuste vaihtelee taustalla olevan etiologian mukaan. Ranskassa prenataalidiagnoosi (PND) on pitkään perustunut kuvantamiseen tai infektio-, aineenvaihdunta-, immunologisiin tai geneettisiin tutkimuksiin (karyotyyppi, kromosomaalinen mikrosiru (CMA) ja joissakin tapauksissa kohdegeenien sekvensointi). Noin 70 % sikiöistä jää ilman etiologista diagnoosia näiden tutkimusten jälkeen. Exome (ES) ja genomisekvenssi (GS) ovat mullistaneet lääketieteellisen genetiikan, ja synnytyksen jälkeisten kehityshäiriöiden diagnostinen osuus on yli 40 % kliinisen orientaation puuttuessa ja/tai negatiivisen standardikäsittelyn jälkeen. PND:ssä trio-ES on otettu asteittain käyttöön useissa maissa diagnostisessa lähestymistavassa ennusteen tarkentamiseksi ja parien auttamiseksi tekemään päätöksiä nykyisestä raskaudesta, mutta myös myöhempään perhesuunnitteluun/neuvontaan. Kuitenkin viive tulosten palauttamisessa, keskimäärin 3-4 viikkoa, on pitkä pariskunnille. ES ei myöskään pysty havaitsemaan joitain GS:n käytettävissä olevia muunnelmia, kuten rakenteellisia muunnelmia, jotka voivat johtaa lisädiagnooseihin 5–10 prosentissa tapauksista.

Vuodesta 2013 lähtien FHU TRANSLAD on siirtänyt ES:tä diagnosoinnissa harvinaisia ​​sairauksia sairastaville potilaille, joilla on kehityshäiriöitä erilaisilla pilottiprojekteilla. PND:ssä tiimimme ehdotti ensimmäisenä Ranskassa kansallista tutkimusprojektia, AnDDI-Prenatomea, AnDDI-Rares-terveysverkoston tukemana arvioidakseen ES:n analysoinnin toteutettavuutta ja tulosten tuottamista alle 4 viikossa synnynnäisten sairauksien yhteydessä. epämuodostumia (PMID:37035737). Pystyimme osoittamaan synnytystä edeltävän ES:n toteutettavuuden, sillä kokonaisdiagnostinen saanto oli 41 % (37/89), kun ES:tä käytettiin ensimmäisen linjan testinä, ja 31 % (19/61), kun sitä käytettiin normaalin CMA:n jälkeen. Tämä kokemus on mahdollistanut ES:n käyttöönoton rutiinidiagnoosissa tarjouksen ansiosta ranskalaisille sairaaloille. Tiimimme koordinoi nyt DPNI-Exome-tutkimusta (alueiden välinen PHRC; NCT05182242), jossa verrataan ei-invasiivisia ja invasiivisia lähestymistapoja sikiön ES:hen PND:ssä, kun sikiön ultraäänimerkkejä havaitaan.

Tiimimme haluaa nyt arvioida diagnostista tuottoa ja tulosten prosenttiosuutta alle 7 päivän nopeassa trio-GS:ssä ultraäänimerkkien yhteydessä, jotta tulosten viivästyminen vähenee, mutta myös PND:n määrää voidaan mahdollisesti lisätä. Lisäksi tieto nopean trio-GS:n tehokkuudesta ja sen toteuttamiseen liittyvistä teknisistä esteistä mahdollistaa kansallisten ohjeiden kehittämisen.

Tämä on kansainvälisestä tieteellisestä näkökulmasta äärimmäisen tärkeä kysymys, koska tällä hetkellä vain kuudessa julkaisussa on ehdotettu nopean synnytystä edeltävän GS:n käyttöä, kun taas noin seitsemänkymmentä tutkimusta raportoi kokemuksia synnytystä edeltävästä ES:stä. Viisi näistä kuudesta julkaisusta oli Kiinasta, joskus takautuvasti, ja niissä ei ollut lainkaan tai rajoitetusti tietoa menetelmistä, sisällyttämiskriteereistä, viivästyksistä tai kohdatuista vaikeuksista, ja usein mukana oli vain vähän potilaita. Näistä julkaisuista ei voi päätellä tehokkuutta. Ehdotetun tutkimuksen pitäisi vastata, voidaanko nopea trio-GS ottaa käyttöön rutiininomaisessa PND:ssä Ranskassa.

Tiimi on sitoutunut arvioimaan uusien lisääntymistekniikoiden vaikutusta pariskunnille. Se on jo tehnyt pitkittäisiä kvalitatiivisia tutkimuksia DPNI-Exome-tutkimuksessa, joka osoitti vaikeudet, joita pariskunnat kohtaavat odottaessaan erilaisia ​​​​tuloksia eri aikajaksoissa. GS mahdollistaa vain yhden ainutlaatuisen testin, joka voisi vastata vanhempien kysymyksiin. Tiimi tekee parhaansa varmistaakseen, että tulokset toimitetaan erittäin nopeasti, mutta psykologit mainitsivat, että tulosten odottaminen antaa parille riittävästi aikaa ymmärtää ultraäänimerkkien löytö ja mahdollinen vaikutus raskausennusteeseen. Siksi on tärkeää arvioida parien mielipiteitä ja tyytyväisyyttä yhdellä testillä, joka on nopeampi kuin normaalihoidossa tarjottava, ja arvioida, riittääkö tulosten saamiseen tarvittava aika heidän päätöksentekoonsa. Tämä voitaisiin arvioida puolisuoralla haastattelulla.