Tumorigenomikan ja virtsan eksosomaalisen proteomiikan integrointi monitasoisen biomarkkerikehyksen luomiseksi tuoreiden kilpirauhassyöpäpotilaiden varhaiseen riskiluokitteluun ja hoidon jälkeiseen seurantaan

Tämä prospektiivinen kliininen tutkimus on suunniteltu sisällyttämään potilaita, ikävuosien 18–80 välillä, joilla on vasta-avattu papillaarinen kilpirauhasen karsinooma (PTC) tai erittäin epäilyttävät follikulaarisen kuvion kasvaimet, mukaan lukien leesiot, joilla on potentiaalia huonosti erilaistuneeseen kilpirauhasen karsinoomaan. Kelpoisten potilaiden on käytävä ohutneulabiopsian sytologian (FNAC) osana diagnostiikkaa. (Tämä on rutiinitutkimus, jonka koehenkilö kävisi läpi riippumatta tutkimukseen osallistumisesta.) Sytologiset raportit ja seuraavat kattavat kirurgiset patologiset arviointi dokumentoidaan ja tarkistetaan systemaattisesti varmistaakseen kunkin tapauksen tarkan luokittelun. Kahden ensimmäisen tutkimustoteutuksen vuoden aikana pyrimme rekrytoimaan 100 peräkkäistä potilasta, joilla on hoitamaton tai "tuore" kilpirauhasen syöpä. Leikkaukseen menevillä yksilöillä virtsan eksosomaalinen peptidiprofilointi suoritetaan kahdella standardoidulla aikapisteellä: (1) preoperaatiossa ja (2) neljä viikkoa tyreoidektomian jälkeen, mahdollistaen perioperatiivisten biomarkkerien dynamiikan arvioinnin. Kirurginen hoito – jonka odotetaan olevan useimmissa tapauksissa kokonaistyroidektomia – suoritetaan standardin kliinisen arvion mukaisesti kokeneiden endokriinisten kirurgien toimesta. Postoperatiivinen patologinen arviointi sisältää huolellisen kasvaimen morfologian, invaatiokuvioiden ja molekyyliominaisuuksien karakterisoinnin lopullisten histopatologisten raporttien perusteella. Rinnakkain tämä tutkimus sisältää vankan kasvaimen genomisen tutkimuksen, jota tukevat aiemmin kehitetyt ja validoitut uuden sukupolven sekvensointi (NGS) -alustat. Aiemman National Science and Technology Councilin (NSTC) rahoituksen alaisena tutkijat perustivat kilpirauhasen syöpäkohtaisen DNA-pohjaisen geenipaneelin, joka kohdistuu 50 keskeiseen onkogeeniseen ajuriin, ja täydentävän RNA-pohjaisen fuusiopaneelin, joka kattaa 19 kliinisesti merkittävää geeniärjestelyä. Nämä paneelit koottiin kattavan kansainvälisten tunnustettujen syöpägenomiikkatietokantojen tarkastelun kautta, perustuen aiemmin onnistuneesti suoritettuun somaattiseen varianttiprofilointiin 51:llä metastaattisen kilpirauhasen syövän potilaalla, mukaan lukien 29 parillista primaari-metastaattisen kasvaimen analyysiä, osoittaen vahvan kyvyn korkearesoluutioiseen vertailevaan syöpägenomiikkaan. Lisäksi tutkijat ovat saavuttaneet teknistä osaamista polyguaniinimarkkerianalyysissä kasvaimen evoluution fylogeneettistä päätelmää varten ja ovat aiemmin suorittaneet kokogenomisekvensoinnin (WGS) ja HLA-genotypisoinnin laajamittaisissa assosiaatiotutkimuksissa. Huomattavasti, tutkijoiden WGS-pohjaiset tutkimukset tunnistivat geneettisen alttiuden kilpirauhasen lääkeaineiden aiheuttamalle agranulosytoosille tiukan, kaksivaiheisen analyyttisen strategian kautta. Kokonaisuudessaan tämä integroitu tutkimussuunnittelu mahdollistaa samanaikaisen arvioinnin genomisen alkuperän ja etenemisen sekä virtsan eksosomaalisen peptidiekspression rinnalla, asettaen tämän työn valottamaan mekanistisia suhteita kasvaimen molekyylibiologian ja ei-invasiivisten biomarkkerien välillä sairauden seurantaan ja tarkkuusohjattuun hoitoon.