Integracja genomiki guza i proteomiki egzosomów moczowych w celu stworzenia wielowarstwowego systemu biomarkerów do wczesnej stratyfikacji ryzyka i nadzoru po leczeniu u świeżo zdiagnozowanych pacjentów z rakiem tarczycy

To prospektywne badanie kliniczne ma na celu rekrutację pacjentów w wieku od 18 do 80 lat, z nowo zdiagnozowanym rakiem brodawkowatym tarczycy (PTC) lub wysoce podejrzanymi nowotworami o wzorze pęcherzykowym, w tym zmianami o potencjale słabo zróżnicowanego raka tarczycy. Kwalifikujący się pacjenci musieli przejść cytologię cienkoigłową (FNAC) jako część procesu diagnostycznego. (Jest to rutynowe badanie, które pacjent przechodziłby niezależnie od udziału w badaniu.) Raporty cytologiczne i późniejsze kompleksowe oceny patologii chirurgicznej będą systematycznie dokumentowane i przeglądane, aby zapewnić dokładną klasyfikację każdego przypadku. W ciągu pierwszych dwóch lat realizacji badania zamierzamy zrekrutować 100 kolejnych pacjentów z nieleczonym lub "świeżym" rakiem tarczycy. U osób poddawanych operacji profilowanie peptydów egzosomów moczowych będzie przeprowadzane w dwóch ustandaryzowanych punktach czasowych: (1) przedoperacyjnie oraz (2) cztery tygodnie po tyreoidektomii, co umożliwi ocenę dynamiki biomarkerów okołooperacyjnych. Leczenie chirurgiczne – przewidywane w większości przypadków jako całkowita tyreoidektomia – będzie wykonywane zgodnie ze standardową oceną kliniczną przez doświadczonych chirurgów endokrynologicznych. Pooperacyjna ocena patologiczna będzie obejmować drobiazgową charakterystykę morfologii guza, wzorów inwazji i cech molekularnych, opartą na sfinalizowanych raportach histopatologicznych. Równolegle, badanie to obejmuje solidne badanie genomiki guza, wspierane przez nasze wcześniej opracowane i zwalidowane platformy sekwencjonowania nowej generacji (NGS). W ramach wcześniejszego finansowania przez Narodową Radę Nauki i Technologii (NSTC), badacze opracowali specyficzny dla raka tarczycy panel genów oparty na DNA, ukierunkowany na 50 kluczowych onkogennych czynników napędowych, oraz uzupełniający panel fuzji oparty na RNA, obejmujący 19 klinicznie istotnych przegrupowań genowych. Panele te zostały opracowane poprzez kompleksową analizę międzynarodowo uznanych repozytoriów genomiki nowotworów, opartą na wcześniej pomyślnie zakończonym profilowaniu wariantów somatycznych u 51 pacjentów z przerzutowym rakiem tarczycy, w tym 29 sparowanych analiz guza pierwotnego i przerzutów, demonstrując silne możliwości w zakresie wysokorozdzielczej genomiki porównawczej nowotworów. Ponadto, badacze zdobyli biegłość techniczną w analizie markerów poliguaninowych dla filogenetycznego wnioskowania o ewolucji guza oraz wcześniej przeprowadzili sekwencjonowanie całego genomu (WGS) i genotypowanie HLA w badaniach asocjacyjnych na dużą skalę. Warto zauważyć, że badania badaczy oparte na WGS zidentyfikowały genetyczną podatność na agranulocytozę wywołaną lekami przeciwtarczycowymi poprzez rygorystyczną, dwuetapową strategię analityczną. Ogólnie rzecz biorąc, ten zintegrowany projekt badania umożliwia jednoczesną ocenę inicjacji i progresji genomowej wraz z ekspresją peptydów egzosomów moczowych, co pozycjonuje tę pracę jako mającą na celu wyjaśnienie mechanistycznych związków między molekularną biologią guza a nieinwazyjnymi biomarkerami do nadzoru nad chorobą i precyzyjnie ukierunkowanego postępowania.